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植物生殖の鍵分子ネットワーク

研究課題

研究課題/領域番号 22K21352
研究種目

国際共同研究加速基金(国際先導研究)

配分区分基金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

東山 哲也  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00313205)

研究分担者 土松 隆志  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (60740107)
岩田 洋佳  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (00355489)
河内 孝之  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)
那須田 周平  京都大学, 農学研究科, 教授 (10273492)
工藤 洋  京都大学, 生態学研究センター, 教授 (10291569)
植田 美那子  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20598726)
大林 武  東北大学, 情報科学研究科, 教授 (50397048)
榊原 恵子  立教大学, 理学部, 准教授 (90590000)
佐藤 良勝  名古屋大学, トランスフォーマティブ生命分子研究所, 特任准教授 (30414014)
研究期間 (年度) 2022-12-20 – 2029-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
689,000千円 (直接経費: 530,000千円、間接経費: 159,000千円)
2028年度: 105,300千円 (直接経費: 81,000千円、間接経費: 24,300千円)
2027年度: 105,300千円 (直接経費: 81,000千円、間接経費: 24,300千円)
2026年度: 105,300千円 (直接経費: 81,000千円、間接経費: 24,300千円)
2025年度: 105,300千円 (直接経費: 81,000千円、間接経費: 24,300千円)
2024年度: 105,300千円 (直接経費: 81,000千円、間接経費: 24,300千円)
2023年度: 71,500千円 (直接経費: 55,000千円、間接経費: 16,500千円)
2022年度: 91,000千円 (直接経費: 70,000千円、間接経費: 21,000千円)
キーワード植物生殖 / 鍵分子ネットワーク / 分子科学 / 大規模データ科学 / 国際的次世代若手リーダー
研究開始時の研究の概要

進化・適応・育種の観点から、植物生殖の鍵分子ネットワークを構成する重要な鍵分子とその機能は何か、日欧のトップ研究者を結集して解明する。実験室における鍵分子機能の研究(分子科学)とフィールドにおける植物システムの研究(大規模データ科学)を融合する。多くの知見を発表し、画期的な技術・装置・データベース・数理モデルを創出する。特に、1)環境応答、2)ゲノム柔軟性、3)細胞間コミュニケーション、4)生殖発生を重要課題とする。7つのテクノロジーユニットも設置する。若手育成は、1)ネットワーキング、2)異分野融合、3)挑戦を重視して進め、in-house grant制度により異分野融合及び成長を促す。

研究実績の概要

植物生殖は植物の種の存続のみならず、穀物生産を介して人類の生存も支えている。近年、植物生殖の鍵となる生理活性分子や転写調節因子などの分子同定が進んでいる。しかし、これらの鍵分子群が、野外の植物の生殖、育種、進化においていかに重要であるのか、明らかではない。鍵分子群がどのような作動原理で分子ネットワークをつくり(鍵分子ネットワークと呼ぶ)、環境の変化、育種、進化においてどのような役割を果たしているのか、解明が期待される。本研究では、最先端の分子科学と大規模データ科学を両輪に、本分野を先導する日欧の研究者を結集する。学生およびポスドクが独立テーマにより本研究を推進することで、鍵分子ネットワークの解明および優れた国際的若手PIの育成の両者を達成する。本年度は、日本(東京)とスイス(チューリッヒ)のそれぞれで、キックオフシンポジウムを開催し、共同研究を大きく加速させた。さらに、国内での共同研究や情報交換、ネットワーキングの加速を目的としたKEPLRセミナーシリーズも開催した。KEPLRセミナーをハイブリッドで行うことで、東京地区、仙台地区、京都・名古屋地区の各地区を中心に、対面での交流も深めた。プロジェクトホームページも立ち上げ、国内外の多くの研究機関が参加する本プロジェクトの中核が確立した。海外渡航も加速し、短期長期を含め、大学院生7名、ポスドク12名がKEPLRメンバーとしてヨーロッパに渡航・滞在した。プロジェクト内にURAとして特任助教を配置し、プロジェクト全体の円滑な運営とネットワーキングの強化を図ることにした。東京大学の戦略的パートナーシップETHZ/UZHチームに積極的に加わり、チューリッヒでの異分野国際シンポジウムにおいて環境科学分野への展開に貢献した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

日本だけでなくチューリッヒでもキックオフシンポジウム(口頭発表、ポスター発表、交流会)を行うことで、日欧の69名の参加者が集い、国際共同研究を大きく加速することができた。KEPLRセミナーシリーズを新たに立案・実行することで、単なる派遣事業とならず、プロジェクトが一体となって研究を進める体制が強化され、また学生・ポスドク間の交流が進んだ。申請時には計画になかった特任助教を配置することで、一連の活動を円滑に推進するとともに、学生・ポスドクのネットワーキングを強化することができた。

今後の研究の推進方策

本研究では、植物生殖において鍵分子ネットワークを構成する重要な鍵分子とその機能は何かを、進化、適応、育種の観点から問う。実験室における植物生殖の鍵分子機能の研究(分子科学)とフィールドにおける植物システムの研究(大規模データ科学)を融合する。多くの知見を発表し、画期的な技術・装置・データベース・数理モデルを創出する。

環境応答グループでは、季節の感知による花成や環境適応など、野外での定点観測に優れた植物ならではのアプローチで、興味深い現象の鍵分子群の同定および数理モデルの導出を達成する。ゲノム柔軟性グループでは、植物の大きな特徴の一つである、核相や生殖系列の柔軟性、クロマチン制御について、植物科学が得意とする遺伝学も駆使して鍵分子ネットワークを解明する。細胞間コミュニケーショングループは、複雑な雌しべ組織で起こる多段階の細胞間コミュニケーションによる受精・遺伝、その劇的な分子進化を解明し、その自在なデザイン・改変により理解を証明する。生殖発生グループでは、受精卵からの初期胚発生やゲノムインプリンティングを中心として、父母のゲノムを合わせた1細胞から組織や個体が発生する仕組みの鍵分子ネットワークを解明する。全てのグループで、国際共同研究が進んでおり、その一部は発表され始めた。長期のポスドクの派遣が増加しており、学生の長期派遣も検討されている。次年度は、引き続きこれらの取り組みを継続および強化する。

若手育成においては、1)ネットワーキング、2)異分野融合、3)挑戦、の3点を重視する。プロジェクトホームページを通じてメンバーの活動が活発に発信され始めたので、次年度も、引き続き取り組みを継続および強化する。特に次年度は、本プロジェクト内で整備を進めてきたin-house grant制度の運用を開始する。テニュアポストを獲得した若手メンバーのスタートアップ支援も開始する。

報告書

(4件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 研究概要(採択時) ( PDF )   審査結果の所見 ( PDF )   実施状況報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (11件) 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 7件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 14件、 招待講演 13件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (3件)

  • [国際共同研究] チューリッヒ大学/ETHチューリッヒ/ローザンヌ大学(スイス)

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  • [国際共同研究] グレゴールメンデル研究所/オーストリア科学技術研究所(オーストリア)

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  • [国際共同研究] ジョンイネスセンター(英国)

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  • [国際共同研究] テクニオン(イスラエル)

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  • [国際共同研究] サクレー大学/国立農学研究所INRAE/リール大学(フランス)

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  • [国際共同研究]

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  • [国際共同研究] チューリッヒ大学(スイス)

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  • [国際共同研究] グレゴールメンデル研究所(オーストリア)

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  • [国際共同研究] ジョンイネスセンター(英国)

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  • [国際共同研究] サクレ―大学(フランス)

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  • [国際共同研究] テクニオン(イスラエル)

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      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Submicron‐scale chromatin architecture in <i>Cycas revoluta</i> pollen nuclei2024

    • 著者名/発表者名
      Toyama Yukiho、Higashiyama Tetsuya
    • 雑誌名

      Molecular Reproduction and Development

      巻: 91 号: 1

    • DOI

      10.1002/mrd.23726

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conserved CKI1-mediated signaling is required for female germline specification in Marchantia polymorpha2024

    • 著者名/発表者名
      Bao Haonan、Sun Rui、Iwano Megumi、Yoshitake Yoshihiro、Aki Shiori S.、Umeda Masaaki、Nishihama Ryuichi、Yamaoka Shohei、Kohchi Takayuki
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 34 号: 6 ページ: 1324-1332

    • DOI

      10.1016/j.cub.2024.01.013

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transcription of the Antisense Long Non-Coding RNA, SUPPRESSOR OF FEMINIZATION, Represses Expression of the Female-Promoting Gene FEMALE GAMETOPHYTE MYB in the Liverwort Marchantia polymorpha2024

    • 著者名/発表者名
      Kajiwara Tomoaki、Miyazaki Motoki、Yamaoka Shohei、Yoshitake Yoshihiro、Yasui Yukiko、Nishihama Ryuichi、Kohchi Takayuki
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 65 号: 3 ページ: 338-349

    • DOI

      10.1093/pcp/pcad170

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Protocol: an improved method for inducing sporophyte generation in the model moss Physcomitrium patens under nitrogen starvation2023

    • 著者名/発表者名
      Yoro Emiko、Koshimizu Shizuka、Murata Takashi、Sakakibara Keiko
    • 雑誌名

      Plant Methods

      巻: 19 号: 1 ページ: 100-100

    • DOI

      10.1186/s13007-023-01077-z

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Seasonal pigment fluctuation in diploid and polyploid Arabidopsis revealed by machine learning-based phenotyping method PlantServation2023

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Reiko、Goto Takao、Tameshige Toshiaki、Sugisaka Jiro、Kuroki Ken、Sun Jianqiang、Akita Junichi、Hatakeyama Masaomi、Kudoh Hiroshi、Kenta Tanaka、Tonouchi Aya、Shimahara Yuki、Sese Jun、Kutsuna Natsumaro、Shimizu-Inatsugi Rie、Shimizu Kentaro K.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 5792-5792

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41260-3

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Small RNA-regulated dominance among polyploid subgenomes supports Haldane's sieve in evolution of self-compatibility.2023

    • 著者名/発表者名
      Yew, C.-L., Tsuchimatsu, T., Shimizu-Inatsugi, R., Yasuda, S., Hatakeyama, M., Kakui, H., Ohta, T., Suwabe, K., Watanabe, M., Takayama, S., Shimizu, K. K.
    • 雑誌名

      Nature Commun.

      巻: 14 号: 1 ページ: 7618-7618

    • DOI

      10.1038/s41467-023-43275-2

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genome editing approaches using reproductive cells/tissues in flowering plants2023

    • 著者名/発表者名
      Toda Erika、Kato Norio、Higashiyama Tetsuya、Okamoto Takashi
    • 雑誌名

      Frontiers in Genome Editing

      巻: 4 ページ: 1085023-1085023

    • DOI

      10.3389/fgeed.2022.1085023

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extensive copy number variation explains genome size variation in the unicellular zygnematophycean alga, Closterium peracerosum-strigosum-littorale complex2023

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, Y., Tsuchikane, Y., Tanaka, K., Taji, T., Suzuki, Y., Toyoda, A., Ito, M., Watano, Y., Nishiyama, T., Sekimoto, H., Tsuchimatsu, T.
    • 雑誌名

      Genome Biol. Evol.

      巻: 15 号: 8

    • DOI

      10.1093/gbe/evad115

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The 33rd International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2023)2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Minoru、Higashiyama Tetsuya、Sugimoto Keiko、Mochida Keiichi、Nakajima Keiji、Hayashi Makoto、Okamoto Masanori、Nakamura Yuki、Seki Motoaki
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 28 号: 12 ページ: 825-830

    • DOI

      10.1111/gtc.13071

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] What can hornworts teach us?2023

    • 著者名/発表者名
      Frangedakis Eftychios、Marron Alan O.、Waller Manuel、Neubauer Anna、Tse Sze Wai、Yue Yuling、Ruaud Stephanie、Waser Lucas、Sakakibara Keiko、Sz?v?nyi P?ter
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 14 ページ: 1108027-1108027

    • DOI

      10.3389/fpls.2023.1108027

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Novel inhibitors of microtubule organization and phragmoplast formation in diverse plant species2023

    • 著者名/発表者名
      Kimata Yusuke、Yamada Moe、Murata Takashi、Kuwata Keiko、Sato Ayato、Suzuki Takamasa、Kurihara Daisuke、Hasebe Mitsuyasu、Higashiyama Tetsuya、Ueda Minako
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 6 号: 5 ページ: e202201657-e202201657

    • DOI

      10.26508/lsa.202201657

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Poly(A) polymerase 1 contributes to competence acquisition of pollen tubes growing through the style in <i>Arabidopsis thaliana</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Ramming Anna、Kappel Christian、Kanaoka Masahiro M.、Higashiyama Tetsuya、Lenhard Michael
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 114 号: 3 ページ: 651-667

    • DOI

      10.1111/tpj.16162

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Time‐series multispectral imaging in soybean for improving biomass and genomic prediction accuracy2022

    • 著者名/発表者名
      Sakurai Kengo、Toda Yusuke、Kajiya‐Kanegae Hiromi、Ohmori Yoshihiro、Yamasaki Yuji、Takahashi Hirokazu、Takanashi Hideki、Tsuda Mai、Tsujimoto Hisashi、Kaga Akito、Nakazono Mikio、Fujiwara Toru、Iwata Hiroyoshi
    • 雑誌名

      The Plant Genome

      巻: 15 号: 4

    • DOI

      10.1002/tpg2.20244

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a high-throughput field phenotyping rover optimized for size-limited breeding fields as open-source hardware2022

    • 著者名/発表者名
      Kuroki Ken、Yan Kai、Iwata Hiroyoshi、Shimizu Kentaro K.、Tameshige Toshiaki、Nasuda Shuhei、Guo Wei
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 72 号: 1 ページ: 66-74

    • DOI

      10.1270/jsbbs.21059

    • NAID

      130008158306

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genomic Prediction of Green Fraction Dynamics in Soybean Using Unmanned Aerial Vehicles Observations2022

    • 著者名/発表者名
      Toda Yusuke、Sasaki Goshi、Ohmori Yoshihiro、Yamasaki Yuji、Takahashi Hirokazu、Takanashi Hideki、Tsuda Mai、Kajiya-Kanegae Hiromi、Lopez-Lozano Raul、Tsujimoto Hisashi、Kaga Akito、Nakazono Mikio、Fujiwara Toru、Baret Frederic、Iwata Hiroyoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 13 ページ: 828864-828864

    • DOI

      10.3389/fpls.2022.828864

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A novel function for the sperm adhesion protein IZUMO1 in cell?cell fusion2022

    • 著者名/発表者名
      Brukman Nicolas G.、Nakajima Kohdai P.、Valansi Clari、Flyak Kateryna、Li Xiaohui、Higashiyama Tetsuya、Podbilewicz Benjamin
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 222 号: 2

    • DOI

      10.1083/jcb.202207147

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Introduction of Key-Molecule-Network in Plant Reproduction project2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      Joint Kickoff Symposium “Plant Reproduction Research by International Networking”
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Key Molecular and Cellular Dynamics in Plant Reproduction2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      Invited Seminar in Chiang Mai University
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How do the two sperm cells fuse with the two different female gametes in flowering plants?2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      EMBO Workshop “Mechanisms of Membrane Fusion”
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Imaging Approaches for Peptide Signaling in Pollen Tube Guidance2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      Plant Peptides and Receptors Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] International Leading Research KEPLR, Key-Molecule-Network in Plant Reproduction2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      The Interdisciplinary Strategic Partnership Tokyo - Zurich Symposium 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Launching KEPLR/ Plant fertilization studies of non-model species in the field2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Higashiyama
    • 学会等名
      KEPLR Kickoff Meeting Zurich
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Crossing Strategy for Plant Breeding2023

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sakurai, Kosuke Hamazaki, Minoru Inamori, Akito Kaga, Hiroyoshi Iwata
    • 学会等名
      The Interdisciplinary Strategic Partnership Tokyo - Zurich Symposium 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling genome-phenome relationships to accelerate plant breeding2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroyoshi Iwata
    • 学会等名
      Workshop on Plant Biology
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      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Application of Data Science to Accelerate Crop Improvement¶2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroyoshi Iwata
    • 学会等名
      The Interdisciplinary Strategic Partnership Tokyo - Zurich Symposium 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Epigenetic Regulation of Reproductive Induction and Sexual Differentiation in Marchantia polymorpha2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kohchi
    • 学会等名
      KEPLR Kickoff Meeting Zurich
    • 関連する報告書
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    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The role of H3K27me3 repressive histone modification is a seasonal environment2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kudoh
    • 学会等名
      KEPLR Kickoff Meeting Zurich
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phenology of epigenetic regulation: Seasonality of H3K27me3 and H3K4me3 in natural plant population2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kudoh
    • 学会等名
      Joint Kickoff Symposium “Plant Reproduction Research by International Networking”
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    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Study on Cycas revoluta fertilization with motile sperm toward elucidation of plant reproduction system evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Yukiho Toyama
    • 学会等名
      Joint Kickoff Symposium “Plant Reproduction Research by International Networking”
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    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Towards data-driven breeding - combining genomics and high throughput phenotyping2023

    • 著者名/発表者名
      那須田周平
    • 学会等名
      京都大学-チューリヒ大学 戦略的パートナーシップ ジョイントシンポジウム2023
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    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] KEPLR project homepage

    • URL

      https://keplr.jp/

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公開日: 2022-12-22   更新日: 2024-12-25  

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