| 研究課題/領域番号 |
22KF0418
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| 補助金の研究課題番号 |
22F22379 (2022)
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 基金 (2023)
補助金 (2022) |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 審査区分 |
小区分45020:進化生物学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人海洋研究開発機構 (2023)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 (2022) |
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研究代表者 |
延 優 (NOBUMASARU・KONISHI) 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 主任研究員 (40805644)
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| 研究分担者 |
MEI RAN 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2023-03-08 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2024年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2023年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2022年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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| キーワード | Bioinformatics / Archaea / Genes |
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| 研究開始時の研究の概要 |
We have massive amounts of genomic insight into life on Earth, yet the data remains challenging to explore due to the lack of organization - only a small fraction of genes have known biochemical function. However, we need not know genes’ functions to extract useful information. One approach to explore genetic space is combination of cutting-edge gene clustering algorithms and evolution reconstruction tools.
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| 研究実績の概要 |
We collected archaeal genomes public databases and, with the workstation purchased using this funding, performed computationally demanding analyses, such as gene function annotation, species pangenome construction, prediction of protein families/superfamilies, and homology analyses. We also performed iterative Markov-clustering-based approaches to cluster all archaeal gene sequences into homologous groups. Evaluating the functional consistency in each cluster showed that most clusters associated with known functions do not include homologs of other function, indicating success of the approach (to a certain degree).
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
The project is proceeding as planned.
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| 今後の研究の推進方策 |
In the next steps we will further refine the clustering and further predict the evolutionary history of each gene/function (i.e., vertical inheritance, lateral gene transfer, and gene loss). We will look to compare ancient and recent evolution of function tied with the emergence of primordial and younger archaeal lineages. One target will be tying such evolution with acetogenesis, methanogenesis and eukaryogenesis.
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