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数理モデルを用いたイネ草姿形成機構の解明と遺伝情報に基づく表現型予測への応用

研究課題

研究課題/領域番号 22KJ0106
補助金の研究課題番号 22J20329 (2022)
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金 (2023)
補助金 (2022)
応募区分国内
審査区分 小区分39010:遺伝育種科学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

徳山 芳樹  北海道大学, 農学院, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2023-03-08 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2024年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2023年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2022年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードイネ / 野生イネ / 重力屈性 / ライブイメージング / 栽培化 / 分げつ角度 / フォトグラメトリ / 数理モデル
研究開始時の研究の概要

イネの野生種を含むいくつかの単子葉植物では、地面を這うように倒れた形をしている。この際、横向きに生えた上で「積極的に起き上がらない(茎が曲がらない)」ことで倒れている枝(分げつと呼ぶ)とは対照的に、全ての分げつの大元である主稈は、上向きに生えた上で「積極的に茎が曲がる」ことで倒れる。イネ野生種を用いて、どのような細胞や組織の形の変化が主稈の傾き具合を制御しているのかを明らかにすることが、本研究の目的である。特に、主稈には重力に逆らって起きあがろうとする性質も同時に備わっており、「倒れる」「起きる」という2種類の相反する動きがどのようなバランスで最終的な形を作っているのかに着目する。

研究実績の概要

研究の目的は、特に重力に応答して起き上がる動き(重力屈性)と、逆に倒れようとする動き(反重力屈性オフセット)に着目し、どのようにイネ野生種の放射状草姿が決定されるのかを明らかにすることである。
反重力屈性オフセットの解析として、イネ野生種背景でイネ草姿に関わる遺伝子が栽培種の遺伝子型に置き換わった系統を用い、クリノスタット装置による擬似無重力環境での表現型解析を行うことに成功した。さらに、栽培種背景・野生種背景の両方向の準同質遺伝子系統を利用した重力屈性解析も順調に実施し、重力屈性の解析も進んでいる。
大きな成果として、これまで正立型顕微鏡でしか行えなかったイネ葉原基のライブイメージング法を、より一般的な倒立型顕微鏡でも行えるように改良し、データ取得を進められるようになったことである。これにより、四次元画像解析ソフトウェアMorphoGraphXによる解析を通して、細胞の成長率や成長方向・細胞分裂等の詳細な成長解析を行うことができるようになった。また、特定の遺伝子発現に着目した蛍光タンパク質の検出をライブイメージングで行うことに成功したため、細胞の分化状態にも着目した解析が可能になった。また、こちらのライブイメージング実験については、日本育種学会講演会で口頭発表を行い、優秀発表賞を受賞した。
さらに、イネ野生種の草姿に関わる遺伝子の準同質遺伝子系統を用いた表現型解析を主軸とした、令和4年度から執筆・投稿作業を進めていた英語論文をPlanta誌に投稿し、受理・出版された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

重力屈性解析や、反重力屈性オフセットを利用した表現型解析や遺伝子発現解析実験は予定通り進んでいる。
葉原基のライブイメージング技術の開発とそれを用いた解析については、当初予定していたよりも精度の高いデータを取得できるように手法を改良でき、データ取得のスピードも予定を上回っている。
また、英語論文の出版や学会発表についても概ね予定通り進んでいる。今後用いる予定の実験材料(野生イネ背景のlazy1変異体)の作出が想定よりも時間がかかっているが、技術的な障壁は解消され作出の目処が立っているため、上記の予定以上の進捗状況と併せて、おおむね計画通りであると考える。

今後の研究の推進方策

今後の計画として、日本で実施可能となったライブイメージング解析により、遺伝子発現の時空間的変動や細胞の動態を詳細に解析し、葉の形態と、それが植物個体の姿勢制御に及ぼす影響を調査する。さらに、網羅的に細胞の成長を解析できてしまうため、得られた細胞の成長パターンが器官および個体の形態にどのように寄与するのかを明らかにする必要がある。そこで、イネの葉の形態に変異がある系統や、イネと似通った成長をするが細部は異なる形態を示すコムギやトウモロコシといったイネ科植物を併用し、解析で得られた成長パターンの効果を検証する。また、数理モデリングを通して、葉や植物の姿勢が出来上がる過程のシミュレーションも行い、解析結果の効果を理論的に推測する研究も行う。
重力屈性・反重力屈性オフセットの効果の解析は、表現型解析・網羅的遺伝子発現解析・新規実験系統(重力屈性変異体)の作出を通して継続する予定である。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] 若手研究者による農学的興味の広げ合い第2回~育種における植物フェノタイピング技術の応用~2023

    • 著者名/発表者名
      徳山 芳樹、岡田 萌子、黒木 健、古村 翔也、佐藤 萌子、梨木 聡人、増田 佳苗、松尾 宏樹、山森 晃一、Ji Xiaoton
    • 雑誌名

      育種学研究

      巻: 25 号: 1 ページ: 73-77

    • DOI

      10.1270/jsbbr.25.W07

    • ISSN
      1344-7629, 1348-1290
    • 年月日
      2023-06-01
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Different contributions of PROG1 and TAC1 to the angular kinematics of the main culm and tillers of wild rice (Oryza rufipogon)2023

    • 著者名/発表者名
      Tokuyama Yoshiki、Omachi Miku、Kushida Shiori、Hikichi Kiwamu、Okada Shuhei、Onishi Kazumitsu、Ishii Takashige、Kishima Yuji、Koide Yohei
    • 雑誌名

      Planta

      巻: 259 号: 1 ページ: 19-19

    • DOI

      10.1007/s00425-023-04300-2

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 三次元タイムラプス撮影によるイネ葉原基の1細胞成長解析2023

    • 著者名/発表者名
      徳山芳樹、Robert Kelly-Bellow、Richard S. Smith、小出陽平
    • 学会等名
      日本育種学会第144回講演会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] フォトグラメトリを利用した野生イネ草姿の三次元解析2023

    • 著者名/発表者名
      徳山 芳樹, 串田 栞理, 曵地 究, 貴島 祐治, 小出 陽平
    • 学会等名
      日本育種学会 第142回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ワークショップ「若手研究者による農学的興味の広げ合い第2回~育種における植物フェノタイピング技術の応用~」内の講演「栽培イネ・野生イネを立体的に考える:時系列表現型解析からモデリングまで」2023

    • 著者名/発表者名
      徳山 芳樹、岡田 萌子、黒木 健、古村 翔也、佐藤 萌子、梨木 聡人、増田 佳苗、松尾 宏樹、山森 晃一、Ji Xiaoton
    • 学会等名
      日本育種学会 第142回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-28   更新日: 2024-12-25  

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