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植物二次代謝の高効率な生合成の鍵となるメタボロンの構造解析と膜上動態イメージング

研究課題

研究課題/領域番号 22KJ1466
補助金の研究課題番号 21J22186 (2021-2022)
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分基金 (2023)
補助金 (2021-2022)
応募区分国内
審査区分 小区分38030:応用生物化学関連
研究機関金沢大学

研究代表者

今泉 璃城  金沢大学, 自然科学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2023-03-08 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2023年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2022年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2021年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワードフラボノイド / イソプレノイド / メタボロン / X線結晶構造解析 / 高速バイオAFM / 植物二次代謝 / 結晶構造解析
研究開始時の研究の概要

生物の生存に必須な代謝を一次代謝と呼ぶのに対し、ホルモンやシグナル分子などとして機能する有機化合物の生合成は二次代謝と呼ばれる.植物は,外界からの様々なストレスに対処するための戦略として二次代謝を進化させ,他の生物に見られない膨大な種類の化合物を生合成する.それらの中には,人間に対して薬理活性が知られているイソフラボンや,優れた材料特性を持つ天然ゴムなどがある.
本研究は,植物のイソフラボン及び天然ゴム生合成において、進化の過程でつくりだした酵素複合体がダイナミックに動く姿と,分子レベルでの詳細な構造を捉え、高効率な生合成の謎を解明する.

研究実績の概要

本研究は、植物特化代謝へ進化する過程でつくりだした酵素複合体がダイナミックに動く姿と、分子レベルでの詳細な構造を捉え、高効率な生合成の謎を解明することを目的としている。本年度についても、昨年度と引き続き、植物特化代謝において高効率な生合成の鍵と考えられる代謝酵素複合体(メタボロン)について、その作用機序を明らかにするため、メタボロン構成因子の単体及び複合体の単離・精製・結晶化方法の検討を行った。カルコン合成酵素とメタボロン構成因子との複合体構造について、精製条件や結晶化条件の再検討を行ったところ、分解能が向上した良質なデータセットが得られ、分子置換法による位相決定に成功した。さらに、カルコン合成酵素と阻害物質との複合体構造も追加で決定し、複合体形成時のメタボロン構成因子Aとの相互作用界面を踏まえ、新規な酵素活性制御機構を議論した。また、当初の計画に基づき、高速バイオAFMによる動的構造解析についても条件検討を進めており、上記の二者複合体について、結合・乖離を繰り返している像の取得に成功し、両者が可逆的な相互作用を有することを明示した。現在、複合体のライフタイムを算出することを目的にデータ解析を進めている。
本研究により得られた成果として、フラボノイド代謝の始点となるカルコン合成酵素について、メタボロンの一部を構成する制御タンパク質との複合体化により曖昧な酵素活性を矯正する分子機構について、単独及び制御タンパク質との複合体の構造決定や、高速バイオAFMによる動態観察を踏まえ、動的な構造変換を含む新規な分子機構を解明した。さらに、イソプレノイドについて、ネリル二リン酸合成酵素NDPS1のアポ体及び基質アナログ複合体の結晶構造解析に成功し、変異導入による酵素改変結果も踏まえ、縮合回数の制御機構や末端領域の役割についての分子メカニズムを解明した。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Structural‐Functional Correlations between Unique N‐terminal Region and C‐terminal Conserved Motif in Short‐chain <i>cis</i>‐Prenyltransferase from Tomato2024

    • 著者名/発表者名
      Imaizumi Riki、Matsuura Hiroaki、Yanai Taro、Takeshita Kohei、Misawa Shuto、Yamaguchi Haruhiko、Sakai Naoki、Miyagi‐Inoue Yukino、Suenaga‐Hiromori Miki、Waki Toshiyuki、Kataoka Kunishige、Nakayama Toru、Yamamoto Masaki、Takahashi Seiji、Yamashita Satoshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 25 号: 7

    • DOI

      10.1002/cbic.202300796

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into a bacterial β-glucosidase capable of degrading sesaminol triglucoside to produce sesaminol: toward the understanding of the aglycone recognition mechanism by the C-terminal lid domain2023

    • 著者名/発表者名
      Yanai Taro、Takahashi Yukino、Katsumura Eri、Sakai Naoki、Takeshita Kohei、Imaizumi Riki、Matsuura Hiroaki、Hongo Shuntaro、Waki Toshiyuki、Takahashi Seiji、Yamamoto Masaki、Kataoka Kunishige、Nakayama Toru、Yamashita Satoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 号: 4 ページ: 335-344

    • DOI

      10.1093/jb/mvad048

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure‐based engineering of a short‐chain <i>cis</i>‐prenyltransferase to biosynthesize nonnatural all‐ <i>cis</i> ‐polyisoprenoids: molecular mechanisms for primer substrate recognition and ultimate product chain‐length determination2022

    • 著者名/発表者名
      Kutsukawa Ryo、Imaizumi Riki、Suenaga‐Hiromori Miki、Takeshita Kohei、Sakai Naoki、Misawa Shuto、Yamamoto Masaki、Yamaguchi Haruhiko、Miyagi‐Inoue Yukino、Waki Toshiyuki、Kataoka Kunishige、Nakayama Toru、Yamashita Satoshi、Takahashi Seiji
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: - 号: 15 ページ: 4602-4621

    • DOI

      10.1111/febs.16392

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] フラボノイド代謝における鍵酵素と生成物特異性を制御するタンパク質の複合体結晶構造2024

    • 著者名/発表者名
      今泉 璃城,和氣 駿之,竹下 浩平,安田 あおい,松浦 滉明,中多 舜,坂井 直樹,片岡 邦重,高橋 征司,山本 雅貴,山下 哲,中山 亨
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] テルペノイド生合成に関与するシス型プレニルトランスフェラーゼの先端的立体構造解析と酵素機能改変2024

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城
    • 学会等名
      日本ビタミン学会第76回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural and functional relevance of C-terminal conserved region and N-terminal extention region of neryl diphosphate synthase 1 (NDPS1)2023

    • 著者名/発表者名
      Riki Imaizumi, Shuto Misawa, Miki Suenaga-Hiromori, Taro Yanai, Kohei Takeshita, Hiroaki Matsuura, Haruhiko Yamaguchi, Yukino Miyagi-Inoue, Naoki Sakai, Kunishige Kataoka, Masaki Yamamoto, Toru Nakayama, Seiji Takahashi, Satoshi Yamashita
    • 学会等名
      TERPNET 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] セサミノール配糖体加水分解酵素のX線結晶構造解析によって示されたC末端ドメインの新奇機能2023

    • 著者名/発表者名
      矢内 太朗, 高橋 由季乃, 坂井 直樹, 竹下 浩平, 今泉 璃城, 松浦 滉明, 宮原 一真, 和氣 駿之, 高橋 征司, 山本 雅貴, 片岡 邦重, 中山 亨, 山下 哲
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 植物由来短鎖シス型プレニルトランスフェラーゼに特有なN末端領域の構造的特徴と酵素活性に与える影響2022

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城,三沢柊人,竹下浩平,坂井直樹,山口晴彦,宮城ゆき乃,片岡邦重,中山享,高橋征司,山下哲
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 植物由来短鎖cPTの末端ランダム領域の構造解明と酵素機能への重要性2022

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城,三沢柊人,山口晴彦,宮城ゆき乃,竹下浩平,廣森美樹,高橋征司,山下哲
    • 学会等名
      第32回イソプレノイド研究会例会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ゴム合成酵素類似酵素の立体構造解明と活性制御機構の発見2022

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城,三沢柊人,山口晴彦,宮城ゆき乃,竹下浩平,廣森美樹,高橋征司,山下哲
    • 学会等名
      第3回天然ゴム研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] トマト由来ネリル二リン酸合成酵素NDPS1のX線結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城,三沢柊人,竹下浩平,坂井直樹,山口晴彦,宮城ゆき乃,片岡邦重,中山享,高橋征司,山下哲
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 植物フラボノイド経路の初発酵素であるカルコン合成酵素の構造と機能 -メタボロンを構成する意義-2021

    • 著者名/発表者名
      今泉璃城,和氣駿之,中多 舜,久保大樹,坂井直樹,竹下浩平,片岡邦重,中山亨,山下哲
    • 学会等名
      蛋白質科学会若手の会研究交流会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Studies on allylic substrate recognition and prenyl-chain elongation mechanism in cis-Prenyltransferase from plant2021

    • 著者名/発表者名
      Riki Imaizumi, Ryo Kutsukawa, Miki Suenaga, Haruhiko Yamaguchi, Yukino Miyagi-Inoue, Kazuhisa Fushihara, Toru Nakayama, Satoshi Yamashita and Seiji Takahashi
    • 学会等名
      Pacifichem2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2021-05-27   更新日: 2024-12-25  

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