| 研究課題/領域番号 |
22KK0087
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| 研究種目 |
国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京都立大学 |
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研究代表者 |
江口 克之 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (30523419)
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| 研究分担者 |
小栗 恵美子 東京都立大学, 理学研究科, 客員研究員 (10608954)
吉田 貴大 東京都立大学, 理学研究科, 助教 (30868451)
Francesco Ballarin 東京都立大学, 理学研究科, 特任助教 (50914462)
Nguyen DucAnh 東京都立大学, 理学研究科, 客員研究員 (70828946)
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| 研究期間 (年度) |
2022-10-07 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
20,280千円 (直接経費: 15,600千円、間接経費: 4,680千円)
2025年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2024年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
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| キーワード | DNA barcoding / インドシナ / 土壌棲節足動物 / 定量調査 / ビッグデータ / 2-Step 系統分類学 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
生物多様性ホットスポットであるチュオンソン山系において、土壌棲節足動物を対象に、生物多様性解明の高速化を目的に考案した「2-Step系統分類学」を実践する。
ベトナム生態学生物資源研究所、ラオス国立大学と共同で、日本からMinIONなどの最小の機器を持込み、「in situ」（現地）で「DNA・形態ビッグデータベース」を構築する。得られたDNAデータをBarcode of Life Dataの種判別クラスタリングにかけることで、「暫定種（BIN）」を効率よく判別する（種判別段階）。さらに、BINの種としての実態を再検証し、既存の分類体系に位置付け、後追いで分類学的処置を行う（記載分類段階）。
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| 研究実績の概要 |
本研究の対象となる土壌棲節足動物の採集方法を、代表者と研究分担者の吉田、Nguyen DA、F Ballarinが手分けをして、日本国内およびベトナムで行った。その結果、以下の複数の方法の組み合わせが適していると判断された：(1) シフターで振るった後の腐植物を対象としたハンドソーテイング、(2) シフターで振るった後の腐植物を対象とした設置型（移動可能）ウィンクラー装置での抽出、(3) ピットフォールトラップ（エタノールのみでの誘因）、(4) 朽木を対象とした羽化トラップ（朽木から羽化・発生した昆虫類をトラップする装置）、（５） 目視探索での一般採集。ウィンクラー装置については、研究代表者である江口がいくつか試作する中で、安価で入手可能な部品を組み合わせた、携帯性の高いものを完成させた。
2023年3月にベトナムのDien Bien省（各地の森林）、Lai Chau省（Muong Te自然保護区）、Ha Tinh省（Vu Quang国立公園）、Nghe An省（Pu Hoat自然保護区）にて、予備的調査を実施した。コロナ禍後にはじめて実施する野外調査であったので、ベトナム生態学生物資源研究所（IEBR）との連携、研究許可関連の手続きなどの確認を行った。その上で上述のように調査方法の検討を行った（その際得られた標本は、2023年度前半に行うMinIONシーケンス実験系立ち上げの際の、試行用サンプルとする）。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本研究プロジェクトの開始の時期に、コロナ禍の収束の見通しが立ちはじまたため、本研究の共同研究先であるベトナム生態学生物資源研究所（IEBR）およびラオス国立大学(NUOL）との共同研究の再起動に取り掛かった。2022年10月にラオス国立大学より2名の留学生の受け入れができたこと、また2023年3月にベトナムにて野外調査を実施できたことから、ベトナムおよびラオスでの国際共同研究が、コロナ禍前と同じように実施可能であることが確認できた。
前述の通り、本研究の方法の要となる土壌動物の定量サンプリングの手法について、日本国内およびベトナムである程度確認ができた。
2023年3月のベトナム訪問の際に、本研究の分担者Nguyen DAがPIを務めるIEBRの土壌生態学分野を訪問し、本研究の要となるMinION次世代シーケンサーを用いたin-situシーケンスを実施可能な実験室を有することを確認した。
このように、初年度（10月スタートのため、およそ６ヶ月）のスタートアップ期間で行うべきことは概ね実施できた。よって、本研究は順調に進展していると考えている。
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| 今後の研究の推進方策 |
今年度は8月にラオス（吉田、NUOLの留学生2名）、9月と3月にベトナム（江口、Ballarin、Nguyen DA）への出張（野外調査、IEBRやNUOLでの標本整理・解析や打ち合わせ）を予定している。
9月のベトナム出張までに、研究代表者の研究室にてMinIONシーケンスの実験系を立ち上げた上で、9月のベトナム出張の際にその実験系を機材とともにIEBRのNguyen DAのラボに移植する計画で、準備を進めている。
8月のラオス出張に関しては、調査地の検討を進めている。一方、9月のベトナム出張では、ベトナム北部のCuc Phong国立公園、ベトナム中部高原地帯のKon Ka Kinh国立公園とKon Chu Rang自然保護区で野外調査を実施する予定である。２０２４年3月のベトナムでの活動の内容は調整中である。
本研究の基本コンセプト（DNA塩基配列情報に基づく種認識を先行させて、後追いで、リンネ式分類体系との整合性を調整する）の具体例となる研究の結果をまとめた論文を１編投稿中、１編を準備中であり、それらについては、受理された段階で、プレスリリースなどの手段で対外的に積極的にアピールする。
研究代表者の研究室では、様々な土壌動物を対象とした系統分類学的、系統地理学的研究を、東南アジアや東アジアから得られた標本をもとに進めている。それらの研究の進捗を踏まえて、本研究において特に着目する分類群について検討する。
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