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糞メタゲノム・メタプロテオーム分析による野生オランウータンの健康診断

研究課題

研究課題/領域番号 22KK0170
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分64:環境保全対策およびその関連分野
研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

蔦谷 匠 (澤藤 匠 / 蔦谷匠)  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 助教 (80758813)

研究分担者 西内 巧  金沢大学, 疾患モデル総合研究センター, 准教授 (20334790)
福原 瑶子 (内田瑶子)  岡山大学, 医歯薬学域, 助教 (60779742)
田島 知之  大阪大学, COデザインセンター, 特任講師(常勤) (60817534)
久世 濃子  独立行政法人国立科学博物館, 人類研究部, 協力研究員 (60437192)
研究期間 (年度) 2022-10-07 – 2027-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
20,150千円 (直接経費: 15,500千円、間接経費: 4,650千円)
2026年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2025年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2024年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2023年度: 7,670千円 (直接経費: 5,900千円、間接経費: 1,770千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードプロテオミクス / ゲノミクス / オランウータン / 人獣共通感染症 / 保全 / 糞 / メタゲノム / メタプロテオーム / 感染症 / 健康
研究開始時の研究の概要

動物の糞中に含まれる病原体、ストレス応答、生体防御関連のDNAやタンパク質を、最新のメタオミクス技術によって同定し比較することで、野生動物の健康状態やレジリエンスを評価できる。ヒトにもっとも近縁な大型類人猿の中で唯一アジアに生息し大きな保全価値を持つ野生オランウータンを対象とし、生態学調査とプロテオミクスに秀でた日本とゲノミクスに秀でたマレーシアの研究者が協働する。COVID-19によるエコツーリズムの停止を「自然の実験場」として、ヒトとの接触の程度が異なるふたつの時点を比較する。そして、人獣共通感染症の蔓延やその健康影響を可視化し、保全・疫学政策につなげる。

研究実績の概要

研究代表者は2023年5月および10月にサバ州に渡航し、海外共同研究者と打ち合わせを実施し、ダナムバレイにおいて野生オランウータンの調査を実施した。ダナムバレイにおいては、現地雇用のリサーチ・アシスタント(RA)が継続的にオランウータンの生態データを収集し糞を採取する体制が構築されている。また、2018年までにすでに収集済みとなっていた糞試料を2分したうちの半分を海外共同研究者に渡し、メタゲノム解析および微生物学的検討が実施されることとなった。すでに収集済みの糞の後半分については、サバ州からの正式な許可のもと、2023年3月に日本に輸出済みとなっている。
すでに輸出済みのオランウータン糞試料については、合計24点からタンパク質抽出処理を実施した。タンパク質の抽出プロトコルは研究代表者らが開発し出版した手法に従った(Tsutaya et al. 2021. Mol Ecol Resour 21:1808-1819)。抽出したサンプルのうちの一部は2023年度中にタンデム質量分析計でのプロテオミクスが実施できており、免疫や生体防御関連のタンパク質が豊富に同定できることを確かめている。残りの抽出済みサンプルについては2024年度中にタンデム質量分析計での分析を依頼する。
また、現地出身のオランウータン研究者を育成するため、マレーシア・サバ大学にてオランウータンの生態学についての研究で博士課程に在学する大学院生1名を1ヶ月間日本に招聘した。プロテオミクスに関する公知の研究の技術移転を実施するとともに、日本における霊長類学の研究について紹介し、ニホンザルなどの行動観察を実施し、日本の霊長類学者とのネットワーク形成を促進した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

現地RAを主体とした調査地でのサンプル採取は順調に継続できている。すでに輸出済みの糞試料24点についてはプロテオミクスのための前処理が完了し、2024年度中にそれらの分析結果がそろう予定である。海外共同研究者との連携も緊密になされており、微生物学的解析を実施中であると聞いている。

今後の研究の推進方策

すでに輸出済みであるCOVID-19以前の糞についてプロテオーム分析を完了させる。また、海外共同研究者によるメタゲノム分析も開始する。
あわせて、COVID-19後の糞について輸出手続きを開始する。許可が降りしだい日本への輸出を実施し、プロテオーム分析を日本で、メタゲノム分析をサバ州で実施する。
日本に短期招聘した大学院生と定期的に研究打ち合わせを実施し、分析結果を論文化する。場合によっては再度日本に招聘し、現地若手研究者の人材育成を図る。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2023 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [国際共同研究] マレーシア・サバ大学(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マレーシア・サバ大学(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Dietary partitioning in the sympatric Paradoxurinae civets in Borneo suggested by compound-specific nitrogen isotope analysis of amino acids2023

    • 著者名/発表者名
      Nakabayashi M, Tsutaya T, Ahmad HA, Sasaki Y, Ogawa NO, Ishikawa NF, Ohkouchi N
    • 雑誌名

      Research Square

      巻: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-3414807/v1

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 食物分配2023

    • 著者名/発表者名
      田島知之
    • 雑誌名

      霊長類学の百科事典

      巻: - ページ: 425-425

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 野生の仮面-オランウータンのオスにおけるフランジ発達中のホルモン動態2023

    • 著者名/発表者名
      田島知之, 義村弘仁, 黒鳥英俊, 木下こづえ
    • 学会等名
      第39回日本霊長類学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Male Reproductive Success in wild Bornean Orangutans in Primary Dipterocarp Forest: Implication of the Influence of Mast-fruiting on male reproductive skew2023

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Tajima, Noko Kuze, Tomoko Kanamori, Takumi Tsutaya, Mendonca Renata S, Saika Yamazaki, Bernard Henry, Kumar Vijay S, Natasha Arora, Michael Krutzen, Eiji Inoue, Miho Inoue-Murayama
    • 学会等名
      The 29th Congress of International Primatological Society
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2022-10-11   更新日: 2024-12-25  

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