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ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 23247014
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

三木 邦夫  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (10116105)

連携研究者 跡見 晴幸  京都大学, 大学院工学研究科, 教授 (90243047)
研究協力者 渡部 聡  京都大学, 大学院理学研究科, 特定研究員 (50432357)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
47,060千円 (直接経費: 36,200千円、間接経費: 10,860千円)
2013年度: 16,510千円 (直接経費: 12,700千円、間接経費: 3,810千円)
2012年度: 16,510千円 (直接経費: 12,700千円、間接経費: 3,810千円)
2011年度: 14,040千円 (直接経費: 10,800千円、間接経費: 3,240千円)
キーワード成熟化タンパク質 / X線結晶構造解析 / 金属取り込み / Hypタンパク質 / 複合体構造 / X線結晶構造解析 / 構造生物学
研究成果の概要

Hypタンパク質群(HypA, B, C, D, E, F)は,水素代謝を行う[NiFe]ヒドロゲナーゼにニッケル・鉄クラスターを組み込み,ヒドロゲナーゼとしての機能を発現させる成熟化因子である.われわれがこれまでに行ってきたHypタンパク質の構造解析の成果を発展させて,成熟化過程で過渡的に形成される各種複合体(HypAB複合体,HypCDならびにHypCDE複合体,ヒドロゲナーゼ・ラージサブユニットHyhLとHypタンパク質との複合体)や反応中間体(カルバモイル化HypE,シアノ化HypE)の構造・機能解析を行い,[NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構について知見を得た.

報告書

(4件)
  • 2014 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (18件) (うち招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Identification and Structure of a Novel Archaeal HypB for [NiFe] Hydrogenase Maturation2013

    • 著者名/発表者名
      D. Sasaki, S. Watanabe, R. Matsumi, T. Shoji, A. Yasukochi, K. Tagashira, W. Fukuda, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 425 号: 10 ページ: 1627-1640

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.02.004

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal Structures of the Carbamoylated and Cyanated Forms of HypE for [NiFe] Hydrogenase Maturation2013

    • 著者名/発表者名
      T. Tominaga, S. Watanabe, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 110 号: 51 ページ: 20485-20490

    • DOI

      10.1073/pnas.1313620110

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structure of the [NiFe] Hydrogenase Maturation Protein HypF from Thermococcus kodakaraensis KOD12012

    • 著者名/発表者名
      T. Tominaga, S. Watanabe, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. Section F

      巻: F68 号: 10 ページ: 1153-1157

    • DOI

      10.1107/s1744309112036421

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis of [NiFe] Hydrogenase Maturation by Hyp Proteins2012

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, D. Sasaki, T. Tominaga, and K. Miki
    • 雑誌名

      Biol. Chem.

      巻: 393 号: 10 ページ: 1089-1100

    • DOI

      10.1515/hsz-2012-0197

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structures of the HypCD Complex and the HypCDE Ternary Complex: Transient Intermediate Complexes during [NiFe] Hydrogenase Maturation2012

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 20 号: 12 ページ: 2124-2137

    • DOI

      10.1016/j.str.2012.09.018

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization and in vitro Interaction Study of a [NiFe] Hydrogenase Large Subunit from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis KOD12012

    • 著者名/発表者名
      D. Sasaki, S. Watanabe, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 417 号: 1 ページ: 192-196

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2011.11.083

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化に関与するHypAB複合体のX線結晶構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      河島拓未,渡部 聡,西谷優一,金井 保,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2014年度年会
    • 発表場所
      東京都,東京大学農学部
    • 年月日
      2014-11-01 – 2014-11-03
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Studies on intermediate HypAB complexes for Ni insertion during [NiFe] hydrogenase maturation2014

    • 著者名/発表者名
      T. Kawashima, S. Watanabe, Y. Nishitani, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌市,札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for the biosynthesis of the CN ligand of [NiFe] hydrogenase2014

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, T. Tominaga, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      XXIII Congress and General Assembly, International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Montréal, Canada
    • 年月日
      2014-08-05 – 2014-08-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質結晶学の歴史 - はじめに2014

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜市,ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化におけるシアノ基生合成中間体の構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡,富永大河,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜市,ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 放射光と中性子の連携利用による構造生物学2014

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      物構研サイエンスフェスタ,第5回MLFシンポジウム,第31回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば市,つくば国際会議場エポカル
    • 年月日
      2014-03-18 – 2014-03-19
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 放射光と中性子線の相補利用による新しいタンパク質結晶学2013

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取市,とりぎん文化会館
    • 年月日
      2013-06-12 – 2013-06-14
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化タンパク質HypFの結晶構造2012

    • 著者名/発表者名
      富永大河,渡部 聡,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋市,名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化を担う新規なHypBの同定と構造2012

    • 著者名/発表者名
      佐々木大輔,渡部 聡,松見理恵,東海林寿久,安河内綾子,田頭健太,福田青郎,金井 保,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋市,名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Crystal Structures of the HypCD and HypCDE Transient Complexes for [NiFe] Hydrogenase Maturation2012

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      Annual Meeting of American Crystallographic Association
    • 発表場所
      Boston, USA
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Identification and Structure of a Novel Archaeal HypB for [NiFe] Hydrogenase Maturation2012

    • 著者名/発表者名
      D. Sasaki, S. Watanabe, R. Matsumi, T. Shoji, A. Yasukochi, K. Tagashira, W. Fukuda, T. Kanai, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      27th European Crystallographic Meeting
    • 発表場所
      Bergen, Norway
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Structural Basis of [NiFe] Hydrogenase Maturation Process by Hyp Proteins2012

    • 著者名/発表者名
      K. Miki
    • 学会等名
      Alumni Symposium: Protein Crystallography in Martinsried, its Beginnings, Maturation, Dissemination, and no End
    • 発表場所
      Martinsried, Germany
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化に関与する新規HypBの同定と構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      佐々木大輔,渡部 聡,松見理恵,東海林寿久,安河内綾子,田頭健太,福田青郎,金井 保,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第29回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば市,つくば国際会議場エポカル
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe] ヒドロゲナーゼ成熟化因子 Hypタンパク質の過渡的相互作用の構造基盤2011

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      吹田市,ホテル阪急エキスポパーク
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化因子HypBの結晶構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      佐々木大輔,渡部 聡,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第28回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば市,つくば国際会議場エポカル
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化因子Hyp タンパク質複合体の結晶構造2011

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡,松見理恵,跡見晴幸,今中忠行,三木邦夫
    • 学会等名
      第28回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば市,つくば国際会議場エポカル
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Hyp Protein Complexes for [NiFe] Hyodrogenase Maturation2011

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe, R. Matsumi, H. Atomi, T. Imanaka, and K. Miki
    • 学会等名
      15th International Conference of Biological Inorganic Chemistry, ICBIC15
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystal structures of [NiFe] hydrogenase maturase complexes2011

    • 著者名/発表者名
      S. Watanabe,R. Matsumi,H. Atomi,T. Imanaka,K. Miki
    • 学会等名
      XXII Congress and General Assembly, International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Madrid, Spain
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2019-07-29  

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