| 研究課題/領域番号 |
23300007
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ソフトウエア
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
萩原 兼一 大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00133140)
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| 研究分担者 |
伊野 文彦 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (90346172)
置田 真生 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (50563988)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
20,540千円 (直接経費: 15,800千円、間接経費: 4,740千円)
2013年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2012年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2011年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円)
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| キーワード | GPUコンピューティング / 汎用生体シミュレーション / PHML / 無閉路有向グラフ / 計算依存グラフ / 高速化 / アルゴリズム / ハイパフォーマンスコンピューティング / 生体機能シミュレーション / コンパイラ / 高性能計算 / ＧＰＵコンピューティング / GPUコンピュティング |
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| 研究概要 |
汎用的な生物物理モデルは数式と常微分方程式の集合である．変数はイオン濃度などの物理量を表す．生物物理シミュレーションは変数の時間変移を計算する．Flintは，大規模で多種多様な生物物理モデルのシミュレータである．様々なモデルを処理するための数式の中間コード表現を用いている．本研究ではGPUを用いてFlintを高速化する二つの方法を提案する．第１の方法はインタプリタ方式であり，中間コードを自動的に並列化する．第２の方法は中間コードからソースコードに変換する．ソースコード量が少なくなり，そのコードのコンパイル時間が短くなる．シミュレーションコード実行性能は，後者の前者の2.4倍である．
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