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マウス・ラット表現型の情報統合のための基盤技術の確立

研究課題

研究課題/領域番号 23300161
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 実験動物学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

桝屋 啓志  独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)

研究分担者 溝口 理一郎  北陸先端科学技術大学院大学, サービスサイエンス研究センター, 教授 (20116106)
古崎 晃司  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
連携研究者 若菜 茂晴  独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, チームリーダー (90192434)
高田 豊行  国立遺伝学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 助教 (20356257)
真下 知士  京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80397554)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
20,150千円 (直接経費: 15,500千円、間接経費: 4,650千円)
2013年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2012年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2011年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワードデータベース / 表現型 / 疾患 / マウス / ラット / バイオリソース / 情報統合 / オントロジー / 病態 / モデル動物 / 実験動物 / 疾患モデル動物 / 人工知能
研究概要

マウス・ラットにおける個体レベルの特性情報を統合整理し、疾患との繋がりを示すような情報統合技術の開発を行った。予め定義された知識リンクを辿り、検査値と疾患を関連づけるアルゴリズムを開発し、これを用いて、1)モデル動物の表現型から関連する疾患の探索、2)疾患から、関連するモデル動物を探索できるデータベースを作成した。生物種、表現型判定基準、疾患など全ての元データは定義変更と追加が可能で、生物横断的な大規模疾患探索データベースへの発展が期待される。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (59件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (42件) (うち招待講演 7件) 図書 (4件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] 遺伝学オントロジー2014

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 溝口理一郎
    • 雑誌名

      人工知能学会論文誌

      巻: 29(in press)

    • NAID

      130004433128

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 遺伝学オントロジー2014

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 溝口理一郎
    • 雑誌名

      人工知能

      巻: 29

    • NAID

      130004433128

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] PosMed : ranking genes and bioresources based on semantic web association study2013

    • 著者名/発表者名
      Makita Y, Kobayashi N, Yoshida Y, Doi K, Mochizuki Y, Nishikata K, Matsushima A, Takahashi S, Ishii M, Takatsuki T, Bhatia R, Khadbaatar Z, Watabe H, Masuya H, Toyoda T
    • 雑誌名

      Nucl Acids Res

      巻: 41 号: W1 ページ: W109-W114

    • DOI

      10.1093/nar/gkt474

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pheno-Pub: a total support system for the publication of mouse phenotypic data on the web2013

    • 著者名/発表者名
      Suzuki T, Furuse T, Yamada I, Motegi H, Kozawa Y, Masuya H, Wakana S.
    • 雑誌名

      Mamm. Genome

      巻: 24 号: 11-12 ページ: 473-483

    • DOI

      10.1007/s00335-013-9482-y

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epub ahead of print2013

    • 著者名/発表者名
      Toki H, Inoue M, Motegi H, Minowa O, Kanda H, Yamamoto N, Ikeda A, Karashima Y, Matsui J, Kaneda H, Miura I, Suzuki T, Wakana S, Masuya H, Gondo Y, Shiroishi T, Akiyama T, Yao R, Noda T
    • 雑誌名

      Cancer Sci

      巻: PMID: 23551873 号: 7 ページ: 937-944

    • DOI

      10.1111/cas.12161

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Roles and Applications of Biomedical Ontologies in Experimental Animal Science2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 雑誌名

      Experimental Animals

      巻: 61 号: 4 ページ: 365-373

    • DOI

      10.1538/expanim.61.365

    • NAID

      10030800263

    • ISSN
      0007-5124, 1341-1357, 1881-7122
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [雑誌論文] フェノーム統合データベース2012

    • 著者名/発表者名
      豊田哲郎, 桝屋啓志
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 31 ページ: 240-243

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Behavioral and neuromorphological characterization of a novel Tuba1 mutant mouse2012

    • 著者名/発表者名
      Furuse T., Yamada I., Kushida T., Masuya H., Ikuo Miura., Kaneda H., Kobayashi K., Wada Y.,Yuasa S., Wakana S
    • 雑誌名

      Behavioral Brain Research

      巻: 227 号: 1 ページ: 167-174

    • DOI

      10.1016/j.bbr.2011.11.002

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ENU-induced missense mutation in the C-propeptide coding region of Col2a1 creates a mouse model of platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type2011

    • 著者名/発表者名
      Furuichi T, Masuya H, Murakami T, Nishida K, Nishimura G, Suzuki T, Imaizumi K, Kudo Y, Ohkawa K, Wakana S, Ikegawa S
    • 雑誌名

      Mammalian genome

      巻: 22 号: 5-6 ページ: 318-328

    • DOI

      10.1007/s00335-011-9329-3

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] マウス・ラットの表現型から関連疾患を探すデータベース2014

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第7回ラットリソースリサーチ研究会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2014-01-31
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Overview of current pipeline in RIKEN BioResource Center2013

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      IMPC Phenotyping Workshop
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 年月日
      2013-10-28
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] コンテキストに依存した定性値を扱う生物表現型統合データベースの試作2013

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 古崎晃司, 大江和彦, 溝口理一郎
    • 学会等名
      2013年度人工知能学会 全国大会
    • 発表場所
      富山
    • 年月日
      2013-06-06
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Examinations of Phenotyping Data in Japan Mouse Clinic2013

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 田中信彦, 鈴木智広, 若菜茂晴
    • 学会等名
      第60回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2013-05-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] マウス・ラット表現型から疾患を推論するソフトウェアの開発2013

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 古崎晃司, 高田豊行, 真下知士, 若菜茂晴, 大江和彦, 溝口理一郎
    • 学会等名
      第60回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2013-05-15
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 網羅的マウス表現型解析データを用いたデータマイニング : ワークフローの検討2012

    • 著者名/発表者名
      田中信彦, 茂木浩未, 鈴木智広, 金田秀貴, 三浦郁生, 山田郁子, 古瀬民生, 小林喜美男, 土岐秀明, 井上麻紀, 美野輪治, 野田哲生, 若菜茂晴, 桝屋啓志
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 哺乳類バイオリソースのLinked Open Data データベースのアップデート2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 高月照江, 斎藤実香子, 松庫義弘, 蒔田由布子, 吉田有子, 望月芳樹,小林紀郎, 吉木淳, 中村幸夫, 豊田哲郎,小幡裕一
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [学会発表] Development of Linked Open Data for bioresources2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H, Takatsuki T, Makita Y, Yoshida Y, Mochizuki Y, Kobayashi N, Yoshiki A, Nakamura Y, Toyoda T, Obata Y
    • 学会等名
      JIST2012 : The 2nd Joint International Semantic Technology Conference
    • 発表場所
      奈良
    • 年月日
      2012-12-03
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] A trial of the development of Linked Open Data (LOD) of bioresources2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      ANRRC 2012 The 4th ANRRC International Meeting
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2012-10-19
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [学会発表] Internationally cooperative development of the informatics infrastructure for IMPC2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      IMPC International Symposium in Tokyo
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-09-28
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子の意味を情報モデルとして記述する2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 溝口理一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第84回大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-09-24
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [学会発表] An Ontology of Gene2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H, Mizoguchi R
    • 学会等名
      ICBO & FOIS 2012
    • 発表場所
      Graz, Austria
    • 年月日
      2012-07-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] マウス表現型の情報統合へ向けた研究2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第26回モロシヌス研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-06-16
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子のオントロジー2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 溝口理一郎
    • 学会等名
      2012年度人工知能学会全国大会(第26回)
    • 発表場所
      山口
    • 年月日
      2012-06-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 理研BRC IMPC(国際マウス表現型解析コンソーシアム)参画計画3 -表現型解析情報の公開と統合2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志, 田中信彦, 脇和規, 高月照江,齋藤実香子, 小幡裕一
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      2012-05-26
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] マウス表現型の類似度解析ツールの開発 : ワークフローの検討2012

    • 著者名/発表者名
      田中信彦, 茂木浩未, 鈴木智広, 金田秀貴, 三浦郁生, 山田郁子, 古瀬民生, 小林喜美男, 土岐秀明, 井上麻紀, 美野輪治, 野田哲生, 若菜茂晴, 桝屋啓志
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術 九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      2012-05-26
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 日本マウスクリニック表現型情報公開サイト「Pheno-Pub」の改良2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木智広, 古瀬民生, 小澤恵代, 山田郁子, 田中信彦, 桝屋啓志, 若菜茂晴
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術 九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      2012-05-25
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] MUSDB : LIMS for Japan Mouse Clinic2012

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      IMPC Informatics Workshop
    • 発表場所
      Washington DC, USA
    • 年月日
      2012-05-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The Ontological Representation of Genetics2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      5th Interdisciplinary Ontology Conference(InterOntology12)
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-02-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The Ontological Representation of Genetics2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      5TH INTERDISCIPLINARY ONTOLOGY CONFERENCE (InterOntology12)
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2012-02-23
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] MUSDB: LIMS for Japan Mouse Clinic2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      IMPC Informatics Workshop
    • 発表場所
      Washington DC
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An Ontology of Gene2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya, Riichiro Mizoguchi
    • 学会等名
      7th International Conference on Biomedical Ontology
    • 発表場所
      Graz, Austria
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] nternationally Cooperative Development of the Informatics Infrastructure for IMPC2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      IMPC International Symposium in Tokyo
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of Linked Open Data for bioresources2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya, Terue Takatsuki, Yuko Makita, Yuko Yoshida, Yoshiki Mochizuki, Norio Kobayashi, Atsushi Yoshiki, Yukio Nakamura, Tetsuro Toyoda,Yuichi Obata
    • 学会等名
      JIST2012: The 2nd Joint International Semantic Technology Conference
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 理研BRC IMPC(国際マウス表現型解析コンソーシアム)参画計画3 -表現型解析情報の公開と統合-2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、田中信彦、脇和規、高月照江、齋藤実香子、小幡裕一
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術 九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 日本マウスクリニック表現型情報公開サイト「Pheno-Pub」の改良2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木智広、古瀬民生、小澤恵代、山田郁子、田中信彦、桝屋啓志、若菜茂晴
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術 九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウス表現型の類似度解析ツールの開発:ワークフローの検討2012

    • 著者名/発表者名
      田中信彦、茂木浩未、鈴木智広、金田秀貴、三浦郁生、山田郁子、古瀬民生、小林喜美男、土岐秀明、井上麻紀、美野輪治、野田哲生、若菜茂晴、桝屋啓志
    • 学会等名
      日本実験動物科学・技術 九州 2012
    • 発表場所
      別府
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子のオントロジー2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、溝口理一郎
    • 学会等名
      2012年度 人工知能学会 全国大会(第26回)
    • 発表場所
      山口
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 網羅的マウス表現型解析データを用いたデータマイニング:ワークフローの検討2012

    • 著者名/発表者名
      田中信彦, 茂木浩未, 鈴木智広, 金田秀貴, 三浦 郁生, 山田郁子, 古瀬民生, 小林喜美男, 土岐 秀明, 井上麻紀, 美野輪治, 野田哲生, 若菜茂晴, 桝屋啓志
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Semantic Web 技術を利用した哺乳類バイオリソースのデータベース2011

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      日本分子生物学会第34回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2011-12-15
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Semantic Web技術を利用した哺乳類バイオリソースのデータベース2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      日本分子生物学会第34回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2011-12-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝学オントロジーを基盤にしたバイオリソース情報統合2011

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      日本遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] An Advanced Strategy for Integration of Biological Measurement Data2011

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      International Conference on Biomedical Ontology
    • 発表場所
      Buffalo, USA
    • 年月日
      2011-07-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] マウス・ラットのフェノーム情報統合へ向けて2011

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 発表場所
      新潟
    • 年月日
      2011-07-08
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Recent progress of IT in JMC and AMPC, 1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting2011

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      2011-06-13
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Recent progress of IT in JMC and AMPC, 1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting
    • 発表場所
      Seoul, Korea(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] マウスでの表現型情報の国際的統合の動向について2011

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第58回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2011-05-26
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウスでの表現型情報の国際的統合の動向について2011

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第58回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      東京(招待講演)
    • 年月日
      2011-05-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] マウス・ラット表現型から疾患を推論するソフトウェアの開発

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、古崎晃司、高田豊行、真下知士、若菜茂晴、大江和彦、溝口理一郎
    • 学会等名
      第60回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Examinations of Phenotyping Data in Japan Mouse Clinic

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、田中信彦、鈴木智広、若菜茂晴
    • 学会等名
      第60回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Overview of current pipeline in RIKEN BioResource Center

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      IMPC Phenotyping Workshop
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス・ラットの表現型から関連疾患を探すデータベース

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第7回ラットリソースリサーチ研究会
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 表現型データの国際標準化とデータの利用 (書名:論文ができてしまう!疾患モデルマウス表現型解析指南)2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      中山書店
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] 第三節 バイオインフォマティクス(書名:生物機能モデルと新しいリソース・リサーチツール,series モデル動物利用マニュアル)2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      エル・アイ・シー
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] 表現型データの国際標準化とデータの利用(書名:論文ができてしまう!疾患モデルマウス表現型解析指南)2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      中山書店
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 第三節、バイオインフォマティクス(書名:生物機能モデルと新しいリソース・リサーチツール、seriesモデル動物利用マニュアル)2012

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      エル・アイ・シー
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] PhenosSITE

    • URL

      http://ja.brc.riken.jp/lab/bpmp/index_j.html

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考] PATO2YAMATO オントロジー

    • URL

      http://ja.brc.riken.jp/lab/bpmp/ontology/ontology_pato2yato_j.html

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.brc.riken.jp/lab/bpmp/index_j.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2019-07-29  

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