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網羅的解析手法を用いた腫瘍及び細胞分化関連miRNAの生命情報学的同定技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 23300357
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 腫瘍診断学
研究機関中央大学

研究代表者

田口 善弘  中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)

研究分担者 安田 純  東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (00281684)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
22,100千円 (直接経費: 17,000千円、間接経費: 5,100千円)
2013年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2012年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2011年度: 11,960千円 (直接経費: 9,200千円、間接経費: 2,760千円)
キーワードmicroRNA / promoter methylation / histone modificatiuon / gene expression / ヒストン修飾 / 精子形成 / プロモーターメチル化 / 細胞老化 / 前頭葉 / 側頭葉 / 橋 / 小脳 / miRNA / ES細胞 / 髄芽腫
研究成果の概要

標的mRNAの発現プロファイルからmiRNAによる標的mRNAの発現抑止を推定するプログラムMiRaGE (MiRNA Ranking by Gene Expression)を提案した。これを用いて、mRNA発現プロファイルからのmiRNA発現抑止が推定できることを確認した。また、mRNA発現プロファイルの代わりにプロモーターのメチル化、および、ヒストン修飾を解析することでmiRNA標的特異的なプロモーターメチル化およびヒストン修飾が生じていることを世界で初めて明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2014 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2015 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (13件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Apparent microRNA-Target-specific Histone Modification in Mammalian Spermatogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      Evolutionary Bioinformatics

      巻: 11:Suppl 1 ページ: 13-26

    • DOI

      10.4137/ebo.s21832

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Apparent microRNA-target-specific histone modification in mammalian spermatogenesis2014

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Report

      巻: 2014-BIO-39(2) ページ: 1-2

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] MicroRNA-mediated regulation of target genes in several brain regions is correlated to both microRNA-targeting-specific promoter methylation and differential microRNA expression.2013

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      BioData mining

      巻: 6 号: 1 ページ: 11-11

    • DOI

      10.1186/1756-0381-6-11

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Principal component analysis based feature extraction approach to identify circulating microRNA biomarkers2013

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi, Yoshiki Murakami
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 6 ページ: e66714-e66714

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0066714

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Correlation between miRNA-targeted-gene promoter methylation and miRNA regulation of target genes - See more at: http://f1000research.com/articles/2-21/v3#sthash.46klJq6T.dpuf2013

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      F1000Research

      巻: 2 ページ: 21-21

    • DOI

      10.12688/f1000research.2-21.v3

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Possible miRNA coregulation of target genes in brain regions by both differential miRNA expression and miRNA-targeting-specific promoter methylation2013

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Reports

      巻: 2013-BIO-33 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Inference of Target Gene Regulation via miRNAs during Cell Senescence by Using the MiRaGE Server2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      Aging and Disease

      巻: 3 ページ: 301-306

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inference of Target Gene Regulation via miRNAs during Cell Senescence by Using the MiRaGE Server2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      Communications in Computer and Information Science

      巻: 304 ページ: 441-446

    • DOI

      10.1007/978-3-642-31837-5_64

    • ISBN
      9783642318368, 9783642318375
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Competitive target gene regulation by promoter methylation and miRNA2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Reports

      巻: 2012-BIO-31 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Comprehensive miRNA expression analysis in peripheral blood can diagnose liver disease.2012

    • 著者名/発表者名
      Murakami Y, Toyoda H, Tanahashi T, Tanaka J, KumadaT, Yoshioka Y, Kosaka N, OchiyaT, Taguchi YH.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7(10) 号: 10 ページ: e48366-e48366

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0048366

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive miRNA expression analysis in peripheral blood can diagnose liver disease2012

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Murakami
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Reports

      巻: 2012-BIO-32 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] 発現データからmiRNAの働きを予測する2012

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 30 ページ: 1327-1332

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Inference of target gene regulation via miRNAs during cell senescence by MiRaGE Server2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Report

      巻: 2012-BIO-28:3 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Search of miRNAs critical for medulloblastoma formationusing MiRaGE method2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, Jun Yasuda
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Report

      巻: 2011-BIO-25:5 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [雑誌論文] MiRaGE : Inference of Gene Expression Regulation via MicroRNA Transfection II2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, Jun Yasuda
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 6840 ページ: 129-135

    • DOI

      10.1007/978-3-642-24553-4_19

    • ISBN
      9783642245527, 9783642245534
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inference of Gene Regulation via miRNAs During ES Cell Differentiation Using MiRaGE Method2011

    • 著者名/発表者名
      M.Yoshizawa, Y-h.Taguchi, J.Yasuda
    • 雑誌名

      Int.J.Mol.Sci.

      巻: 12 号: 12 ページ: 9265-9276

    • DOI

      10.3390/ijms12129265

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene expression regulation during differentiation from murine ES cells due to microRNA2011

    • 著者名/発表者名
      M.Yoshizawa, Y-h.Taguchi
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Report

      巻: 2011-BIO-25:38 ページ: 1-2

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Apparent microRNA-target-specific histone modification in mammalian spermatogenesis2014

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      SIGBIO39
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2014-09-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Possible miRNA Coregulation of Target Genes in Brain Regions by Both Differential miRNA Expression and miRNA-Targeting-Specific Promoter Methylation2013

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      ICIC2013
    • 発表場所
      Nanning, China
    • 年月日
      2013-07-28 – 2013-07-31
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Gene expression regulation during differentiation from murine ES cells due to microRNA2012

    • 著者名/発表者名
      M.Yoshizawa, Y-h.Taguchi
    • 学会等名
      CBRC2011
    • 発表場所
      生命情報工学研究センター
    • 年月日
      2012-01-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inference of Target Gene Regulation via miRNAs during Cell Senescence by Using the MiRaGE Server2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      ICIC2012
    • 発表場所
      Huangshan, China
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive miRNA expression analysis in peripheral blood can diagnose liver disease2012

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      第32回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      京都大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] MiRaGEサーバを用いた老化関連miRNAの標的遺伝子の発現制御予測2012

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 学会等名
      Biotech2012
    • 発表場所
      東京ビッグサイト
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Gene expression regulation during differentiation from murine ES cells due to microRNA2011

    • 著者名/発表者名
      M.Yoshizawa, Y-h.Taguchi
    • 学会等名
      2011 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops
    • 発表場所
      Marriott Atlanta Marquis
    • 年月日
      2011-11-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] An application to infer the important miRNAs in a biological process : MiRaGE method2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, Jun Yasuda
    • 学会等名
      Cell Symposia : Regulatory RNA
    • 発表場所
      Wyndham Hotel
    • 年月日
      2011-11-10
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inference of gene expression regulation by miRNA using MiRaGE method2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, J.Yasuda
    • 学会等名
      IIT Madras-Tokyo Tech joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis
    • 発表場所
      IIT Madras(invited)
    • 年月日
      2011-07-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] MiRaGE法を用いたmiRNAによる遺伝子発現制御2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, J.Yasuda
    • 学会等名
      バイオテクノロジー国際会議
    • 発表場所
      東京ビッグサイト
    • 年月日
      2011-06-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inference of miRNA transfection via gene expression with MiRaGE method2011

    • 著者名/発表者名
      Y-h.Taguchi, Jun Yasuda
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2011-06-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Possible miRNA coregulation of target genes in brain regions by both differential miRNA expression and miRNA-targeting-specific promoter methylation

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      第33回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東北大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Competitive target gene regulation by promoter methylation and miRNA

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      第31回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] MiRNA Ranking by Gene Expression

    • URL

      http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/MiRaGE.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] gene target table of miRNA used for MiRaGE package

    • URL

      http://www.bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/miRNATarget.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.granular.com/MiRaGE/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

URL: 

公開日: 2011-04-06   更新日: 2019-07-29  

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