核様体タンパク質結合部位解析に基づく染色体多様化機構の解明

• 研究課題/領域番号: 23310131
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 黒川 顕 東京工業大学, 地球生命研究所, 教授 (20343246)
• 研究分担者: 丸山 史人 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 准教授 (30423122)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2013年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2012年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
• キーワード: 微生物ゲノム / ゲノム構造多様性 / 核様体

研究概要

ChIP-seq解析および比較ゲノム解析により3株の大腸菌においてH-NSの結合位置を高精度に決定した。その結果、3株の共有ゲノム領域におけるH-NSの結合は高度に維持されており、ゲノム配列の多様化がH-NS結合位置には影響を与えない事が明らかとなった。また、大腸菌46株の比較ゲノム解析により、配列多様化が極端に進んだ領域には高頻度にH-NSが結合する傾向があり、その領域には哺乳類腸内環境において重要な遺伝子が存在する事がわかった。H-NSは単に遺伝子の発現抑制のみならず，遺伝子の変異蓄積を許容することによる大腸菌ゲノムの多様化さらには生息環境への適応をもたらしている事を示唆している。

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of the complete plastid genome of the unicellular red alga Porphyridium purpureum (2014)
  • 著者名/発表者名: Tajima N, Sato S,Maruyama F,Kurokawa K,Ohta H, Tabata S, Sekine K, Moriyama T, Sato N
  • 雑誌名: J Plant Res 巻: 127 号: 3 ページ: 389-397
  • DOI: 10.1007/s10265-014-0627-1
  • NAID: 40020051727
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel small regulatory RNA enhances cell motility in enterohemorrhagic <i>Escherichia coli</i> (2014)
  • 著者名/発表者名: Sudo N, Soma A, Muto A, Iyoda S, Suh M, Kurihara N, Abe H, Tobe T, Ogura Y, Hayashi T, Kurokawa K,Ohinishi M, Sekine Y
  • 雑誌名: The Journal of General and Applied Microbiology 巻: 60 号: 1 ページ: 44-50
  • DOI: 10.2323/jgam.60.44
  • NAID: 130004802264
  • ISSN: 0022-1260, 1349-8037
  • 査読あり
• [雑誌論文] Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny : Proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. Nov. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sawabe T, Ogura Y, Matsumura Y, Gao F, Amin A, Mino S, Nakagawa S, Sawabe T, Kumar R, Fukui Y, Satomi M, Matsushima R,Thompson F, Gomez -Gil B, Christen R,Maruyama F,Kurokawa K, Hayashi T
  • 雑誌名: Frontiers in Aquatic Microbiol 巻: 4 ページ: 1-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes (2013)
  • 著者名/発表者名: Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M Kurokawa K
  • 雑誌名: DNA Res 巻: 21 号: 2 ページ: 217-227
  • DOI: 10.1093/dnares/dst052
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Whole-genome sequence of the purple photosynthetic bacterium Rhodovulum sulfidophilum strainW4 (2013)
  • 著者名/発表者名: Masuda M, Hori K, Maruyama F, Ren S, Sugimoto S, Yamamoto N, Mori H, Yamada T, Sato S, Tabata S, Ohta H, Kurokawa K
  • 雑誌名: Genome Announc 巻: 1(4) 号: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00577-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient. (2013)
  • 著者名/発表者名: Minegishi K, Aikawa C, Furukawa A, Watanabe T, Nakano T, Ogura Y, Ohtsubo Y, Kurokawa K, Hayashi T, Maruyama F, Nakagawa I, Eishi Y
  • 雑誌名: Genome Announcement 巻: 1 号: 1 ページ: 16-12
  • DOI: 10.1128/genomea.00016-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Updating the vibrio phylogeny defined by multilocus sequence phylogeny (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Sawabe, Y. Ogura, Y. Matsumura et al.
  • 雑誌名: Front. Microbiol. 巻: 4 ページ: 414-414
  • DOI: 10.3389/fmicb.2013.00414
  • 査読あり
• [雑誌論文] GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metagenomics (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki S, Ishida T, Kurokawa K, Akiyama Y
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 7 号: 5 ページ: 1-8
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0036060
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription factor GreA contributes to resolve promoter proximal pausing of RNA polymerase in B.subtilis cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Kusuya Y, et al
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 巻: 193 ページ: 3090-3099
  • 査読あり
• [雑誌論文] CRISPR inhibition of prophage acquisition in Streptococcus pyogenes (2011)
  • 著者名/発表者名: Nozawa T, et al
  • 雑誌名: PLoS one 巻: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the periodontogenic bacterium Porphyromonas gingivalis TDC60 (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe T, et al
  • 雑誌名: J.Bacteriol 巻: 193 ページ: 4259-60
  • 査読あり
• [学会発表] Comparative analysis of H-NS binding profiles of three E.coli strains suggests H-NS binding contributes to sequence diversification of E.coli genome (2012)
  • 著者名/発表者名: Higashi K, Oshima T, Kurokawa K.
  • 学会等名: ASM the 112th General Meeting, San Francisco
  • 発表場所: California (USA)
  • 年月日: 2012-06-16
• [学会発表] Comparative analysis of H-NS binding profiles of three E.coli strains suggests H-NS binding contributes to sequence diversification of E.coli genome (2012)
  • 著者名/発表者名: Koichi Higashi
  • 学会等名: American Society for Microbiology: 112th General Meeting
  • 発表場所: San Francisco, California (USA)
• [学会発表] 生態系の理解に向けたゲノム情報の解析と活用 (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川顕
  • 学会等名: 農業環境技術研究所公開セミナー
  • 発表場所: つくば(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-06