代謝物マススペクトルからの構造推定

• 研究課題/領域番号: 23310143
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 有田 正規 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10356389)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 19,630千円 (直接経費: 15,100千円、間接経費: 4,530千円); 2013年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2012年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2011年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
• キーワード: バイオデータベース / マススペクトル / データベース / フラグメンテーション / GC/MS

研究概要

一次代謝に関与する物質の標準GC/MSスペクトルを国内外の５機関から集め、物質ごとにスペクトルを比較したライブラリを構築した。またESIスペクトルはMassBank、PRIMe、KNApSAcK等、代表的なメタボロームデータベースにおける代謝物のIDをInChIコードやCAS番号といったIDから物質毎のスペクトルをとりまとめた。またESIデータについてはクロマトグラムのピーク比較・評価手法を設計し、統合スペクトルデータのwikiサイトを構築した。また二次代謝物に関してはフラボノイドを解析した。これらの成果を、スペクトルを閲覧・解析するための統合メタボロミクスソフトウェアの一部として実現した。

研究成果

• [雑誌論文] Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry : toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia (2014)
  • 著者名/発表者名: Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M
  • 雑誌名: Metabolomics
  • 査読あり
• [雑誌論文] MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M
  • 雑誌名: Bioinformatics
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico (2014)
  • 著者名/発表者名: Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D
  • 雑誌名: Bioscience Biotechnology and Biochemistry 巻: 78(1)
• [雑誌論文] MRMPROBS Suite for metabolomics using large-scale MRM assays (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: accepted
  • 査読あり
• [雑誌論文] MRMPROBS : a data assessment and metabolite identification tool for large-scale multiple reaction monitoring based widely targeted metabolomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E
  • 雑誌名: Anal Chem 巻: 85(10) ページ: 5191-5199
• [雑誌論文] MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E
  • 雑誌名: Analytical Chemistry 巻: accepted
  • 査読あり
• [学会発表] MassBank and its Future (2014)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: Cosmos meeting on International Data Exchange in Metabolomics
  • 発表場所: HInxton, Cambridge UK
• [学会発表] Genetic, Protein, and Metabolic Networks : Which Choice Is Amenable to Modelling (2013)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: International Conference on Mathematical Modeling and Applications
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives (2012)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop
  • 発表場所: Hinxton
  • 年月日: 2012-05-22
• [学会発表] Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology (2012)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: International Symposium on Biotechnology for Green Growth
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] What can metabolomics learn from genomics and proteomics? (2012)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM)
  • 発表場所: Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia)
• [学会発表] Wiki-based Databases : Integration of knowledge through the web (2011)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: C-NAIR Seminar Nasional
  • 発表場所: Gadjah Mada University (Indonesia)
  • 年月日: 2011-12-05
• [学会発表] Wiki-based Databases : Integration of knowledge through the web (2011)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: C-NAIR Seminar National
  • 発表場所: Gadjah Mada University, Jogjakarta, Indonesia(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-05
• [学会発表] Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra (2011)
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: EBI Seminar
  • 発表場所: European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK(招待講演)
  • 年月日: 2011-04-19
• [学会発表] Assessing Theoretical Spectra for Flavonoids using MassBank
  • 著者名/発表者名: Arita M
  • 学会等名: ICP2014
• [図書] 「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 (2011)
  • 著者名/発表者名: 有田正規
  • 総ページ数: 29
  • 出版者: 羊土社
• [備考] 研究成果はhttp://metabolomics.jp/ および現在も作成を継続中のマススペクトルデータベース上に掲載予定.標準品のスペクトルデータおよびそのアノテーションは MassBankデータベースに掲載.
• [備考]
  • URL: http://metabolomics.jp/