| 研究課題/領域番号 |
23310144
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用ゲノム科学
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| 研究機関 | 宮崎大学 |
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研究代表者 |
林 哲也 宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014)
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| 研究分担者 |
三澤 尚明 宮崎大学, 産業動物防疫リサーチセンター, 教授 (20229678)
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| 連携研究者 |
大岡 唯祐 宮崎大学, 医学部, 助教 (50363594)
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| 研究協力者 |
後藤 恭宏 宮崎大学, 医学部, 助教 (20558358)
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (90501106)
谷口 喬子 宮崎大学, 産業動物防疫リサーチセンター, 特任助教 (50500097)
山崎 渉 宮崎大学, 農学部, 准教授 (70393262)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
20,410千円 (直接経費: 15,700千円、間接経費: 4,710千円)
2013年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2012年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2011年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
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| キーワード | ゲノム解析 / polymicrobial disease / メタゲノム解析 / ウシ趾乳頭腫症 / 比較ゲノム / 難培養細菌 / 次世代シーケンサー / polymicrobial diseases / 次世代代シーケンサー |
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| 研究概要 |
ウシ趾乳頭腫症は難培養菌を含む複数の細菌による感染症であり、新しい疾患概念であるpolymicrobial diseaseの１つである。本研究では、メタゲノム解析用のDNA抽出法やアッセンブラーの開発とこれらを用いた本症病変のメタゲノム解析により参照メタゲノム配列の取得に成功し、主要起因菌群のゲノムが再構成できる見通しとなった。唯一培養可能なTreponema phagedenisについては、本症由来株とヒト由来標準株の完全配列、5株の本症由来株の高精度概要配列を取得し、IS・MITEの爆発的な増加、ファージ獲得、IS・MITEによるゲノム再編成等を介した本菌の進化・多様化過程を明らかにした。
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