次世代大量ミトゲノム解析による魚類多様性研究の新展開：サンガー法から超並列法へ

• 研究課題/領域番号: 23370041
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 琉球大学 (2013); 東京大学 (2011-2012)
• 研究代表者: 西田 睦 琉球大学, その他部局等, 理事 (90136896)
• 研究分担者: 武島 弘彦 東京大学, 農学生命科学研究科, 助教 (50573086) ; 宮 正樹 千葉県立中央博物館, 研究員 (30250137)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2013年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2012年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2011年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
• キーワード: 進化 / 集団・種多様性 / 遺伝的多様性

研究概要

本研究では、魚類の大規模系統研究に有用なミトコンドリア全ゲノム（ミトゲノム）分析を、超並列次世代シーケンス技術を活用して、質の良くないDNA試料も含めた多数の試料で効率的に進める方法の確立を目指した。質の良いDNA試料については、ロングPCR産物にParallel tagged sequencing法によるタグ付加を行い、多数の試料を同時分析できた。質の良くないDNA試料には、Capture-on-beads 法で、ミトゲノム全領域を万遍なくキャプチャーすることに成功した。以上により、超並列シーケンシング法による本格的な大量ミトゲノム分析を実施する基盤が完成した。

研究成果

• [雑誌論文] Mitogenomic circumscription of a novel percomorph fish clade mainly comprising "Syngnathoidei" (Teleostei) (2014)
  • 著者名/発表者名: Ha Yeun Song, K. Mabuchi, T. P. Satoh, J. A. Moore, Y. Yamanoue, M. Miya, M. Nishida
  • 雑誌名: Gene 巻: 542 号: 2 ページ: 146-155
  • DOI: 10.1016/j.gene.2014.03.040
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variation in morphological characteristics of Japanese fluvial sculpin related to different environmental conditions in a single river system in eastern Japan. (2014)
  • 著者名/発表者名: Natsumeda, T., T. Tsuruta, H. Takeshima, S. Awata, K. Iguchi
  • 雑誌名: Ecology of Freshwater Fish 巻: 23 号: 2 ページ: 114-120
  • DOI: 10.1111/eff.12045
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeny of the Elopomorpha (Teleostei): Evidence from six nuclear and mitochondrial markers. (2014)
  • 著者名/発表者名: Chen, J.-N., Lopez, J.A., Lavoue, S., Miya, M., Chen, W.-J.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: 70 ページ: 152-161
  • DOI: 10.1016/j.ympev.2013.09.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular identification of species and ploidy of Carassius fishes in Lake Biwa, using mtDNA and microsatellite multiplex PCRs (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Mishina, M. Takada, H. Takeshima, M. Nakano, R. Tabata, M. Nishida, K. Watanabe
  • 雑誌名: Ichthyological Research 巻: 61 号: 2 ページ: 169-175
  • DOI: 10.1007/s10228-014-0388-9
  • NAID: 40020049201
  • 査読あり
• [雑誌論文] Isolation and characterization of microsatellite loci in the Asian horn snail Batillaria attramentaria (Mollusca, Gastropod). (2014)
  • 著者名/発表者名: Itoh, H., S. Kamimura, H. Takeshima, S. Kojima
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitogenomic evidence for an Indo-West Pacific origin of the Clupeoidei (Teleostei: Clupeiformes) (2013)
  • 著者名/発表者名: Lavoué, S., Miya, M., Musikasinthorn, P., Chen, W.J. & Nishida, M.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 8 号: 2 ページ: e56485-e56485
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary origin of the Scombridae (tunas and mackerels) : members of a Paleogene adaptive radiation with 14 other pelagic fish families (2013)
  • 著者名/発表者名: Miya, M., Friedman, M., Satoh, T.P., Takeshima, H., Sado, T., Iwasaki, W., Yamanoue, Y., Nakatani, M., Mabuchi, K., Inoue, J.G., Poulsen, J.Y., Fukunaga, T., Sato, Y. and Nishida, M
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 8 号: 9 ページ: e73535-e73535
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0073535
  • 査読あり
• [雑誌論文] MitoFish and MitoAnnotator : a mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W., Fukunaga T., Isagozawa R., Yamada K., Maeda Y., Satoh T.P., Sado T., Mabuchi K., Takeshima H., Miya, M. and Nishida M
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 30 号: 11 ページ: 2531-2540
  • DOI: 10.1093/molbev/mst141
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitogenomic sequences and evidence from unique gene rearrangements corroborate evolutionary relationships of myctophiformes (Neoteleostei) (2013)
  • 著者名/発表者名: Poulsen, J.Y., Byrkjedal I., Willassen E., Rees D., Takeshima H., Satoh T.P., Shinohara G., Nishida M. & Miya M.
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 13 号: 1 ページ: 111-111
  • DOI: 10.1186/1471-2148-13-111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeny and biogeography of highly diverged freshwater fish species (Leuciscinae, Cyprinidae, Teleostei) inferred from mitochondrial genome analysis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Imoto, J. M., K. Saitoh, T. Sasaki, T. Yonezawa, J. Adachi, Y. P. Kartavtsev, M. Miya, M. Nishida, N. Hanzawa
  • 雑誌名: Gene 巻: 514 号: 2 ページ: 112-124
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.10.019
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sub-functionalization of duplicated genes in the evolution of nine-spined stickleback hatching enzyme (2013)
  • 著者名/発表者名: Mari Kawaguchi
  • 雑誌名: Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution 巻: 320 号: 3 ページ: 140-150
  • DOI: 10.1002/jez.b.22490
  • 査読あり
• [雑誌論文] Adaptive evolution of fish hatching enzyme: one amino acid substitution results in differential salt dependency of the enzyme. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawaguchi, M., S. Yasumasu, A. Shimizu, N. Kudo, K. Sano, I. Iuchi, M. Nishida
  • 雑誌名: The Journal of Experimental Biology 巻: 216 ページ: 1609-1615
  • DOI: 10.1242/jeb.069716
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular co-evolution of a protease and its substrate elucidated by analysis of the activity of predicted ancestral hatching enzyme. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawaguchi, M., K. Inoue, I. Iuchi, M. Nishida, S. Yasumasu
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 13 号: 1 ページ: 231-231
  • DOI: 10.1186/1471-2148-13-231
  • 査読あり
• [雑誌論文] Limits and phylogenetic relationships of East Asian fishes in the subfamily Oxygastrinae (Teleostei: Cypriniformes: Cyprinidae). (2013)
  • 著者名/発表者名: Tang, K.L., Agnew, M.K., Hirt, M.V., Lumbantobing, D.N., Raley, M.E., Sado, T., Teoh, V.-H., Yang, L., Bart, H.L., Harris, P.M., He, S., Miya, M., Saitoh, K., Simons, A.M., Wood, R.M., Mayden, R.L.
  • 雑誌名: Zootaxa 巻: 3681 ページ: 101-135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular phylogenetic relationship of Tetraodon pufferfish based on mitochondrial DNA analysis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Igarashi Y, Doi H, Yamanoue Y, Kinoshita S, Ishibashi T, Ushio H, Asakawa S, Nishida M, Watabe S.
  • 雑誌名: Fisheries Science 巻: 79 号: 2 ページ: 243-250
  • DOI: 10.1007/s12562-013-0598-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pike and salmon as sister taxa: Detailed intraclade resolution and divergence time estimation of Esociformes + Salmoniformes based on whole mitochondrial genome sequences. (2013)
  • 著者名/発表者名: Campbell, M.A., Lopez, J.A., Sado, T., Miya, M.
  • 雑誌名: Gene 巻: 530 号: 1 ページ: 57-65
  • DOI: 10.1016/j.gene.2013.07.068
  • 査読あり
• [雑誌論文] Remarkable consistency of exon-intron structure of hatching enzyme genes and molecular phylogenetic relationships of teleostean fishes (2012)
  • 著者名/発表者名: Mari Kawaguchi, Sebastien Lavoue, Junya Hiroi, Hirofumi Hayano, Ichiro Iuchi, Shigeki Yasumasu, Mutsumi Nishida
  • 雑誌名: Environmental Biology of Fishes 巻: (in press) 号: 3 ページ: 567-576
  • DOI: 10.1007/s10641-011-9920-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparable ages for the independent origins of electrogenesis in African and South American weakly electric fishes (2012)
  • 著者名/発表者名: Lavoue, S., Miya, M., Arnegard, M.E., Sullivan, J.P., Hopkins, C.D. & Nishida, M
  • 雑誌名: PloS One 巻: 7 号: 5 ページ: e36287-e36287
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0036287
  • 査読あり
• [雑誌論文] A molecular timescale for the evolution of the African freshwater fish family Kneriidae (Teleostei: Gonorynchiformes) (2012)
  • 著者名/発表者名: Lavoué, S., Miya, M., Moritz, T. & Nishida, M.
  • 雑誌名: Ichthyological Research 巻: 52 号: 2 ページ: 104-112
  • DOI: 10.1007/s10228-011-0258-7
  • NAID: 10030628297
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preface: Micro-and macroevolution of fishes. (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Nishida and K. Maekawa
  • 雑誌名: Environmental Biology of Fishes 巻: 94 号: 3 ページ: 503-504
  • DOI: 10.1007/s10641-012-0008-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] A set of SNPs near or within STR regions useful for discriminating native Lake Biwa and introduced "Eurasian" strains of common carp (2012)
  • 著者名/発表者名: Mabuchi, K., H. Song, H. Takeshima, and M. Nishida
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: (in press) 号: 3 ページ: 649-652
  • DOI: 10.1007/s12686-012-9613-x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hidden Diversity in a Reef-Dwelling Sea Slug, Pteraeolidia ianthina (Nudibranchia, Aeolidina), in the Northwestern Pacific. (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Yorifuji, H. Takeshima, K. Mabuchi, M. Nishida
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 29 号: 6 ページ: 359-367
  • DOI: 10.2108/zsj.29.359
  • NAID: 40019296425
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential gene expression in juvenile polyps of the coral Acropora tenuis exposed to thermal and chemical stresses (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuyama I, Ito Y, Watanabe T, Hidaka M, Suzuki Y, Nishida M
  • 雑誌名: J. Exp. Mar. Biol. Ecol 巻: 430-431 ページ: 17-24
  • DOI: 10.1016/j.jembe.2012.06.020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Body plan convergence and diversity shaped by mass extinction in the evolution of skates and rays (Chondrichthyes : Batoidea) (2012)
  • 著者名/発表者名: Aschliman, N.C., Nishida, M., Miya, M., Inoue, J.G., Rosana, K.M., Naylor, G.J.P.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: 63 号: 1 ページ: 28-42
  • DOI: 10.1016/j.ympev.2011.12.012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cryptic species of the gobioid paedomorphic genus Schindleria from Palau, western Pacific Ocean (2011)
  • 著者名/発表者名: Kon, T., T.Yoshino, M.Nishida
  • 雑誌名: Ichthyological Research 巻: 58 号: 1 ページ: 62-66
  • DOI: 10.1007/s10228-010-0178-y
  • NAID: 10028174054
  • 査読あり
• [雑誌論文] Remarkable morphological stasis in an extant vertebrate despite tens of millions of years of divergence (2011)
  • 著者名/発表者名: Lavoue, S., M.Miya, M.E.Arnegard, P.B.McIntyre, V.Mamonekene, M.Nishida
  • 雑誌名: Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences 巻: 278 号: 1708 ページ: 1003-1008
  • DOI: 10.1098/rspb.2010.1639
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evidence from mitochondrial genomics supports the lower Mesozoic of South Asia as the time and place of basal divergence of cypriniform fishes(Actinopterygii : Ostariophysi) (2011)
  • 著者名/発表者名: Saitoh K, Sado T, Doosey MH, Bart HL, Inoue JG, Nishida M, Mayden RL and Miya M
  • 雑誌名: Zoological Journal of the Linnean Society 巻: 161 号: 3 ページ: 633-662
  • DOI: 10.1111/j.1096-3642.2010.00651.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple invasions into freshwater by pufferfishes(Teleostei : Tetraodontidae): a mitogenomic perspective (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamanoue, Y., M. Miya, H. Doi, K. Mabuchi, H. Sakai, and M. Nishida
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6 号: 2 ページ: e17410-e17410
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0017410
  • 査読あり
• [雑誌論文] Correlation of accumulated mRNA levels of growth hormone, growth hormone receptor I and insulin-like growth factor I with the larval body size of F2 offspring derived from a fast-growing strain and wild fish of torafugu Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, G., S.Furukawa, Y.Kurosu, T.Yamada, H.Takeshima, M.Nishida, T.Mitsuboshi, T.Otaka, K.hirasu, T.Koda, Y.Takemasa, S.Aki, T.Mochizuki, H.Fukushima, Y.Fukuda, S.Kinoshita, S.Asakawa, S.Watabe
  • 雑誌名: Journal of Fish Biology 巻: 79 ページ: 854-874
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary history of Otophysi(Teleostei), a major clade of the modern freshwater fishes : Pangaean origin and Mesozoic radiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakatani M, Miya M, Mabuchi K, Saitoh K and Nishida M
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 11 号: 1 ページ: 177-177
  • DOI: 10.1186/1471-2148-11-177
  • 査読あり
• [雑誌論文] Low genetic differentiation between two geographically separated populations of demersal gadiform fishes in the Southern Hemisphere (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeshima, H., A.Hatanaka, S.Yamada, Y.Yamazaki, I.Kimura, M.Nishida
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 巻: 86 ページ: 339-349
  • NAID: 10030209981
  • 査読あり
• [雑誌論文] Remarkable consistency of exon-intron structure of hatching enzyme genes and molecular phylogenetic relationships of teleostean fishes
  • 著者名/発表者名: Kawaguchi, M., S.Lavoue, J.Hiroi, H.Hayano, I.Iuchi, S.Yasumasu, M.Nishida
  • 雑誌名: Environmental Biology of Fishes 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A molecular timescale for the evolution of the African freshwater fish family Kneriidae (Gonorynchiformes)
  • 著者名/発表者名: Lavoue, S., M.Miya, T.Moritz, M.Nishida
  • 雑誌名: Ichthyological Research 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hidden diversity in a reef-dwelling sea slug, Pteraeolidia ianthina (Nudibranchia, Aeolidida), in the northwestern Pacific
  • 著者名/発表者名: Yorifuji, M., H.Takeshima, K.Mabuchi, M.Nishida
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シーケンシングによるアユの集団ミトコンドリアゲノミクスへのアプローチ (2013)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦, ら
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド, 兵庫県
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] 高性能自動アノテーションパイプラインMitoAnnotatorの実装による魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFishの充実 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西田睦, ら
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル, 宮崎県
  • 年月日: 2013-10-05
• [学会発表] Molecular phylogenetic approach to diversity of fishes (2013)
  • 著者名/発表者名: Nishida, M
  • 学会等名: Gordon Research Conference "Marine Molecular Ecology"
  • 発表場所: The HongKong University of Science and Technology, HongKong
  • 年月日: 2013-08-13
• [学会発表] Phylogenetics and diversification of Percomorpha-An introduction to the symposium. (2013)
  • 著者名/発表者名: Miya, M. and T.J. Near.
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Paleogene adaptive radiation of tunas and their pelagic relatives revealed by bioinformatic and mitogenomic analyses. (2013)
  • 著者名/発表者名: Miya, M., M. Freedman, T.P. Satoh, H. Takeshima, T. Sado, Y. Yamanoue, K. Mabuchi & M. Nishida.
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Molecular systematics and historical biogeography of the perch-ike fishes (Teleostei: Perciformes). (2013)
  • 著者名/発表者名: Chen W.-J., S.H. Liu, R. Ruiz-Carus, S. Lavoue, M. Miya, H.-K. Mok & R.L. Mayden.
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Mitochondrial phylogenomics to resolve cypriniform tree of life: Higher-level and detailed relationships inferred from over 500 sequences. (2013)
  • 著者名/発表者名: Saitoh K, T. Sado, M. Nishida, R.L. Mayden, M. Miya
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Phylogeny of the lefteye flounders (family Bothidae): a mitogenomic perspective. (2013)
  • 著者名/発表者名: Satoh T.P., M. Miya, M. Nishida.
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Dates and rates of major pelagic deep-sea fish radiations. (2013)
  • 著者名/発表者名: Poulsen J.Y., M. Miya, A. Kawaguchi, T.P. Satoh, S.W. Knudsen, E. Willassen, I. Byrkjedal, M. Friedman.
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] Mitogenomic phylogeny of acanthuroid fishes (Actinopterygii: Perciformes) and evolutionary origins of distinct larvae. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamanoue Y., M. Miya, K. Mabuchi, M. Nishida
  • 学会等名: The 9th Indo-Pacific Fish Conference
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Okinawa, Japan
• [学会発表] A ‘living-fossil’ eel (Anguilliformes: Protanguillidae, fam. nov.) from an undersea cave in Palau. (2013)
  • 著者名/発表者名: Johnson G.D., H. Ida, J.Sakaue, T. Sado, T. Asahida, M. Miya
  • 学会等名: Symposium on Systematics and Diversity of Fishes.
  • 発表場所: National Museum of Nature and Science, Tokyo, Japan
• [学会発表] Evolution of the paedomorphic gobioid fishes revealed by whole mitogenome sequences with supermatrix analysis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kon, T., M. Miya, T. Sado, L. Ruber, T.P. Satoh, T. Yoshino, M. Nishida
  • 学会等名: Symposium on Systematics and Diversity of Fishes.
  • 発表場所: National Museum of Nature and Science, Tokyo, Japan
• [学会発表] Molecular phylogenetic approach to diversity of fishes. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nishida M.
  • 学会等名: Gordon Research Conference "Marine Molecular Ecology"
  • 発表場所: The HongKong University of Science and Technology, HongKong.
  • 招待講演
• [学会発表] 琵琶湖固有魚類のミトコンドリアゲノムの多試料塩基配列の同時決定と適応進化解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田畑諒一・武島弘彦・平瀬祥太朗・西田睦・渡辺勝敏
  • 学会等名: NGS現場の会 第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 次世代シーケンサーによる魚類ミトコンドリアゲノミクス：Parallel Tag Sequencingのプロトコル確立 (2013)
  • 著者名/発表者名: 平瀬祥太朗・武島弘彦・西田睦・岩崎渉
  • 学会等名: NGS現場の会 第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 高性能自動アノテーションパイプラインMitoAnnotatorの実装による魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFishの充実． (2013)
  • 著者名/発表者名: 西田 睦・福永 津嵩・砂子澤 遼太・山田 浩一郎・佐藤 崇・佐土 哲也・宮 正樹・武島 弘彦・馬渕 浩司・前田 泰伸・岩崎 渉
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] ハゼ亜目魚類の多様化プロセス：ミトゲノム全長配列とSupermatrix法による網羅的系統解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 昆 健志・佐土 哲也・L. Ruber ・佐藤 崇・吉野哲夫・西田 睦・宮 正樹
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] 次世代シーケンシングによる魚類の大量ミトコンドリアゲノム分析法の確立 (2013)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・平瀬祥太朗・岩崎渉・田畑諒一・渡辺勝敏・西田睦
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] 琵琶湖における多倍数性フナ類の遺伝的構造 (2013)
  • 著者名/発表者名: 三品達平・田畑諒一・中野光議・高田未来美・武島弘彦・西田睦・渡辺勝敏
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] 琵琶湖固有魚類の起源と進化：ミトコンドリアゲノムにおける適応進化の可能性 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田畑諒一・武島弘彦・平瀬祥太朗・西田睦・柿岡諒・小宮竹史・渡辺勝敏
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] 日本在来コイのレフュージアとしての琵琶湖 (2013)
  • 著者名/発表者名: 馬渕浩司・ソン ハヨン・武島弘彦・中井克樹・瀬能宏・西田睦
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] 南シナ海沿岸魚類の多様性形成史に関する比較系統地理学的研究（予報） (2013)
  • 著者名/発表者名: 武藤望生・高木映・本村浩之・緒方悠香・S. Pornpatimakorn ・R. Babaran ・佐藤崇・武島弘彦・武藤文人・石川智士
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル、宮崎県
• [学会発表] MitoFish and MitoAnnotator: a mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline. (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W., T. Fukunaga, R. Isagozawa, K. Yamada, Y. Maeda, T.P. Satoh, T. Sado, K. Mabuchi, H. Takeshima, M. Miya, M. Nishida
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会2013年年会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京都
• [学会発表] 次世代シーケンシングによるアユの集団ミトコンドリアゲノミクスへのアプローチ (2013)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・平瀬祥太朗・岩崎渉・井口恵一朗・西田睦
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、兵庫県
• [学会発表] 東日本大震災が三陸アユの遺伝的集団構造に与えた影響 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・山野目健・淀太我・関野静雄・畑正好・大竹二雄・西田睦
  • 学会等名: 平成24年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京海洋大学(品川キャンパス),東京都
  • 年月日: 2012-03-27
• [学会発表] 津波に被災したアユ地域個体群の動態予想 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井口恵一朗・山野目健・淀太我・関野静雄・武島弘彦・畑正好・大竹二雄・西田睦
  • 学会等名: 平成24年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京海洋大学(品川キャンパス),東京都
  • 年月日: 2012-03-27
• [学会発表] ムカデミノウミウシに潜む遺伝的多様性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 依藤 実樹子・武島弘彦・馬渕浩司・西田 睦
  • 学会等名: 日本貝類学会2012年度大会
  • 発表場所: 東京家政学院， 東京
• [学会発表] Phylogenetic analysis of syngnathoid fishes based on whole mitochondrial genome sequences:Limits and intrarelationships of the "Syngnathoidei". (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Song, K. Mabuchi, T. P. Satoh, M. Miya, M. Nishida
  • 学会等名: Fish Barcode of Life World Conference
  • 発表場所: 麗水（Yeosu), Korea
• [学会発表] Fish mitochondrial phylogenomics and DNA barcoding. (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Nishida and M. Miya
  • 学会等名: Fish Barcode of Life World Conference
  • 発表場所: 麗水（Yeosu), Korea
  • 招待講演
• [学会発表] Lake Biwa as a refuge of native Japanese common carp (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Mabuchi, H. Song, H. Takeshima, K. Nakai, H. Senou and M. Nishida
  • 学会等名: 2012 ASLO Aquatic Sciences Meeting
  • 発表場所: Lake Biwa, Otsu, Shiga, Japan
• [学会発表] 福井県三方湖周辺水域におけるフナの遺伝的個体群構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・松崎慎一郎・高田未来美・児玉晃治・前田英章・西田 睦
  • 学会等名: 第19回信州魚類研究会
  • 発表場所: 信州大農学部付属野辺山農場，長野県南佐久郡
• [学会発表] 遺伝分析から見た三方湖周辺水域におけるフナの種内系統構成 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦
  • 学会等名: 三方湖自然再生フォーラム
  • 発表場所: 福井県三方青年の家，福井県
• [学会発表] 琉球列島におけるフナの分布と生息場所：在来フナと移植フナの比較（日本魚類学会論文賞） (2012)
  • 著者名/発表者名: 高田未来美・立原一憲・西田 睦
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] ベトナムで採集された分布域最南端のアユの遺伝的特徴 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・Hau D. TRAN・木下 泉・井口恵一朗・西田 睦
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] 核遺伝子配列から推定された日本産ヨシノボリ属魚類の系統関係 (2012)
  • 著者名/発表者名: 山﨑 曜・西田 睦・鈴木寿之・向井貴彦・渡辺勝敏
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] Multiplex PCR判別法を用いた琉球列島在来・移植フナの判別とそれらの分布の詳細 (2012)
  • 著者名/発表者名: 高田未来美・立原一憲・西田 睦
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長配列から推定されたダルマガレイ科魚類の系統関係 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 崇・宮 正樹・西田 睦
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] バイカルカジカ類の進化研究の面白さ. 2012年度日本魚類学会年会（シンポジウム「バイカル湖におけるカジカ類の起源，適応放散と種分化」総合議論） (2012)
  • 著者名/発表者名: 西田睦
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] 馬渕浩司：バイカルカジカ類の種間系統を解く試みから. 2012年度日本魚類学会年会（シンポジウム「バイカル湖におけるカジカ類の起源，適応放散と種分化」総合議論） (2012)
  • 著者名/発表者名: 馬渕浩司
  • 学会等名: 2012年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 水産大学校，山口県下関市
• [学会発表] Phylogenetic analysis of syngnathoid fishes based on whole mitochondrial genome sequences : a contribution to understanding fish diversity (2011)
  • 著者名/発表者名: Hayeun SONG, Kohji MABUCHI, Takashi SATOH, Masaki MIYA, Mutsumi NISHIDA
  • 学会等名: 第3回日韓(AORI-KIOS)海洋科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京大学大気海洋研究所,千葉県柏市
  • 年月日: 2011-11-10
• [学会発表] 魚類のミトコンドリア進化ゲノミクス:10年の軌跡と到達点 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮正樹・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長塩基配列に基づくヨウジウオ亜目魚類の系統解析:亜目の枠組みと内部の系統関係 (2011)
  • 著者名/発表者名: ソンハヨン・馬渕浩司・佐藤崇・宮正樹・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長配列によるハゼ亜目魚類の分子系統解析:幼形進化的シラスウオ属魚類の起源を中心に (2011)
  • 著者名/発表者名: 昆健志・宮正樹・佐土哲也・Lukas Ruber・中谷将典・佐藤崇・吉野哲夫・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長塩基配列にもとづくフグ目魚類の系統解析:姉妹群探索から淡水種の起源推定まで (2011)
  • 著者名/発表者名: 山野上祐介・宮正樹・松浦啓一・酒井治己・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] 魚類のミトコンドリアゲノムにおける遺伝子配置の多様性とその進化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤崇・宮正樹・馬渕浩司・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長配列に基づく魚類の分岐年代推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上潤・宮正樹・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] 魚類のミトコンドリア進化ゲノミクス:今後の展望 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西田睦・武島弘彦・馬渕浩司・宮正樹
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会「セッション:ミトコンドリアゲノミクスにもとづく魚類の系統進化研究:成果と展望」
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] 福井県三方湖周辺水域におけるフナ地域個体群の種内系統構成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦・松崎慎一郎・児玉晃治・前田英章・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-09-30
• [学会発表] フナ種群Carassius auratus-complexにおける主要系統のさらなる探索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 高田未来美・酒井治己・高橋洋・井口恵一朗・横山良太・渡辺勝敏・柿岡諒・伊藤明・山崎裕治・張春光・趙亜輝・S.F.Safronov・V.G.Sideleva・立原一憲・後藤晃・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-09-30
• [学会発表] ミトゲノム解析に基づくコイ科ウグイ亜科魚類の系統地理 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井元順一・斉藤憲治・佐々木剛・足立淳・K.Yuri・宮正樹・西田睦・半澤直人
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-09-30
• [学会発表] マイクロサテライト隣接領域の一塩基多型を用いたコイの在来系統の識別 (2011)
  • 著者名/発表者名: 馬渕浩司・ソンハヨン・武島弘彦・中井克樹・瀬能宏・西田睦
  • 学会等名: 2011年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 弘前大学,青森県弘前市
  • 年月日: 2011-09-30
• [学会発表] 孵化酵素の環境適応～1つのアミノ酸変異による至適塩濃度の違い～ (2011)
  • 著者名/発表者名: 川口眞理・井内一郎・西田睦・安増茂樹
  • 学会等名: 日本動物学会第82回旭川大会
  • 発表場所: 旭川市大雪クリスタルホール,北海道旭川市
  • 年月日: 2011-09-21
• [学会発表] ミトゲノム超行列による巨大クレードの包括的な進化史解明:コイ目魚類を例に (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮正樹・佐土哲也・斎藤憲治・西田睦
  • 学会等名: 日本進化学会第13回大会
  • 発表場所: 京都大学百周年時計台記念館,京都市
  • 年月日: 2011-07-30
• [学会発表] 孵化酵素と卵膜の分子共進化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川口眞理・西田睦・安増茂樹
  • 学会等名: 日本進化学会第13回大会
  • 発表場所: 京都大学百周年時計台記念館,京都市
  • 年月日: 2011-07-30
• [学会発表] リュウキュウアユと私たち (2011)
  • 著者名/発表者名: 西田睦
  • 学会等名: リュウキュウアユを蘇生させる会20周年記念,シンポジウムin沖縄
  • 発表場所: 名護市民会館中ホール,沖縄県
  • 年月日: 2011-06-11
• [学会発表] 生物学的比較の基礎としての系統枠 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西田睦
  • 学会等名: 第11回東京大学生命科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京大学安田講堂(東京都)(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-04
• [学会発表] カタナメクジウオ属Epigonichthys(頭索動物亜門)の分子系統解析と琉球列島からの日本記録種発見 (2011)
  • 著者名/発表者名: 昆健志・西田睦・西川輝昭
  • 学会等名: 沖縄生物学会第48回大会
  • 発表場所: 琉球大学理学部複合棟102教室・大学会館,沖縄県
  • 年月日: 2011-06-04