研究課題
基盤研究(B)
我々はアミノ酸変異情報に基づいてプロトン駆動型べん毛回転モーターMotA/B複合体の膜貫通部位の立体構造モデリングを行い、プロトン透過のメカニズムを分子シミュレーションから明らかにした。MotA/Bは内部に疎水性のチャネルを持ち、プロトンはこの内部をヒドロニウムイオンとして透過することが明らかになった。細胞質ドメインが剛体的に運動すると仮定するとプロトン化・非プロトン化のサイクルによって、ラチェット的動きを誘起できることも示した。この研究成果は、現在はProc Natl Acad Sci USAに印刷中である。
すべて 2015 2014 2013 2012 2011 その他
すべて 雑誌論文 (20件) (うち査読あり 19件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (25件) (うち招待講演 21件) 備考 (3件)
Bioorg Med Chem.
巻: 23 号: 2 ページ: 328-339
10.1016/j.bmc.2014.11.027
Nature Communications
巻: 5 号: 1 ページ: 4994-4994
10.1038/ncomms5994
130005100825
Biophysical Journal
巻: 107 号: 6 ページ: 1415-1425
10.1016/j.bpj.2014.07.049
生物物理
巻: 54 号: 3 ページ: 167-171
10.2142/biophys.54.167
130004719369
統計数理
巻: 62 ページ: 273-284
120006020818
AIP Conference Proceedings
巻: 1618 ページ: 86-86
10.1063/1.4897682
PLoS ONE
巻: 9 号: 1 ページ: e85852-e85852
10.1371/journal.pone.0085852
Proteins
巻: 81 号: 6 ページ: 1005-1016
10.1002/prot.24252
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography
巻: D69 号: 5 ページ: 812-820
10.1107/s0907444913002102
Journal of Chemical Physics
巻: 139 号: 3
10.1063/1.4813023
巻: 139 号: 14
10.1063/1.4823743
化学工業
巻: 64 ページ: 7-13
Chem. Phys. Lett
巻: 559 ページ: 94-98
10.1016/j.cplett.2012.12.063
Phys. Chem. Chem. Phys
巻: 15 号: 10 ページ: 3646-3654
10.1039/c3cp42761g
J. Chem. Phys
巻: 137 号: 21
10.1063/1.4768901
J. Phys. Chem. B
巻: 116 号: 22 ページ: 6279-6287
10.1021/jp301100g
Journal of Chemical Theory and Computation
巻: 8(1) 号: 1 ページ: 290-299
10.1021/ct200363h
The Journal of Physical Chemistry B
巻: 115(27) 号: 27 ページ: 8806-8812
10.1021/jp2008623
The Journal of Chemical Physics
巻: 135(4) 号: 4 ページ: 45101-45114
10.1063/1.3613676
J Am Chem Soc
巻: 133(34) 号: 34 ページ: 13571-13576
10.1021/ja204451g
http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/