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動的構造に基づく定量的な蛋白質間相互作用システムの計算・情報科学研究

研究課題

研究課題/領域番号 23370071
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関大阪大学

研究代表者

中村 春木  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (80134485)

研究分担者 金城 玲  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (30370117)
連携研究者 肥後 順一  大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員 (80265719)
神谷 成敏  大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員 (80420462)
米澤 康滋  近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授 (40248753)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
19,760千円 (直接経費: 15,200千円、間接経費: 4,560千円)
2013年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2012年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2011年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワード構造・機能予測 / 分子シミュレーション / 蛋白質 / プロテオーム / 蛋白質間相互作用
研究概要

従来よりもはるかに高いサンプリング効率を発揮できるV-McMD法を新規に開発し、新規の非エバルト法による高速分子動力学計算プログラムと組み合わせて周期系に応用し、結合によってアミノ酸側鎖や主鎖構造が変化する系での蛋白質の二量体形成を自由エネルギー地形の計算から解析し、その安定性の定量化を実現できた。一方、蛋白質の相互作用における界面に対してその部分構造と表面構造の類似性を網羅的に調べて分類し、フォールド構造の異なる蛋白質においても共有されているパッチを見出した。また、界面に共通に観測される構造モチーフを同定し、それらの組み合わせとしての複合モチーフが機能と良く対応していることを見出した。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (77件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (25件) (うち査読あり 25件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (49件) (うち招待講演 27件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rigid-body motions of interacting proteins dominate multi-specific binding of Ubiquitin in a shape-dependent manner2014

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta B, Nakamura H, Kinjo AR
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 82 号: 1 ページ: 77-89

    • DOI

      10.1002/prot.24371

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI2014

    • 著者名/発表者名
      Lensink MF, et al
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 82 号: 4 ページ: 620-632

    • DOI

      10.1002/prot.24439

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Specific non-local interactions are not necessary for recovering native protein dynamics2014

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta B, Kasahara K, Kamiya N, Nakamura H, Kinjo AR
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 3 ページ: e91347-e91347

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0091347

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Zero-multipole summation method for estimating electrostatic interactions in molecular dynamics : analysis of the accuracy and application to liquid systems2014

    • 著者名/発表者名
      Fukuda I, Kamiya N, Nakamura H
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys

      巻: 140 号: 19 ページ: 194307-194307

    • DOI

      10.1063/1.4875693

    • NAID

      120005596268

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-resolution modeling of antibody structures by a combination of bioinformatics, expert knowledge, and molecular simulations.2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Shirai, Kazuyoshi Ikeda, Kazuo Yamashita, Yuko Tsuchiya, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Tatsuaki Morokata, Kenji Mizuguchi, Junichi Higo, Daron M. Standley, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 印刷中 号: 8 ページ: 1624-1635

    • DOI

      10.1002/prot.24591

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Application of zero-dipole summation method to molecular dynamics2013

    • 著者名/発表者名
      Narutoshi Kamiya
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett.

      巻: 568-569 ページ: 26-32

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.03.014

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation : Principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent2013

    • 著者名/発表者名
      J. Higo, K. Umezawa, H. Nakamura
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138 号: 18 ページ: 184106-184106

    • DOI

      10.1063/1.4803468

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Murakami Y, Kinoshita K, Kinjo AR, Nakamura H
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 22 号: 10 ページ: 1379-1391

    • DOI

      10.1002/pro.2329

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of a double-stranded DNA in an explicit solvent model with zero-dipole summation method2013

    • 著者名/発表者名
      Arakawa T, Kamiya N, Nakamura H, Fukuda I
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 10 ページ: e76606-e76606

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0076606

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations Accelerated by GPU for Biological Macromolecules with a Non-Ewald Scheme for Electrostatic Interactions2013

    • 著者名/発表者名
      Mashimo T, Fukunishi Y, Kamiya N, Takano Y, Fukuda I, Nakamura H
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput

      巻: 9 号: 12 ページ: 5599-5609

    • DOI

      10.1021/ct400342e

    • NAID

      120005604144

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutational and Structural Analyses of Caldanaerobius polysaccharolyticus Man5B Reveal Novel Active Site Residues for Family 5 Glycoside Hydrolases2013

    • 著者名/発表者名
      Takuji Oyama, George E Schmitz, Dylan Dodd, Yejun Han, Alanna Burnett, Naoko Nagasawa, Roderick I Mackie, Haruki Nakamura, Kosuke Morikawa, & Isaac Cann
    • 雑誌名

      PLoS ONE.

      巻: 8 号: 11 ページ: e80448-e80448

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0080448

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Community-wide evaluation of methods forpredicting the effect of mutations on protein–protein interactions.2013

    • 著者名/発表者名
      Rocco Moretti, …, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, et al.
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 81 号: 11 ページ: 1980-1987

    • DOI

      10.1002/prot.24356

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The 3rd DBCLS BioHackathon: improving life science data integration with Semantic Web technologies2013

    • 著者名/発表者名
      Katayama T, Wilkinson MD, Micklem G, Kawashima S, Yamaguchi A, Nakao M,Yamamoto Y, Okamoto S, Oouchida K, Chun HW, Aerts J, Afzal H, Antezana E, Arakawa K, Aranda B, Belleau F, Bolleman J, Bonnal RJ, Chapman B, Cock PJ, Eriksson T, Gordon PM, Goto N, Hayashi K, Horn H, Ishiwata R, Kaminuma E, Kasprzyk A, Kawaji H, Kido N, Kim YJ,Kinjo AR, Konishi F, Kwon KH, Labarga A, Lamprecht AL, Lin Y, Lindenbaum P, McCarthy L, Morita H, Murakami K, Nagao K, Nishida K, Nishimura K, Nishizawa T, Ogishima S, Ono K, Oshita K, Park KJ, Prins P, Saito TL, Samwald M, SatagopamVP, Shigemoto Y, Smith R, Splendiani A, Sugawara H, Taylor J, Vos RA, Withers D, Yamasaki C, Zmasek CM, Kawamoto S, Okubo K, Asai K, Takagi T.
    • 雑誌名

      J Biomed Semantics

      巻: 4(1) 号: 1 ページ: 6-6

    • DOI

      10.1186/2041-1480-4-6

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: Principles and applications to free-energy landscape of protein–protein interaction with an all-atom model in explicit solvent2013

    • 著者名/発表者名
      Higo, J., Umezawa, K., Nakamura, H.
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Composite structural motifs of binding sites for delineating biological functions of proteins2012

    • 著者名/発表者名
      Kinjo AR, Nakamura H
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 7 号: 2 ページ: e31437-e31437

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0031437

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-Ewald methods : Theory and Applications to Molecular Systems2012

    • 著者名/発表者名
      Fukuda I, Nakamura H
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 4 号: 3 ページ: 161-170

    • DOI

      10.1007/s12551-012-0089-4

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Counterbalance of ligand- and self-coupled motions characterizes multispecificity of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta B, Nakamura H, Kinjo AR
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 22 号: 2 ページ: 168-178

    • DOI

      10.1002/pro.2195

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simple and Accurate Scheme to Compute Electrostatic Interactions: Zero-dipole Summation Technique for Molecular System and Application to Bulk Water.2012

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 137 号: 5 ページ: 54314-54314

    • DOI

      10.1063/1.4739789

    • NAID

      120005647641

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enhanced and effective conformational sampling of protein molecular systems for their free energy landscapes2012

    • 著者名/発表者名
      Higo, J., Ikebe, J., Kamiya, N., Nakamura, H
    • 雑誌名

      Biophysical Rev

      巻: 4 号: 1 ページ: 27-44

    • DOI

      10.1007/s12551-011-0063-6

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conformational Ensembles of an Intrinsically Disordered Protein pKID with and without a KIX Domain in Explicit Solvent Investigated by All-Atom Multicanonical Molecular Dynamics2012

    • 著者名/発表者名
      Umezawa, K., Ikebe, J., Takano, M., Nakamura, H., Higo, J
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 2 号: 1 ページ: 104-121

    • DOI

      10.3390/biom2010104

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GIRAF: a method for fast search and flexible alignment of ligand binding interfaces in proteins at atomic resolution2012

    • 著者名/発表者名
      Kinjo AR, Nakamura H
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS

      巻: 8 号: 0 ページ: 79-94

    • DOI

      10.2142/biophysics.8.79

    • NAID

      130002061589

    • ISSN
      1349-2942
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computer-aided antibody design.2012

    • 著者名/発表者名
      Kuroda, D., Shirai, H., Jacobson, M. P., Nakamura, H.
    • 雑誌名

      Protein Engineering, Design and Selection

      巻: 25 号: 10 ページ: 507-521

    • DOI

      10.1093/protein/gzs024

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct roles of overlapping and non-overlapping regions of hub protein interfaces in recognition of multiple partners2011

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta B, Nakamura H, Kinjo AR
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 411 号: 3 ページ: 713-727

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.06.027

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology2011

    • 著者名/発表者名
      Fleishman SJ, 他(研究代表者含む,全96人)
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 414 号: 2 ページ: 289-302

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.09.031

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-energy Landscape for Coupled Folding and Binding of an Intrinsically Disordered Protein in Explicit Solvent from Detailed All-atom Computations2011

    • 著者名/発表者名
      Higo J, Nishimura Y, Nakamura H
    • 雑誌名

      J Am Chem Soc

      巻: 133 号: 27 ページ: 10448-10458

    • DOI

      10.1021/ja110338e

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] New Approach to Electrostatic Properties of Proteins and Protein-Protein Interactions2014

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
    • 発表場所
      ICC Jeju, Korea
    • 年月日
      2014-05-18
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] New Approaches to Dynamic Properties of Proteins and their Applications to Drug Discover of GPCR2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      CADD'13
    • 発表場所
      Institut Teknologi Bandung, Bandung, Indonesia
    • 年月日
      2013-12-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質の結合部位の構造パターンと 生物学的機能を結ぶ2013

    • 著者名/発表者名
      金城玲
    • 学会等名
      第6回定量生物学の会
    • 発表場所
      大阪大学銀杏会館
    • 年月日
      2013-11-24
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム情報(1D)から蛋白質の動的構造情報(4D)へ2013

    • 著者名/発表者名
      中村春木
    • 学会等名
      日本学術会議公開シンポジウム
    • 発表場所
      日本学術会議講堂(東京)
    • 年月日
      2013-09-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Composite structural motifs of binding sites for annotating functional differences2013

    • 著者名/発表者名
      Kinjo AR
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics 2013
    • 発表場所
      京王プラザホテル札幌
    • 年月日
      2013-07-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Composite structural motifs of binding sites for delineating biological functions of proteins2013

    • 著者名/発表者名
      金城玲
    • 学会等名
      第54回植物生理学会年会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2013-03-21
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命科学における情報科学・計算科学2013

    • 著者名/発表者名
      中村春木
    • 学会等名
      第6回三大学連携シンポジウム
    • 発表場所
      神戸大学統合研究拠点
    • 年月日
      2013-02-22
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Drug Development for a GPCR with in-silico screening2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      Nagoya symposium : Frontiers in Structural Physiology
    • 発表場所
      名古屋大学豊田講堂
    • 年月日
      2013-01-24
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new non-Ewald scheme : The zero-dipole summation method and its applications to molecular dynamics simulations for homogeneous and inhomogeneous biomolecular systems2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      National Symposium on Frontiers of Biophysics, Biotechnology & Bioinformatics and 37'th Annual Meeting of Indian Biophysical Society
    • 発表場所
      University of Mumbai, India
    • 年月日
      2013-01-14
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Prediction of protein-protein complex structures2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      International Conference on Biomolecular Forms and Functions
    • 発表場所
      Indian Institute of Science Bangalore, India
    • 年月日
      2013-01-10
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] All-atomic molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013

    • 著者名/発表者名
      Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013

    • 著者名/発表者名
      Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      Protein Society the 27th Annual Symposium
    • 発表場所
      Boston Marriott, Boston, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Free-energy Landscape of Coupled Folding and Binding of IDP-partner Systems in an Explicit Solvent Investigated by All-atom Multicanonical Molecular Dynamics2013

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Koji Umezawa, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      Protein Society the 27th Annual Symposium
    • 発表場所
      Boston Marriott, Boston, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質の自由エネルギー地形2012

    • 著者名/発表者名
      中村春木
    • 学会等名
      スーパーコンピュータ・ワークショップ2012
    • 発表場所
      自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター
    • 年月日
      2012-01-25
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Zero-dipole summation法を用いた、DNAおよびタンパク質-DNA複合体の分子動力学シミュレーション2012

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質-蛋白質ドッキングのためのスコア関数の開発:抗原抗体の場合2012

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質相互作用部位構造の高速検索と柔軟なアラインメント法2012

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 抗原抗体相互作用における親和性創出機構の精密解析2012

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] GPUを利用したZero-dipole summation法をによる静電相互作用の高速計算2012

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of Protein-Protein Complex Structures Using a Docking Server, surFit2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      The 26th Annual Symposium of the Protein Society
    • 発表場所
      Manchester Grand Hyatt, San Diego, California, USA
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 3D complex structure assignment for evolutionary conserved protein-protein interactions2012

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2012

    • 著者名/発表者名
      神谷 成敏
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Ets1-DNA complexes using Zero-Dipole Summation Method2012

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A simple non-Ewald scheme: the zero-dipole summation method and its application to molecular systems2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics (CCP2012)
    • 発表場所
      Nichii Gakkan, Kobe
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of protein-protein complex structures2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      International Conference on Biomolecular Forms and Functions
    • 発表場所
      Indian Institute of Science, Bangalore, India
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new non-Ewald scheme: The zero-dipole summation method and its applications to molecular dynamics simulations for homogeneous and inhomogeneous biomolecular systems2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      National Symposium on Frontiers of Biophysics, Biotechnology & Bioinformatics and 37'th Annual Meeting of Indian Biophysical Society
    • 発表場所
      University of Mumbai, Mumbai, India
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational Prediction and Analysis of Protein-Protein Interactions: Qualitative and Quantitative Approaches2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      Special Seminar at Academia Sinica
    • 発表場所
      Academia Sinica, Shanghai, China
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Drug Development for a GPCR with in-silico screening2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, H.
    • 学会等名
      Nagoya Symposium
    • 発表場所
      名古屋大学 豊田講堂
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Intrinsically Disordered Proteins and Development of Corresponding Drugs2011

    • 著者名/発表者名
      Nakamura H
    • 学会等名
      CADD2011 (Plenary Lecture)
    • 発表場所
      Penang, Malaysia
    • 年月日
      2011-12-05
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural properties of hub proteins in interaction networks and its implications on interaction promiscuity2011

    • 著者名/発表者名
      中村 春木
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪千里
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 抗原・抗体間のフレキシブルドッキング・マルチカノニカル分子動力学シミュレーション2011

    • 著者名/発表者名
      神谷 成敏
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪千里
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 天然変死蛋白質NRSFとそのパートナー蛋白質mSin3の結合/折れ畳みの詳細な自由エネルギー地形2011

    • 著者名/発表者名
      肥後 順一
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪千里
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質の生物学的機能解析のための相互作用界面の複合構造モチーフ2011

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ハブ蛋白質のリガンド依存構造変化:ユビキチンの場合2011

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 全原子シミュレーションによる天然変性蛋白質の自由エネルギー地形2011

    • 著者名/発表者名
      肥後 順一
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Free Energy Landscape: the road map for protein conformational changes2011

    • 著者名/発表者名
      肥後 順一
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会シンポジウム
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Prediction of Protein-Protein Interactions: Structural Approaches

    • 著者名/発表者名
      Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 2nd HD Physiology International Symposium
    • 発表場所
      丸の内MY PLAZAホール(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Composite structural motifs of binding sites for annotating functional differences

    • 著者名/発表者名
      Akira R. Kinjo
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics 2013
    • 発表場所
      京王プラザホテル札幌(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム情報(1D)から蛋白質の動的構造情報(4D)へ

    • 著者名/発表者名
      中村春木
    • 学会等名
      日本学術会議公開シンポジウム
    • 発表場所
      日本学術会議講堂(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質の結合部位の構造パターンと生物学的機能を結ぶ

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第6回定量生物学の会
    • 発表場所
      大阪大学銀杏会館(吹田市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] New Approaches to Dynamic Properties of Proteins and their Applications to Drug Discover of GPCR.

    • 著者名/発表者名
      Haruki Nakamura
    • 学会等名
      CADD’13
    • 発表場所
      Bandung, Indonesia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational Protein Science: Structural Bioinformatics and Molecular Simulations

    • 著者名/発表者名
      Haruki Nakamura
    • 学会等名
      CDAST symposium
    • 発表場所
      Jember University, Indonesia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Prediction of protein-protein complex structures

    • 著者名/発表者名
      Haruki Nakamura
    • 学会等名
      International Conference on Biomolecular Forms and Functions
    • 発表場所
      Indian Institute of Science Bangalore, India
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new non-Ewald scheme: The zero-dipole summation method and its applications to molecular dynamics simulations for homogeneous and inhomogeneous biomolecular systems

    • 著者名/発表者名
      Haruki Nakamura
    • 学会等名
      National Symposium on Frontiers of Biophysics, Biotechnology & Bioinformatics and 37'th Annual Meeting of Indian Biophysical Society
    • 発表場所
      University of Mumbai, India
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A simple non-Ewald scheme for calculating electrostatic interactions of charged particle systems: the zero-dipole summation method and the application to molecular systems

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda1, Narutoshi Kamiya, Takamasa Arakawa, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京工業大学 蔵前会館
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] GPU-accelerated calculation of electrostatic interactions with zero-dipole summation method

    • 著者名/発表者名
      Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Yu Takano, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京工業大学 蔵前会館
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] SGDDによるGPCRに対する非ペプチド性アゴニストの開発

    • 著者名/発表者名
      中村春木
    • 学会等名
      第12回 プロテインモール関西情報交流セミナー
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター(大阪)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Composite structural motifs of binding sites for delineating biological functions of protein

    • 著者名/発表者名
      金城 玲
    • 学会等名
      第54回植物生理学会年会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] "Prediction of Protein-Protein Complex Structures" in Biomolecular Forms and Functions : A Celebration of 50 years of the Ramachandran Map(Eds. Manju Bansal & N. Srinivasan)2013

    • 著者名/発表者名
      Kanamori E, Murakami Y, Sarmiento J, Liang S, Standley DM, Shirota M, Kinoshita K, Tsuchiya Y, Higo J, Nakamura H
    • 出版者
      World Scientific Publishing
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] Biomolecular Forms and Functions2013

    • 著者名/発表者名
      Kanamori, E.
    • 総ページ数
      502
    • 出版者
      World Scientific Publishing
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/pi/index_pi.html

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書

URL: 

公開日: 2011-04-06   更新日: 2019-07-29  

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