基本転写因子ＴＦＩＩＤによるコアプロモーター認識機構の解明

• 研究課題/領域番号: 23370077
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 横浜市立大学
• 研究代表者: 古久保 哲朗 横浜市立大学, その他の研究科, 教授 (10271587)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 19,890千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 4,590千円); 2013年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2012年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2011年度: 7,020千円 (直接経費: 5,400千円、間接経費: 1,620千円)
• キーワード: 転写調節 / 転写因子 / 基本転写因子 / 転写開始 / 出芽酵母 / TFIID / TAF / TBP / SAGA

研究概要

基本転写因子TFIIDがコアプロモーター配列（CE）を認識し、特定の塩基対から転写を誘導する分子機構の詳細は未だ不明である。我々は独自にハイスループット型の遺伝子発現定量システムを開発し、出芽酵母由来のCYC1コアプロモーター内にランダム変異を導入することによって新規CEを複数同定することに成功した。またTBP機能阻害ドメインであるTANDとTBPの複合体について構造解析を行い（海外のグループとの共同研究）、転写活性化機構に関して新たな知見を得た。

研究成果

• [雑誌論文] High-resolution structure of TBP with TAF1 reveals anchoring patterns in transcriptional regulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Anandapadamanaban M, Andresen C, Helander S, Ohyama Y, Siponen MI, Lundström P, Kokubo T, Ikura M, Moche M, Sunnerhagen M
  • 雑誌名: Nat Struct Mol Biol 巻: 20(8) 号: 8 ページ: 1008-14
  • DOI: 10.1038/nsmb.2611
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription in Eukaryote (review) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 雑誌名: Encyclopedia of Systems Biology 巻: in press
• [雑誌論文] Transcription Initiation in Eukaryote (review) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 雑誌名: Encyclopedia of Systems Biology 巻: in press
• [雑誌論文] Mechanisms of Transcriptional Activation and Repression (review) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 雑誌名: Encyclopedia of Systems Biology 巻: in press
• [雑誌論文] Identification and recombinant analysis of botrocetin-2, a snake venom cofactor for von Willebrand factor-induced platelet agglutination (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto-Suzuki Y, Sakurai Y, Fujimura Y, Matsumoto M, Hamako J, Kokubo T, Kitagawa H, Kawsar SM, Fujii Y, Ozeki Y, Matsushita F, Matsui T
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 51(26) ページ: 5329-38
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and recombinant analysis of botrocetin-2, a snake venom cofactor for von Willebrand factor-induced platelet agglutination (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto-Suzuki Y, Sakurai Y, Fujimura Y, Matsumoto M, Hamako J, Kokubo T, Kitagawa H, Kawsar SMA, Fujii Y, Ozeki Y, Matsushita F, Matsui T
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 51 号: 26 ページ: 5329-5338
  • DOI: 10.1021/bi300442c
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid cell division contributes to efficient induction of A/T mutations during Ig gene hypermutation (2011)
  • 著者名/発表者名: Kano C, Ouchida R, Kokubo T, Wane JY
  • 雑誌名: Molecular Immunology 巻: 48(15-16) 号: 15-16 ページ: 1993-1999
  • DOI: 10.1016/j.molimm.2011.06.218
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cell polarity in Saccharomyces cerevisiae depends on proper localization of the Bud9 landmark protein by the EKC/KEOPS complex (2011)
  • 著者名/発表者名: Kato Y, Kawasaki H, Ohyama Y, Morishita T, Iwasaki H, Kokubo T, Hirano H
  • 雑誌名: Genetics 巻: 188(4) 号: 4 ページ: 871-882
  • DOI: 10.1534/genetics.111.128231
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hmol directs pre-initiation complex assembly to an appropriate site on its target gene promoters by masking a nucleosome-free region (2011)
  • 著者名/発表者名: Kasahara K, Ohyama Y, Kokubo T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 39(10) 号: 10 ページ: 4136-4150
  • DOI: 10.1093/nar/gkq1334
  • 査読あり
• [学会発表] 二種類の異なる機能を持つG1サイクリンCln2pの転写段階での運命決定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 高井直樹, 大山良文, 古久保哲朗
  • 学会等名: 転写研究会・転写サイクル・転写代謝システム共催「冬の若手ワークショップ2014」
  • 発表場所: 軽井沢
  • 年月日: 2014-01-31
• [学会発表] リボソーム構成因子の発現調節に関わる酵母Hmo1タンパク質のDNA結合機構 (2013)
  • 著者名/発表者名: 東野綺子, 雲財悟, 中山理紗, 土屋奈穂, 吉川博文, 古久保哲朗, 笠原浩司
  • 学会等名: 日本分子生物学会第36回年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2013-12-04
• [学会発表] 出芽酵母におけるTFIIDを介したGAL遺伝子群の脱抑制機構 (2013)
  • 著者名/発表者名: 矢部誠, 大山良文, 高井直樹, 古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第36回年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] 母性mRNAの3'非翻訳領域を標的としたアンチセンスモルフォリノオリゴによるpoly(A)鎖短小化機構の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 茂呂華奈子, 古久保哲朗, 和田忠士
  • 学会等名: 日本分子生物学会第35回年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] 出芽酵母のTFIIDとSAGAは細胞の極成長に関わるRAMシグナル経路と遺伝学的に相互作用する (2012)
  • 著者名/発表者名: 大山良文, 和田忠士, 古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「転写代謝システム」・転写研究会共催「若手ワークショップ@湯河原」
  • 発表場所: 湯河原
  • 年月日: 2012-02-09
• [学会発表] 出芽酵母における新規ハイスループット型プロモーター活性測定法の開発とその応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 渡邉清, 矢部誠, 古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「転写代謝システム」・転写研究会共催「若手ワークショップ@湯河原」
  • 発表場所: 湯河原
  • 年月日: 2012-02-09
• [学会発表] 出芽酵母のTFIIDとSAGAは細胞の極成長に関わるRAMシグナル経路と遺伝学的に相互作用する (2012)
  • 著者名/発表者名: 大山良文、和田忠士、古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「転写代謝システム」・転写研究会共催「若手ワークショップ@湯河原」
  • 発表場所: 湯河原(和光純薬・湯河原研修所)
  • 年月日: 2012-02-09
• [学会発表] 出芽酵母における新規ハイスループット型プロモーター活性測定法の開発とその応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 渡邉清、矢部誠、古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「転写代謝システム」・転写研究会共催「若手ワークショップ@湯河原」
  • 発表場所: 湯河原(和光純薬・湯河原研修所)
  • 年月日: 2012-02-09
• [学会発表] 基本転写因子TFIIDの機能発現における天然変性領域の役割 (2012)
  • 著者名/発表者名: 古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2012-01-24
• [学会発表] 基本転写因子TFIIDの機能発現における天然変性領域の役割 (2012)
  • 著者名/発表者名: 古久保哲朗
  • 学会等名: 新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪(千里ライフサイエンスセンター)
  • 年月日: 2012-01-24
• [学会発表] TFIID and SAGA regulate the fate of CLN2 mRNA cooperatively with the RAM signaling network (2011)
  • 著者名/発表者名: 大山良文, 和田忠士, 古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] Novel regulatory mechanism for transcriptional initiation of ribosomal protein genes in S. cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: 笠原浩司, 大山良文, 古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] A novel high-throughput screening system to measure gene expression in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: 渡邉清, 古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] TFIID and SAGA regulate the fate of CLN2 mRNA cooperatively with the RAM signaling network (2011)
  • 著者名/発表者名: 大山良文、和田忠士、古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜(パシフィコ横浜)
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] Novel regulatory mechanism for transcriptional initiation of ribosomal protein genes in S.cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: 笠原浩司、大山良文、古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜(パシフィコ横浜)
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] A novel high-throughput screening system to measure gene expression in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: 渡邉清、古久保哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第34回年会
  • 発表場所: 横浜(パシフィコ横浜)
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] 出芽酵母におけるTFIIDを介したGAL遺伝子群の脱抑制機構
  • 著者名/発表者名: 矢部 誠，大山 良文，高井 直樹，古久保 哲朗
  • 学会等名: 日本分子生物学会第36回年会
  • 発表場所: 神戸（ポートピアホテル）
• [学会発表] リボソーム構成因子の発現調節に関わる酵母Hmo1タンパク質のDNA 結合機構
  • 著者名/発表者名: 東野 綺子，雲財 悟，中山 理紗，土屋 奈穂，吉川 博文，古久保 哲朗，笠原 浩司
  • 学会等名: 日本分子生物学会第36回年会
  • 発表場所: 神戸（ポートピアホテル）
• [学会発表] 母性mRNAの3’非翻訳領域を標的としたアンチセンスモルフォリノオリゴによるpoly(A)鎖短小化機構の解析
  • 著者名/発表者名: 茂呂華奈子
  • 学会等名: 日本分子生物学会第35回年会
  • 発表場所: 福岡
• [図書] Essay; Mechanisms of Transcriptional Activation and Repression (p1210-1217). Definitions; Activation Domain Shielding (p4-6), ATAC (p49-50), Chromatin Helicase DNA binding (CHD) (p402-404), INO80 (p1033-1035), ISWI (p1058-1060), Mammalian HDAC (p1173-1174), PIC Disassembly (p1715), Set3C (p1932-1933), TAND (p2121-2122), Tra1p (p2218-2219) : Encyclopedia ofSystems Biology, W. Dubitzky, O. Wolkenhauer, K. H. Cho, H. Yokota (Eds.) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 出版者: Springer Science + Business Media LLC
• [図書] Essay; Transcription in Eukaryote (p2239-2245). Definitions; Cofactors (p436-437), Core Promoter Elements (p502-504), General Transcription Factors (p813-814), Mediator (p1217-1218), PIC Assembly Pathways (p1714-1715), RNA Polymerase I, II and III (p1862-1863), SAGA (p1890-1891), Type 3 Promoters (p2306-2307) : Encyclopedia of Systems Biology, W. Dubitzky, O. Wolkenhauer, K. H. Cho, H. Yokota (Eds.) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 出版者: Springer Science + Business Media LLC
• [図書] Essay; Transcription Initiation in Eukaryote (p2245-2251). Definitions; Immobilized Template Assay (p989-990), Phosphodiester Bond Formation (p1702-1703), Stalk of RNAPII (p1982-1984), TAF Paralogs (p2120-2121), TFIIA-Like Factor (ALF) (p2163), TRF1 (p2299-2300), TRF2 (p2300-2301), TRF3 (p2301-2302) : Encyclopedia ofSystems Biology, W. Dubitzky, O. Wolkenhauer, K. H. Cho, H. Yokota (Eds.) (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Kokubo
  • 出版者: Springer Science + Business Media LLC
• [備考]
  • URL: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/mcbl/index2.html