核マトリクス・ノンコーディングＲＮＡ複合体によるエピジェネティックな発現制御解析

• 研究課題/領域番号: 23370093
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 発生生物学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 中川 真一 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 准主任研究員 (50324679)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 19,760千円 (直接経費: 15,200千円、間接経費: 4,560千円); 2013年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円); 2012年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2011年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
• キーワード: 核マトリクス / hnRNP U / インプリンティング / アリル特異的発現 / ノンコーディングRNA / Xist / X染色体 / ゲノムインプリンティング / Airn / Kcnqlot1 / クロマチン免疫沈降 / クロスリンク免疫沈降

研究概要

ヒトやマウスのゲノムからは大量のタンパク質をコードしないノンコーディングRNAが転写されている。それらの多くは、クロマチン制御因子と複合体を形成し、エピジェネティックな遺伝子発現を制御しているのではないかと考えられている。本研究ではX染色体の不活性化を制御するノンコーディングRNAであるXistの染色体局在を制御する核マトリクスタンパク質、hnRNP Uに注目した機能解析を行い、hnRNP UがXist以外のノンコーディングRNAによるエピゲノム制御にも関わっていること、hnRNP Uをノックダウンした細胞では複数の相同染色体特異的な遺伝子発現が影響を受けることなどを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Nuclear lncRNAs as epigenetic regulators-beyond skepticism. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S., Kageyama, Y.
  • 雑誌名: Biochim. Biophys. Acta. 巻: 1839 号: 3 ページ: 215-222
  • DOI: 10.1016/j.bbagrm.2013.10.009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gathering around Firre (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S. and Hirano, T
  • 雑誌名: Nat. Struc.t Mol. Biol 巻: 21 号: 3 ページ: 207-208
  • DOI: 10.1038/nsmb.2782
  • 査読あり
• [雑誌論文] Malat1 is not an essential component of nuclear speckles in mice (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S., Ip, J. Y., Shioi, G., Tripathi, V., Zong, X., Hirose, T., and Prasanth, K. V
  • 雑誌名: RNA 巻: 18 号: 8 ページ: 1487-1499
  • DOI: 10.1261/rna.033217.112
  • 査読あり
• [雑誌論文] Paraspeckle nuclear bodies--useful uselessness? (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S. and Hirose, T
  • 雑誌名: Cell Mol. Life Sci 巻: 69 号: 18 ページ: 3027-3036
  • DOI: 10.1007/s00018-012-0973-x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternative 3'-end processing of long noncoding RNA initiates construction of nuclear paraspeckles (2012)
  • 著者名/発表者名: Naganuma, T., Nakagawa, S., Tanigawa, A., Sasaki, Y. F., Goshima, N., and Hirose, T
  • 雑誌名: EMBO J 巻: 31 号: 20 ページ: 4020-4034
  • DOI: 10.1038/emboj.2012.251
  • 査読あり
• [雑誌論文] Paraspeckles are subpopulation-specific nuclear bodies that are not essential in mice (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S., Naganuma, T., Shioi, G., and Hirose, T
  • 雑誌名: J. Cell Biol 巻: 193 号: 1 ページ: 31-39
  • DOI: 10.1083/jcb.201011110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Competition between a noncoding exon and introns : Gomafu contains tandem UACUAAC repeats and associates with splicing factor-1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsuiji, H., Yoshimoto, R., Hasegawa, Y., Furuno, M., Yoshida, M., and Nakagawa, S
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 16 号: 5 ページ: 479-490
  • DOI: 10.1111/j.1365-2443.2011.01502.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Long non-coding RNAs in nuclear bodies (2011)
  • 著者名/発表者名: Ip JY, Nakagawa S
  • 雑誌名: Dev Growth Differ 巻: 54 号: 1 ページ: 44-54
  • DOI: 10.1111/j.1440-169x.2011.01303.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] V. eXIST with matrix-associated proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S. and Prasanth, K
  • 雑誌名: Trends Cell Biol 巻: 21 号: 6 ページ: 321-327
  • DOI: 10.1016/j.tcb.2011.02.001
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revisiting the function of nuclear scaffold/matrix binding proteins in X chromosome inactivation (2011)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa Y, Nakagawa S
  • 雑誌名: RNA Biol 巻: 8 ページ: 735-9
  • 査読あり
• [学会発表] 長鎖非コードRNA の局在と機能に対する RNA 結合タンパク質 hnRNP U の役割 (2013)
  • 著者名/発表者名: 長谷川優子, 中川真一
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] Functional analysis of nuclear long noncoding RNAs (2013)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Nakagawa
  • 学会等名: Riboclub 2013, Cheribourg
  • 発表場所: Canada
  • 年月日: 2013-09-24
• [学会発表] レトロトランスポゾン SINE B1 と相同配列を持つ核内ノン コーディング RNA に よるグローバルな遺伝子発現制御 (2013)
  • 著者名/発表者名: 中 川 真 一
  • 学会等名: 日本遺伝学会ワークショップ 「転移因子と宿主の相互作用」
  • 発表場所: 慶応大学日吉キャンパス
  • 年月日: 2013-09-19
• [学会発表] Batch regulation of gene expression via nuclear noncoding RNA 4.5SH (2013)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Nakagawa
  • 学会等名: Lorne Genome Conference
  • 発表場所: Lorne, Australia
• [学会発表] Nuclear Noncoding RNA Neat1 Regulates Corpus Luteum Development in Aged Animals (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S
  • 学会等名: 22nd CDB meeting "RNA Sciences in Cell and Developmental Biology II"
  • 発表場所: Kobe, Japan
  • 年月日: 2012-06-12
• [学会発表] 核内ノンコーディング RNAが制御する生理現象 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中 川 真 一
  • 学会等名: 第4回日本RNAi研究会
  • 発表場所: 広島
• [学会発表] An Architectural Long Noncoding RNA NEA T1 Controls Corpus Luteum Formation in an Age-Dependent Manner (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S
  • 学会等名: Keystone Symposia "Non-Coding RNAs"
  • 発表場所: Snowbird, Utah USA
• [学会発表] 核内構造体パラスペックルの骨格ncRNAであるNEAT1を欠損するマウスは早期に不妊になる (2012)
  • 著者名/発表者名: 中川真一
  • 学会等名: 日本RNA学会
  • 発表場所: 東北大学百周年記念会館 川内萩ホール
• [学会発表] 核内長鎖ノンコーディングRNA と疾患との関連 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中川真一
  • 学会等名: 第9回RCGM フロンティアシンポジウム 「遺伝子発現制御と RNA-基礎と臨床を つなぐ分子」
  • 発表場所: 埼玉医科大学
  • 年月日: 2011-11-03
• [学会発表] Nonessentials for nothing? Nuclear bodies paraspeckles are not essential for animal's life (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, S
  • 学会等名: 第63回日本細胞生物学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2011-06-29
• [学会発表] 長鎖非コードRNAの局在と機能に対するRNA結合タンパク質hnRNP Uの役割
  • 著者名/発表者名: 長谷川 優子
  • 学会等名: 第36回 日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(神戸）
  • 招待講演
• [備考] 中川真一,石田賢太郎「mRNA 非翻訳領域のレトロトランスポゾン挿入配列による転写後遺伝子発現制御- 潜在的な遺伝的変異の蓄積と表現型としての多様性の急激な解放」 実験医学増刊号, 31(7) 115-121 (2013)
• [備考] 中川真一「転移因子・ウイルスと宿主のせめぎ合いによりもたらされるゲノム進化」実験医学増刊号, 31 (7), 83-90 (2013)
• [備考] 中川真一 核内構造体に活躍の場を求めたノンコーディング RNA たち 細胞工学, 734-739 (2011)
• [備考] 中川真一, 影山裕二 長鎖 ncRNA 研究のはじまりの終わり実験医学, 29 (11),1702-1707 (2011)
• [備考]
  • URL: http://www.riken.jp/research/labs/associate/rna_biol/