ハプロタイプ構造解析法による小型哺乳類の浸透交雑の解析

• 研究課題/領域番号: 23570101
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 鈴木 仁 北海道大学, 地球環境科学研究科(研究院), 准教授 (40179239)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2012年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2011年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: 二次的接触 / ハプロタイプ構造解析 / 毛色関連遺伝子 / 系統地理 / 浸透交雑 / 小型哺乳類 / クマネズミ / クロテン / 組換え / Asip / ミトコンドリアDNA / 連鎖不平衡 / コウベモグラ / 野生ハツカネズミ / 遺伝子汚染 / 自然選択 / 塩基多様度

研究概要

本研究は、小型哺乳類においては頻繁に観察される異なる地域系統間の二次的接触について、組換現象に直目し、その時空間動態を把握するための手法の開発をめざした。特定の染色体領域で一定の間隔でマーカーを設置し、10 kb、200　kb、1 Mb、5 Mbの長さで対象領域をセットした。例えば200 kbの場合は20-30　kb間隔で計8 個のマーカーをセットした。この異なる長さのハプロタイプ解析において、組換えサイトの間隔を推定した。これにより、数千年から数百年といった異なる時間スケールに応じて二次的接触のイベントの状況把握ができることが示された。

研究成果

• [雑誌論文] Effects of founding events on the coat colour polymorphism of Apodemus speciosus on the Izu Islands (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomozawa T, Nunome M, Suzuki H, Ono H
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular phylogeny of East and Southeast Asian fossorial moles (Lipotyphla, Talpidae) (2014)
  • 著者名/発表者名: Shinohara A, Kawada S-I, Son NT, Koshimoto C, Endo H, Can DN, Suzuki H
  • 雑誌名: Journal of Mammalogy 巻: 95 (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A distinct genetic characteristics of Sri Lankan Rattus and Bandicota (Murinae, Rodentia) inferred from mitochondrial and nuclear markers (2014)
  • 著者名/発表者名: Yasuda SP, Gamage CD, Koizumi N, Nishio S, Isozumi R, Shimizu K, Koma T, Amada T, Suzuki H, Yoshimatsu K, Arikawa
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: (in press)
  • NAID: 130004687232
  • 査読あり
• [雑誌論文] Lack of association between winter coat colour and genetic population structure in the Japanese hare, Lepus brachyurus (Lagomorpha : Leporidae) (2014)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Nunome, Gohta Kinoshita, Morihiko Tomozawa, Harumi Torii, Rikyu Matsuki, Fumio Yamada, Yoichi Matsuda, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: 111 号: 4 ページ: 461-776
  • DOI: 10.1111/bij.12245
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Genetic Evidence for the Place of Origin of the Pacific Rat, Rattus exulans.. (2014)
  • 著者名/発表者名: Vicki Thomson, Ken P Aplin, Alan Cooper, Susan Hisheh, Hitoshi Suzuki, Ibnu Maryanto, Grace Yap, Stephen C Donnellan
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 号: 3 ページ: 1-12
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0091356
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Lack of association between winter coat colour and genetic population structure in the Japanese hare, Lepus brachyurus (Lagomorpha: Leporidae). (2014)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Nunome, Gohta Kinoshita, Morihiko Tomozawa, Harumi Torii, Rikyu Matsuki, Fumio Yamada, Yoichi Matsuda, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: 111 号: 4 ページ: 461-776
  • DOI: 10.5635/ased.2013.29.4.267
  • 査読あり
• [雑誌論文] <i>Mc1r</i>変異に基づくクマネズミ外来系統の日本列島における移入と浸透交雑の把握 (2013)
  • 著者名/発表者名: 神戸嘉一, 鈴木莊介, 矢部辰男, 中田勝士, 前園泰徳, 阿部愼太郎, 石田健, 谷川力, 橋本琢磨, 武田美加子, 土屋公幸, 吉松組子, 鈴木仁
  • 雑誌名: 哺乳類科学 巻: 53 号: 2 ページ: 289-299
  • DOI: 10.11238/mammalianscience.53.289
  • NAID: 130003393448
  • ISSN: 0385-437X, 1881-526X
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary and dispersal history of Eurasian house mice Mus musculus clarified by more extensive geographic sampling of mitochondrial DNA.. (2013)
  • 著者名/発表者名: H Suzuki, M Nunome, G Kinoshita, K P Aplin, P Vogel, A P Kryukov, M-L Jin, S-H Han, I Maryanto, K Tsuchiya, H Ikeda, T Shiroishi, H Yonekawa, K Moriwaki
  • 雑誌名: Heredity 巻: 111 号: 5 ページ: 375-390
  • DOI: 10.1038/hdy.2013.60
  • NAID: 120005427739
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spatial and temporal aspects of occurrence of species in the Japanese Islands inferred from mitochondrial and nuclear gene sequences. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kirihara T,Shinohara A, Tsuchiya K, Harada M, Kryukov AP, Suzuki H
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 30 号: 4 ページ: 267-281
  • DOI: 10.2108/zsj.30.267
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary history of the sable (Martes zibellina brachyura) on Hokkaido inferred from mitochondrial Cytb and nuclear Mc1r and Tcf25 gene sequences. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kotaro Ishida, Jun J. Sato, Gohta Kinoshita, Tetsuji Hosoda, Alexey P. Kryukov, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Acta theriologica 巻: 58 号: 1 ページ: 13-24
  • DOI: 10.1007/s13364-012-0103-z
  • NAID: 120005358928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary and phylogeographic views on <i>Mc1r</i> and <i>Asip</i> variation in mammals (2013)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 88 号: 3 ページ: 155-164
  • DOI: 10.1266/ggs.88.155
  • NAID: 10031194255
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeographic History of the Mountain Hare (Lepus timidus) in and around Hokkaido, Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita G, Mitsuo Nunome M, Han S-H, Hirakawa H, Suzuki H
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 29 号: 11 ページ: 776-785
  • DOI: 10.2108/zsj.29.776
  • 査読あり
• [雑誌論文] 組換現象に着目した集団ハプロタイプ構造解析法ー分かれと出会いの系統地理学ー (2012)
  • 著者名/発表者名: 桑山崇, 布目三夫, 鈴木仁
  • 雑誌名: タクサ 巻: 32(ISSN 13422367) ページ: 7-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative phylogeography of two crow species: Jungle Crow Corvus macrorhynchos and Carrion Crow Corvus corone. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kryukov A., Spiridonova L., Nakamura S., Elisabeth Haring E, Suzuki H
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 29 号: 8 ページ: 484-492
  • DOI: 10.2108/zsj.29.484
  • NAID: 40019360681
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary and biogeographic history of weasel-like carnivorans (Musteloidea). (2012)
  • 著者名/発表者名: Sato JJ, Wolsan M, Prevosti F, D'Elia G, Begg C, Begg K, Hosoda T, Campbell K, Suzuki H
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: 63 号: 3 ページ: 745-757
  • DOI: 10.1016/j.ympev.2012.02.025
  • NAID: 120005946614
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spatial framework of nine distinct local populations of the Japanese dormouse Glirulus japonicus based on matrilineal cytochrome b and patrilineal SRY gene sequences. (2012)
  • 著者名/発表者名: Yasuda, S, Iwabuchi, M, Aiba, H, Minato, S, Mitsuishi, K,Tsuchiya, K, Suzuki H.
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 29 号: 2 ページ: 111-120
  • DOI: 10.2108/zsj.29.111
  • NAID: 40019149517
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic characterization of Okinawan black rats showing coat color polymorphisms of white spotting and melanism (2012)
  • 著者名/発表者名: Kambe Y, Nakata K, Yasuda SP, Suzuki H
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 87 号: 1 ページ: 29-38
  • DOI: 10.1266/ggs.87.29
  • NAID: 10030616171
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic characterization of Okinawan black rats showing coat color polymorphisms of white spotting and melanism. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kambe,Y, Nakata, K., Yasuda, S.P. and Suzuki H.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 87 ページ: 29-38
  • NAID: 10030616171
  • 査読あり
• [雑誌論文] Origin of agouti-melanistic polymorphism in Wild Black Rats (Rattus rattus) inferred from Mc1r gene sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Kambe, Tsutomu Tanikawa, Yasuharu Matsumoto, Morihiko Tomozawa, Ken P Aplin, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: ZOOLOGICAL SCIENCE 巻: 28(8) 号: 8 ページ: 560-567
  • DOI: 10.2108/zsj.28.560
  • NAID: 40018937059
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenetic history of mustelid fauna in Taiwan inferred from mitochondrial genetic loci (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Hosoda, J.J. Sato, L.-K. Lin, Y.-J. Chen, M. Harada, H. Suzuki
  • 雑誌名: Canadian Journal of Zoology 巻: 89(6) 号: 6 ページ: 559-569
  • DOI: 10.1139/z11-029
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple geographic origins of commensalism and complex dispersal history of Black Rats. (2011)
  • 著者名/発表者名: Aplin, K.P., Suzuki, H., Chinen, A.A., Chesser, R.T., ten Have, J., Donnellan, S.C., et al.,
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6 号: 11 ページ: e26357-e26357
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0026357
  • 査読あり
• [雑誌論文] 組換現象に着目した集団ハプロタイプ構造解析法ー分かれと出会いの系統地理学ー (2011)
  • 著者名/発表者名: 桑山崇・布目三夫・鈴木仁
  • 雑誌名: タクサ 巻: 32 ページ: 7-12
• [学会発表] ヒトが関わるハツカネズミの東アジアにおける分散 (2013)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本変異原学会第85回大会 望月喜多司記念シンポジウム変異と進化を考える:我々はどこから来たのか、どこへ行くのか
  • 発表場所: 岡山コンベンションセンター(岡山市)
  • 年月日: 2013-11-29
  • 招待講演
• [学会発表] Asip遺伝子の変異に基づく沖縄産クマネズミの系統地理学的位置づけ (2013)
  • 著者名/発表者名: 笹森翔一, 中田勝士, 鈴木仁
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学(岡山市)
  • 年月日: 2013-09-06
• [学会発表] クマネズミ類における環境適応に関連する遺伝子の進化的動態 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高梨脩, 土屋公幸, Ken Aplin, 鈴木仁
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学(岡山市)
  • 年月日: 2013-09-06
• [学会発表] ミャンマー産ネズミ亜科4種の分子系統学的把握 (2013)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁, Saw Bown, 片倉賢
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学(岡山市)
  • 年月日: 2013-09-06
• [学会発表] Origin of coat color variation in the black rats in the Japanese Islands (2012)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Suzuki, Shoichi Sasamori, Daisuke Nomi, Katsushi Nakata
  • 学会等名: Second International Sympogium on East Asian Vertebrate Species
  • 発表場所: 京都大学(京都市)
  • 年月日: 2012-09-28
• [学会発表] 小笠原諸島弟島産クマネズミの毛色とMc1r遺伝子の変異 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁, 笹森翔一, 桐原崇, 橋本琢磨
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2012年度大会
  • 発表場所: 麻布大学(相模原市)
  • 年月日: 2012-09-21
• [学会発表] 沖縄産全身黒色性クマネズミにおけるAgouti Signaling Protein遺伝子(Asip)変異の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 笹森翔一, 中田勝士, 鈴木仁
  • 学会等名: 第83回日本動物学会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪市)
  • 年月日: 2012-09-13
• [学会発表] 北海道産クロテン(Martes zibellina brachyura)の毛色多型に関する責任遺伝子の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小川耕平,細田徹治,佐藤淳,木下豪太,安生浩太,鈴木仁
  • 学会等名: 第83回日本動物学会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪市)
  • 年月日: 2012-09-13
• [学会発表] Phylogeographic History of the Mountain Hare (Lepus timidus) in and around Hokkaido, Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Gohta Kinoshita, Mitsuo Nunome, Alexey Kryukov, San-Hoon Han, Hitoshi Suzuki
  • 学会等名: Second international sympogium on east asian vertebrate species diversity
  • 発表場所: 京都大学（京都市）
• [学会発表] 核DNAおよびミトコンドリアDNAの浸透性交雑を伴った北東アジア産ノウサギ属の進化史 (2012)
  • 著者名/発表者名: 木下豪太・布目三夫・Alexey Kryukov・Sang-Hoon Han・鈴木仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2012年度大会
  • 発表場所: 麻布大学（相模原市）
• [学会発表] 小笠原諸島弟島産クマネズミの毛色とMc1r遺伝子の変異 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁・鈴木仁・笹森翔一・桐原崇・橋本琢磨
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2012年度大会
  • 発表場所: 麻布大学（相模原市）
• [学会発表] 北海道産ヒメネズミの起源に関する系統地理学的考察 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木祐太郎・友澤森彦。小泉有希・土屋公幸・鈴木 仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2012年度大会
  • 発表場所: 麻布大学（相模原市）
• [学会発表] 日本産コウベモグラの地域系統群の境界線と遺伝的・形態的分化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 三賀森敬亮・原田正史・桐原 崇・篠原明男・土屋公幸・鈴木 仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2012年度大会
  • 発表場所: 麻布大学（相模原市）
• [学会発表] 北海道産クロテン（ Martes zibellina brachyura ）の毛色多型に関する責任遺伝子の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小川耕平・細田徹治・佐藤淳・木下豪太・安生浩太・鈴木仁
  • 学会等名: 第８３回日本動物学会
  • 発表場所: 大阪大学（大阪市）
• [学会発表] 沖縄産全身黒色性クマネズミにおけるAgouti Signaling Protein遺伝子(Asip)変異の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 笹森翔一・中田勝士・鈴木仁
  • 学会等名: 第８３回日本動物学会
  • 発表場所: 大阪大学（大阪市）
• [学会発表] ニホンテン紀伊集団における毛色関連遺伝子ASIPの遺伝的分化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 安生浩太, 佐藤淳, 細田徹治, 木下豪太, 鈴木仁
  • 学会等名: 第82回日本動物学会
  • 発表場所: 大雪アリーナ(旭川市)
  • 年月日: 2011-09-22
• [学会発表] 機能遺伝子周辺ハプロタイプ構造解析法による浸透交雑と自然選択の検出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 第82回日本動物学会
  • 発表場所: 大雪アリーナ(旭川市)
  • 年月日: 2011-09-21
• [学会発表] 沖縄島北部地域で捕獲された全身黒色型クマネズミの系統学的背景 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁, 乃美大祐, 神戸嘉一, 安田俊平, 中田勝士
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2011年度大会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル(宮崎)
  • 年月日: 2011-09-09
• [学会発表] 機能遺伝子周辺ハプロタイプ構造解析法による浸透交雑と自然選択の検出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 第82回日本動物学会
  • 発表場所: 大雪クリスタルホール（旭川市）
• [学会発表] 沖縄島北部地域で捕獲された全身黒色型クマネズミの系統学的背景 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁・乃美大祐・神戸嘉一・安田俊平・中田勝士
  • 学会等名: 日本哺乳類学会2011 年度大会
  • 発表場所: 宮崎市民プラザ（宮崎市）
• [学会発表] マウスのシステマティクスと地理的展開 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 第５８回日本実験動物学会(招待講演)
  • 発表場所: タワーホール船堀（東京都）
• [学会発表] 野生ハツカネズミの毛色関連遺伝子Mc1r 周辺領域の塩基多様度の減少 (2011)
  • 著者名/発表者名: 児玉紗也香・布目三夫・森脇和郎・鈴木仁
  • 学会等名: 第83回日本遺伝学会(招待講演)
  • 発表場所: 京都大学（京都市）
• [学会発表] 北海道における野生ハツカネズミのハプロタイプ構造解析に基づく浸透性交雑の検出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 桑山崇・布目三夫・森脇和郎・鈴木仁
  • 学会等名: 第83回日本遺伝学会
  • 発表場所: 京都大学（京都市）
• [学会発表] クマネズミ類における環境適応に関連する遺伝子の進化的動態
  • 著者名/発表者名: 高梨脩
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学（岡山市）
• [学会発表] Asip遺伝子の変異に基づく沖縄産クマネズミの系統地理学的位置づけ
  • 著者名/発表者名: 笹森翔一
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学（岡山市）
• [学会発表] 第四紀の環境変動に伴ったクロテンの集団史と北海道を中心とした島嶼での多様性創出
  • 著者名/発表者名: 木下豪太
  • 学会等名: 第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
  • 発表場所: 岡山理科大学（岡山市）
• [学会発表] 北海道産ヒメネズミの集団史とミトコンドリアDNAの分子進化速度
  • 著者名/発表者名: 鈴木祐太郎
  • 学会等名: 日本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 慶応義塾大学（横浜市）
• [図書] ネズミ類の放散と日本列島（分担執筆）「進化 生命のたどる道」 カール・ジマー著 長谷川真理子日本語版監修 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 総ページ数: 417
  • 出版者: 岩波書店
• [図書] 日本の哺乳類 (分担執筆）「進化学事典」 日本本進化学会10周年記念発行物編集委員会編集 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 総ページ数: 975
  • 出版者: 共立出版