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天然変性蛋白質の多分子認識機構の熱力学

研究課題

研究課題/領域番号 23570193
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関神戸大学

研究代表者

浜田 大三  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 非常勤講師 (60372132)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード天然変性蛋白質 / 分子認識 / フォールディング / 構造転移 / 腸管出血性大腸菌 / 円二色性 / 蛍光偏光解消 / X線小角散乱 / 揺らぎ / プレモルテングロビュール / 構造選択 / トリプトファン蛍光 / 両親媒性αへリックス / 円偏光二色性 / モルテン・グロビュール / 中間状態
研究概要

生合成される蛋白質は、そのアミノ酸配列に特有の立体構造を形成し機能を獲得する。一方、ゲノム上には、それ単独では、特異的な立体構造を形成しない「天然変性蛋白質」が多く存在する。天然変性蛋白質は、特定のリガンドと結合し、特異的な構造を形成することで機能を獲得する。
本研究では、腸管出血性大腸菌O157の天然変性型病原因子であるEspBによるリガンド結合の物理化学的メカニズムを調べた。その結果、EspBによるαカテニンの分子認識反応が、EspBの41~70番目のアミノ酸領域で作られる不安定なαへリックス構造を介して進行する「構造選択的結合機構」により説明されることが明らかになった。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (31件) (うち招待講演 6件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structural Basis of α-Catenin Recognition by EspB from Enterohaemorrhagic E. coli Based on Hybrid Strategy Using Low-Resolution Structural and Protein Dissection2013

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhide Hamaguchi
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8 号: 8 ページ: 71618-71618

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0071618

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dissection of IZUMO1, a sperm protein essential for sperm-egg fusion2013

    • 著者名/発表者名
      Inoue N, Hamada D, Kamikubo H, Hirata K, Kataoka M, Yamamoto M, Ikawa M, Okabe M, Hagihara Y
    • 雑誌名

      Development

      巻: 140(15) 号: 15 ページ: 3221-3229

    • DOI

      10.1242/dev.094854

    • NAID

      120006957398

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MIT domain of Vps4 is a Ca^<2+>-dependent phosphoinositide-binding domain2013

    • 著者名/発表者名
      Naoko Iwaya, Hirotoshi Takasu, Natsuko Goda, Masahiro Shirakawa, Toshiki Tanaka, Daizo Hamada, Hidekazu Hiroaki
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 153巻 号: 5 ページ: 473-481

    • DOI

      10.1093/jb/mvt012

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Binding of islet amyloid polypeptide to supported lipid bilayers and amyloid aggregation at the membranes2012

    • 著者名/発表者名
      Sasahara K, Morigaki K, Okazaki T, Hamada D.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 35 ページ: 6908-6919

    • DOI

      10.1021/bi300542g

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of Ca^<2+> on microtubule severing enzyme katanin p60 ; insight into the substrate dependent activation mechanism2012

    • 著者名/発表者名
      N.Iwaya, et al
    • 雑誌名

      FEBS J.

      巻: 279 号: 7 ページ: 1339-1352

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2012.08528.x

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 免疫グロブリン軽鎖可変ドメインの構造揺らぎと分子病態2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      第三回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム
    • 発表場所
      岐阜大学
    • 年月日
      2014-03-18
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症の分子病態学-構造揺らぎの伝播と不安定化2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三.
    • 学会等名
      立命館大学R-GIRO研究プログラム「蛋白質のフォールディングおよびフォールディング病発症機構の解明のための統合研究」セミナー
    • 発表場所
      立命館大学草津キャンパス
    • 年月日
      2014-03-14
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質構造決定~各手法の強み・留意点2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      文部科学省「地域イノベーション戦略支援プログラム」関西ライフイノベーション戦略プロジェクト「先進技術活用力養成講座(第一回)構造ベース創薬セミナー」
    • 発表場所
      計算科学振興財団
    • 年月日
      2014-03-07
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症における分子病態学2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      名古屋大学大学院創薬化学研究科(共催理学研究科附属構造生物学研究センター)創薬科学セミナー
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2014-01-30
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症における分子病態学2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      名古屋大学大学院創薬化学研究科(共催 理学研究科附属構造生物学研究センター)創薬科学セミナー
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質構造決定 ~各手法の強み・留意点2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      文部科学省「地域イノベーション戦略支援プログラム」関西ライフイノベーション戦略プロジェクト「先進技術活用力養成講座(第一回) 構造ベース創薬セミナー」
    • 発表場所
      計算科学振興財団
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症の分子病態学‐構造揺らぎの伝播と不安定化2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      立命館大学 R-GIRO研究プログラム「蛋白質のフォールディングおよびフォールディング病発症機構の解明のための統合研究」セミナー
    • 発表場所
      立命館大学草津キャンパス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 免疫グロブリン軽鎖可変ドメインの構造揺らぎと分子病態2014

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      第3回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム
    • 発表場所
      岐阜大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward understanding the mechanism of cytotoxicity of amyloidogenic variable domain of immunoglobulin light chains2013

    • 著者名/発表者名
      Hamada D.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 年月日
      2013-10-30
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 腸管出血性大腸菌による中毒発生のメカニズム‐構造生物学的・生化学的アプローチ‐2013

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      第35回日本中毒学会総会・学術集会(特別講演)
    • 発表場所
      大阪国際交流センター
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Trp走査及びタンパク質切断による腸管出血性大腸菌因子EspBの標的結合部位の同定2013

    • 著者名/発表者名
      縄田万里奈, 上久保裕生, 片岡幹雄, 浜田大三
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 免疫グロブリン軽鎖のアミロイド線維形成とフォールディング中間状態の関係2013

    • 著者名/発表者名
      堤浩祟, 小林祐大, 浜田大三
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] タイトジャンクション抑制分解因子LNX1の構造に基いた創薬2013

    • 著者名/発表者名
      中倉由香子, 天野剛志, 合田名都子, 秋吉由佳里, 鈴木守, 浜田大三, 古瀬幹夫, 廣明秀一
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 免疫グロブリン軽鎖のアミロイド線維形成とフォールディング中間体の関係2013

    • 著者名/発表者名
      堤浩祟、小林祐大、浜田大三
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 腸管出血性大腸菌による中毒発生メカニズム‐構造生物学的・生化学的アプローチ2013

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      第35回日本中毒学会総会・学術集会
    • 発表場所
      大阪国際交流センター
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward understanding the mechanism of cytotoxicity of amyloidogenic variable domain of immunoglobulin light chains2013

    • 著者名/発表者名
      Daizo Hamada
    • 学会等名
      第51回 日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Identification ofα-catenin binding site in promolten globule type intrinsically disordered protein, EspB from enteroharmorrhagic E. coli2012

    • 著者名/発表者名
      Nawata M, Kamikubo H, Kataoka M, Hamada D.
    • 学会等名
      新学術領域研究揺らぎと生体機能第6回公開シンポジウム
    • 発表場所
      京都テルサ
    • 年月日
      2012-12-05
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 内分泌攪乱物質によるプロテインジスルフィドイソメラーゼの構造変化2012

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹, 橋本翔子, 縄田万里奈, 油谷克英, 引間孝明, 浜田大三, 日高雄二, 伊藤廉, 志波公平, 今岡進, 山口宏
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 微小管切断酵素p60-kataninに対するCa^<2+>の効果2012

    • 著者名/発表者名
      岩谷奈央子, 合田名都子, 天野剛志, 藤原芳江, 浜田大三, 伊倉貞吉, 白川昌宏, 廣明秀一
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Conformational properties of intrinsically less-ordered EspB effector from Enterohaemorrhagic Esherichia coli2012

    • 著者名/発表者名
      Hamada D, Hagihara Y, Kamikubo H, Kataoka M.
    • 学会等名
      The 5th international symposium on "Molecular Science of Fluctuations tward Biological Functions"
    • 発表場所
      東大寺文化センター
    • 年月日
      2012-01-08
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 微小管切断酵素p60-katanin に対するCa2+ の効果2012

    • 著者名/発表者名
      岩谷奈央子、合田名都子、天野剛志、 藤原芳江、浜田 大三、伊倉貞吉、 白川昌宏、廣明秀一
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 内分泌撹乱物質によるプロテインジスルフィドイソメラーゼの構造変化2012

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、橋本翔子、縄田万理奈、 油谷克英、引間孝明、浜田大三、 日高雄二、伊藤廉、志波公平、今岡進、 山口宏
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質の可溶性細胞外領域sAPPαのpH 依存的構造変化2012

    • 著者名/発表者名
      金村進吾、奥村正樹、油谷克英、 浜田大三、引間孝明、伊藤廉、 前川拓摩、熊坂崇、新延道夫、 山口宏、日高雄二
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Identification of alpha-catenin binding site in premolten globule type intrinsically disordered protein, EspB from enterohaemorrhagic E. coli2012

    • 著者名/発表者名
      Marina Nawata, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Daizo Hamada
    • 学会等名
      新学術領域研究 揺らぎと生体機能 第6回公開シンポジウム
    • 発表場所
      京都テルサ
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 高次蛋白質複合体における分子内構造揺らぎの役割2011

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      難治性疾患・統合創薬プロジェクト第8回セミナー
    • 発表場所
      立命館大学草津キャンパス
    • 年月日
      2011-11-28
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子内ダイナミクスがもたらす、高次分子間相互作用の制御2011

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      日本物理学会2011年秋季大会
    • 発表場所
      富山大学五福キャンパス
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 細胞間接着の制御に関わるLNX1の構造・機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      秋吉由佳里, 合田名都子, 成田宏隆, 鈴木守, 天野剛志, 浜田大三, 藤原芳江, 中川敦史, 古瀬幹夫, 廣明秀一
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク
    • 年月日
      2011-06-09
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 細胞間接着の制御に関わるLNX1の構造・機能解析

    • 著者名/発表者名
      秋吉由佳里、合田名都子、成田宏隆、鈴木守、天野剛志、浜田大三、藤原芳江、中川敦史、古瀬幹夫、廣明秀一
    • 学会等名
      第11回 日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子内ダイナミクスがもたらす、高次分子間相互作用の制御

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      日本物理学会 2011年秋期大会
    • 発表場所
      富山大学五福キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Conformational properties of intrinsically less-ordered EspB effector from Enterohaemorrhagic Eschericia coli

    • 著者名/発表者名
      Daizo Hamada, Yoshihisa Hagihara, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka
    • 学会等名
      The 5th international symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • 発表場所
      東大寺文化センター
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] 高次蛋白質複合体形成における分子内構造揺らぎの役割

    • 著者名/発表者名
      浜田大三
    • 学会等名
      難治性疾患・統合創薬プロジェクト 第8回セミナー(招待講演)
    • 発表場所
      立命館大学草津キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [図書] Probing dynamic fibril-formation by an integrated microscopic approach (Current Microscopy Contributions to Advances in Science and Technology)2013

    • 著者名/発表者名
      Hamada D. 他
    • 出版者
      Formatex
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] "Probing dynamic fibril-formation by an integrated microscopic approach" In Current Microscopy Contributions to Advances in Science and Technology2013

    • 著者名/発表者名
      Cao, Y., Hamada, D., Kong, Y., Cao, P., Guo, J and Chen, J.
    • 出版者
      Formatex
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] [医学研究科] 腸管出血性大腸菌O157の病原タンパク質のフレキシブルな構造の詳細を解明

    • URL

      http://www.kobe-u.ac.jp/topics/top/t2013_09_10_02.html

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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