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PASドメインタンパク質の相互作用多様化機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 23570194
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)

連携研究者 上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科 学研究科, 准教授 (20311128)
研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード光生物学 / 情報伝達 / タンパク質間相互作用 / 光受容
研究概要

構造の類似した相同なタンパク質の一群が、生体中で多様な機能を実現している分子基盤の解明をめざし、PASドメインタンパク質の中で機能の異なる、2つPYP分子をモデルにして、その機能の違いを生む分子機構を検証した。その結果、①未解明であった、PYP分子の相互作用タンパク質の溶液中での構造を決定した。さらに、相互作用時の複合体構造の溶液構造の決定も行った。複合体は、溶液中で特徴的な環状ヘテロ八量体を形成していた。②相互作用に関わるPYP上の残基を同定して、相互作用という機能の多様化を生み出す部位を決定した。さらに、③結晶構造解析を行い、この結合部位の周辺が相互作用時に構造変化を示す可能性を見出した。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (23件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Mapping of the local environmental changes in proteins by cysteine scanning2014

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Yamazaki, Tomoko Nagata, Akihisa Terakita, Hideki Kandori, Yoshinori Shichida, Yasushi Imamoto.
    • 雑誌名

      Biophysics

      巻: 10 ページ: 1-7

    • NAID

      130003392785

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin2014

    • 著者名/発表者名
      D. Novitasari, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 雑誌名

      Advanced Materials Research

      巻: 896 ページ: 85-88

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Shimada, H. Kamikubo, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都市
    • 年月日
      2013-10-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都市
    • 年月日
      2013-10-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都市
    • 年月日
      2013-10-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumarin2013

    • 著者名/発表者名
      D. Novitasari, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      The International Conference on Advanced Materials Science and Technology
    • 発表場所
      Yogyakarta, Indonesia
    • 年月日
      2013-09-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Shimada, H. Kamikubo, M. Kataoka
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都、国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都、国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都、国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumari2013

    • 著者名/発表者名
      D. Novitasari, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      The International Conference on Advanced Materials Science and Technology,
    • 発表場所
      Yogyakarta, Indonesia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] The role of hydrogen bonding network around the chromophore for the interaction of Rc-PYP2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Shimada, H. Kamikubo, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus with chimeric proteins2012

    • 著者名/発表者名
      M. Shimada, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Effect of N-terminal region to the structure formation of PYP2012

    • 著者名/発表者名
      M. Sakonji, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Roles of hydrogen bonds around chromophore in Photoactive Yellow Protein studied by OH-deficient cinnamic acid2012

    • 著者名/発表者名
      M. Narumi, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, H. Kamikubo, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Solution structure of the complex states of Rhodobacter capsulatus PYP with its binding protein2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Hayashi, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      姫路市
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The Role of N-terminal Region for Photoreaction of Various Photoactive Yellow Proteins2011

    • 著者名/発表者名
      R. Odani, Y. Yamazaki, K. Matsumoto, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      姫路市
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Development of Light dependent protein activity control system by use of interaction of the Rc-PYP2011

    • 著者名/発表者名
      S. Setoguchi, H. Kubo, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      姫路市
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] pH effects on the spectral species and the photoreaction in the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus.2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Sakoguchi, H. Kamikubo and M. Kataoka
    • 学会等名
      The 5th Asia and Oceania Conference on Photobiology
    • 発表場所
      奈良新公会堂
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Solution structure of the complex states of Rhodobacter capsulatus PYP with its binding protein2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Hayashi, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] The Role of N-terminal Region for Photoreaction of Various Photoactive Yellow Proteins2011

    • 著者名/発表者名
      R. Odani, Y. Yamazaki, K. Matsumoto, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of Light dependent protein activity control system by use of interaction of the Rc-PYP2011

    • 著者名/発表者名
      S. Setoguchi, H. Kubo, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] The role of hydrogen bonding network around the chromophore for the interaction of Rc-PYP

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamazaki, M. Shimada, H. Kamikubo, M. Kataoka
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus with chimeric proteins

    • 著者名/発表者名
      M. Shimada, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Effect of N-terminal region to the structure formation of PYP

    • 著者名/発表者名
      M. Sakonji, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Roles of hydrogen bonds around chromophore in Photoactive Yellow Protein studied by OH-deficient cinnamic acid

    • 著者名/発表者名
      M. Narumi, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, H. Kamikubo, M. Kataoka
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      http://mswebs.naist.jp/LABs/kataoka/index.html

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://mswebs.naist.jp/LABs/kataoka/

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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