マイクロＲＮＡと転写因子による協調的制御の分子進化

• 研究課題/領域番号: 23570273
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 香川大学
• 研究代表者: 岩間 久和 香川大学, 総合生命科学研究センター, 准教授 (20398035)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
• キーワード: マイクロＲＮＡ / 転写因子 / 協調的遺伝子制御 / cis-element / 遺伝子進化 / マイクロRNA / 協調的制御 / ターゲット遺伝子 / 遺伝子制御網 / 行列 / 遺伝子の生成死滅過程 / ゲノムアライメント / HITS-CLIP / PAR-CLIP

研究概要

ヒト・マイクロRNAの生起の時期をゲノムのシンテニー情報に依拠して同定する方法を開発した。この方法により、1433のヒト・マイクロRNAそれぞれの生起時期を43種のゲノムDNAの比較により推定した。この推定結果に基づき、マイクロRNAの生起の時期と有意に関連する限定された転写因子遺伝子の機能を明らかにした。また、新規マイクロRNAの生起速度は、哺乳類進化の初期とヒト上科進化初期にピークを持つことを明らかにし、この時期がヒト・トランスクリトームに影響した可能性示した。

研究成果

• [雑誌論文] ヒト・マイクロRNA遺伝子ファミリーの進化と起源推定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和
  • 雑誌名: 生体の科学 巻: 65(1) ページ: 80-90
  • NAID: 40019980710
• [雑誌論文] Human microRNAs originated from two periods at accelerated rates in mammalian evolution (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H, Kato K, Imachi H, Murao K, Masaki T
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: Vol.30(1) ページ: 613-626
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coordinated networks of microRNAs and transcription factors with evolutionary perspectives (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H
  • 雑誌名: Adv Exp Med Biol 巻: Vol.774 ページ: 169-187
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional double-autorepression feedforward circuits act for multicellularity and nervous system development (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H, Murao K, Imachi H, Ishida T
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: Vol.11(12) ページ: 228-228
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human microRNAs originated from two periods at accelerated rates in mammalian evolution (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H, Kato K, Imachi H, Murao K, Masaki T
  • 雑誌名: Mol Biol Evol 巻: 30(3) 号: 3 ページ: 613-26
  • DOI: 10.1093/molbev/mss262
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coordinated Networks of microRNAs and Transcription Factors with Evolutionary Perspectives. (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H.
  • 雑誌名: Adv Exp Med Biol. 巻: 774 ページ: 169-187
  • DOI: 10.1007/978-94-007-5590-1_10
  • ISBN: 9789400755895, 9789400755901
  • 査読あり
• [雑誌論文] Antitumor effect of metformin in esophageal cancer: In vitro study (2013)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi M, Kato K, Iwama H, Fujihara S, Nishiyama N, Mimura S, Toyota Y, Nomura T, Nomura K, Tani J, Miyoshi Hi, Kobara H, Mori H, Murao K, Masaki T
  • 雑誌名: Int J Oncol 巻: 42(2) 号: 2 ページ: 517-24
  • DOI: 10.3892/ijo.2012.1722
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of protein-destabilizing polymorphisms by manual curation with protein structure. (2012)
  • 著者名/発表者名: Gough CA, Homma K, Yamaguchi-Kabata Y, Shimada MK, Chakraborty R, Fujii Y, Iwama H, Minoshima S, Sakamoto S, Sato Y, Suzuki Y, Tada-Umezaki M, Nishikawa K, Imanishi T, Gojobori T.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7 号: 11 ページ: e50445-e50445
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0050445
  • 査読あり
• [学会発表] 哺乳類進化過程でのヒト・マイクロRNA生起とターゲット配列との関連 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和、加藤清仁、井町仁美、村尾孝児、正木勉
  • 学会等名: 日本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-09-20
• [学会発表] ヒト・マイクロRNAの哺乳類進化における生起数とターゲット配列の相互関連 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和、加藤清仁、井町仁美、村尾孝児、正木勉
  • 学会等名: 日本進化学会第15回大会
  • 発表場所: 茨城
  • 年月日: 2013-08-30
• [学会発表] ヒト・マイクロRNAの哺乳類進化における生起数とターゲット配列の相互関連 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和，加藤清仁，井町仁美，村尾孝児，正木 勉
  • 学会等名: 本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 茨城
• [学会発表] 哺乳類進化過程でのヒト・マイクロRNA生起とターゲット配列との関連 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和，加藤清仁，井町仁美，村尾孝児，正木 勉
  • 学会等名: 日本進化学会第１5回大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] ヒト・マイクロRNA遺伝子セットにおける起源時期推定と形成の速度 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和、加藤清仁、井町仁美、村尾孝児、正木勉
  • 学会等名: 日本遺伝学会第84回大会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-09-24
• [学会発表] ヒト・マイクロRNA遺伝子の比較ゲノムによる生起時期の推定 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和、加藤清仁、井町仁美、村尾孝児、正木勉
  • 学会等名: 日本進化学会第14回大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-08-23
• [学会発表] ヒト・マイクロRNA遺伝子セットにおける起源時期推定と形成の速度 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和，加藤清仁，井町仁美，村尾孝児，正木勉
  • 学会等名: 日本遺伝学会第８４回大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] ヒト・マイクロRNA遺伝子の比較ゲノムによる生起時期の推定 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和，加藤清仁，井町仁美，村尾孝児，正木勉
  • 学会等名: 日本進化学会第１４回大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 二重自己抑制性のフィードフォワード遺伝子制御の多細胞性への関与とマイクロRNA寄与の可能性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和、井町仁美、村尾孝児
  • 学会等名: 日本遺伝学会第83回大会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2011-09-25
• [学会発表] MicroRNA Networks Alter to Conform to Transcription Factor Networks Adding Redundancy and Reducing the Target Gene Repertoire for Coordinated Regulation (2011)
  • 著者名/発表者名: H. Iwama, H. Imachi, K. Murao
  • 学会等名: Annual conference of the Society for Molecular Biology and Evolution
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-07-28
• [学会発表] MicroRNA Networks Alter to Conform to Transcription Factor Networks Adding Redundancy and Reducing the Target Gene Repertoire for Coordinated Regulation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisakazu Iwama
  • 学会等名: Annual conference of the Society for Molecular Biology and Evolution 2011. Syposium Evolutionary Systems Biology.(招待講演)
  • 発表場所: Kyoto, Japan.
• [学会発表] 二重自己抑制性のフィードフォワード遺伝子制御の多細胞性への関与とマイクロRNA寄与の可能性. (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩間久和
  • 学会等名: 日本遺伝学会第83回大会
  • 発表場所: 京都府
• [図書] MicroRNA Cancer Regulation: Advanced Concepts, Bioinformatics and Systems Biology Tools. (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwama H. 他（分担執筆）
  • 総ページ数: 358
  • 出版者: Springer