アレル解析に基づく育種効果の遺伝統計学的検証基盤の開発

• 研究課題/領域番号: 23580055
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 園芸学・造園学
• 研究機関: 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 研究代表者: 藤井 浩 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹研究所カンキツ研究領域, 主任研究員 (00355398)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円); 2013年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円); 2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2011年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
• キーワード: アレル / カンキツ / カロテノイド / 遺伝統計学 / SNP / 育種 / 遺伝子 / ゲノム / βークリプトキサンチン / アリル / 多型

研究概要

カロテノイド類には健康機能性があり，カンキツ果実での高含有化は重要な育種目標である。カンキツの品種ごとの含有量は多様である一方，主要品種はわずかに14の祖先品種から派生しており，そのアリル数は28に限定される。本研究は，８つのカロテノイド代謝酵素遺伝子とそれを制御する３つの転写因子候補遺伝子について，28のアリルタイプを決定し，高含有化に関連するアリル組合せを明らかにすることを目的とした．
その結果，祖先14品種における，カロテノイド含有量に関わる11遺伝子のゲノム上の遺伝子領域について，塩基配列を決定するとともに，アレル間SNP解析によりアレルタイプを決定することができた

研究成果

• [雑誌論文] Construction of a citrus framework genetic map anchored by 708 gene-based markers. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., H. Fujii, T. Endo, T. Ueda, A. Sugiyama, M. Nakano, M. Kita, T. Yoshioka, T. Shimizu, H. Nesumi, Y. Ikoma, T. Moriguchi, M. Omura
  • 雑誌名: Tree Genetics and Genomes 巻: 未定 号: 4 ページ: 1001-1013
  • DOI: 10.1007/s11295-014-0738-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-throughput genotyping in citrus accessions using an SNP genotyping array (2013)
  • 著者名/発表者名: Fujii、H.、T. Shimada、K. Nonaka、M. Kita、T. Kuniga、T. Endo、Y. Ikoma、M. Omura
  • 雑誌名: Tree Genetics and Genomes 巻: 9巻 号: 1 ページ: 145-153
  • DOI: 10.1007/s11295-012-0542-3
  • 査読あり
• [学会発表] QTLによるUDP-グルコース:リモノイド糖転移酵素遺伝子の発現に関与する転写因子候補の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 杉山愛子、原田健太郎、島田武彦、藤井浩、遠藤朋子、喜多正幸、吉岡照高、生駒吉識、大村三男
  • 学会等名: 日本育種学会第125回講演会
  • 年月日: 2014-03-22
• [学会発表] eQTLによるUDP-グルコース：リモノイド糖転移酵素遺伝子の発現に関与する転写因子候補の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 杉山愛子，原田健太郎，島田武彦，藤井浩，遠藤朋子，喜多正幸，吉岡照高，生駒吉識，大村三男
  • 学会等名: 日本育種学会第125回講演会
  • 発表場所: 東北大学