• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

糖鎖計算~第三の生命鎖の潜在能力

研究課題

研究課題/領域番号 23650069
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 知能情報学
研究機関東京工業大学

研究代表者

山村 雅幸  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (00220442)

連携研究者 鈴木 泰博  名古屋大学, 情報文化学部, 准教授 (50292983)
研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2011年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワード知能情報処理 / 人工化学 / 糖鎖計算 / 文脈自由言語 / 糖鎖 / 糖転移酵素 / ゴルジ装置 / 生体分子計算 / 形式システム / 確率過程
研究概要

糖鎖は、核酸、タンパク質に続く第三の生命鎖と呼ばれ、例えば血液型のように細胞の識別子として重要な役割を担っている。核酸やタンパク質とは異なり、枝分かれ構造を持ち、テンプレートによらないユニークな多段階の構築過程を経て合成される。本研究では、糖鎖の構築過程を一種の情報処理としてとらえ、その潜在能力を解析した。初年度には糖鎖の構築過程のシミュレータを作成した。最終年度には、反応空間を3段としてシミュレーション実験を行った。全体を通じて、理論的考察の結果、糖鎖計算は文脈自由言語を受理する能力を持つことが分かった。シミュレーションの結果、糖鎖の構築過程が3段に分かれていることが、特定のパターンを効率的に生み出すうえでクリティカルであることが明らかとなった。

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Harness the Nature for Computation,Natural Computing and Beyond2013

    • 著者名/発表者名
      Y.Suzuki
    • 雑誌名

      Springer Verlag

      巻: vol.6 ページ: 47-70

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Design and Control of Synthetic Biological Systems2013

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine and Masayuki Yamamura
    • 雑誌名

      Natural Computing and Beyond

      巻: vol.6 ページ: 104-114

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 周波数特性を用いた振動する人工遺伝子回路の自動設計2013

    • 著者名/発表者名
      林孝文、山村雅幸
    • 雑誌名

      計測自動制御学会第40回知能システムシンポジウム資料集

      ページ: 211-216

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Design and Control of Synthetic Biological Systems2013

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine
    • 雑誌名

      Natural Computing and Beyond

      巻: 6 ページ: 104-114

    • DOI

      10.1007/978-4-431-54394-7_9

    • ISBN
      9784431543930, 9784431543947
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 周波数特性を用いた振動する人工遺伝子回路の自動設計2013

    • 著者名/発表者名
      林孝文
    • 雑誌名

      計測自動制御学会第40回知能システムシンポジウム資料集

      巻: - ページ: 211-216

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Harness the Nature for Computation2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 雑誌名

      Proceedings in Information and Communications Technology

      巻: 6 ページ: 49-70

    • DOI

      10.1007/978-4-431-54394-7_5

    • ISBN
      9784431543930, 9784431543947
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design strategy for an initial state-independent diversity generator2012

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine, Daisuke Kiga, and Masayuki Yamamura
    • 雑誌名

      Chem-Bio Informatics Journal

      巻: vol.12 ページ: 39-49

    • NAID

      130004138125

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator2012

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine,Masayuki Yamamura,Masami Hagiya,and Daisuke Kiga
    • 雑誌名

      Communicative and Integrative Biology

      巻: vol.5,no.4

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Behaviors of Chemical Reactions with Small Number of Molecules, Lecture Notes in Computer Science2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Suzuki
    • 雑誌名

      Springer Verlag

      巻: vol.5777 ページ: 394-401

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Design strategy for an initial state-independent diversity generator2012

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine
    • 雑誌名

      Chem-Bio Informatics Journal

      巻: vol. 12 ページ: 39-49

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Behaviors of Chemical Reactions with Small Number of Molecules2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Suzuki
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: vol. 5777 ページ: 394-401

    • DOI

      10.1007/978-3-642-21283-3_49

    • ISBN
      9783642212826, 9783642212833
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling2011

    • 著者名/発表者名
      Sekine, R., Yamamura, M., Ayukawa, S., Ishimatsu, K., Akama, S., Takinoue, M., Hagiya, M., Kiga, D.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.

      巻: 108 号: 44 ページ: 17969-17973

    • DOI

      10.1073/pnas.1105901108

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Sugar Computing - Computational modeling of the construction process of sugar chains by using artificial chemistry -

    • 著者名/発表者名
      Masayuki YAMAMURA
    • 学会等名
      6th International Workshop on Natural Computing (IWNC6)
    • 発表場所
      山上会館(東大・本郷)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi