細菌進化におけるリコンビネーションの頻度と特性に関する研究

• 研究課題/領域番号: 23651183
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 大坪 嘉行 東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2013年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2012年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2011年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
• キーワード: recombination / ShortReadManager / illumina / リコンビネーション / k-mer / ソフトウエア / イルミナリード / ビフェニル資化能 / 協奏進化 / 次世代シーケンサー / ゲノム進化

研究概要

細菌の進化におけるリコンビネーションの特性と頻度を明らかにするため、近縁の2株の土壌細菌を混合して滅菌土壌に接種した。およそ1年間のインキュベーション後に、細菌株を回収し、イルミナシーケンサーにより解析し、多数のリードデータを得た。リードデータを作成したソフトウエア(http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.phpにて公開)により解析したが、リコンビネーションが起きたことを示すデータは得られなかった。当該サンプルについては将来の解析のためインキュベーションを継続している。他方、マルチジーンファミリー遺伝子の協奏進化を示す結果を得た。

研究成果

• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain TKP, Isolated from a gamma-Hexachlorocyclohexane-Degrading Mixed Culture (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Kishida K, Sato T, Tabata M, Kawasumi T, Ogura Y, Hayashi T, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome announcements 巻: 2 号: 1
  • DOI: 10.1128/genomea.01241-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the thermophilic PCB degrader Geobacillus sp. JF8 (NBRC 109937) (2014)
  • 著者名/発表者名: Shintani, M., Y. Ohtsubo, K. Fukuda, A. Hosoyama, S. Ohji, A. Yamazoe, N. Fujita, Y. Nagata, M. Tsuda, T. Hatta, and K. Kimbara
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 2 号: 1
  • DOI: 10.1128/genomea.01213-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1 isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., T. Sato, K. Kishida, M. Tabata, Y. Ogura, T. Hayashi, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 2 号: 1
  • DOI: 10.1128/genomea.01130-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis. Microbiology (2014)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., J. Senbongi, Y. Ishibashi, R. Sudo, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Microbiology 巻: in press 号: 5 ページ: 883-891
  • DOI: 10.1099/mic.0.077057-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Pseudomonas sp.strain TKP isolated from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading mixed culture (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., K. Kishida, T. Sato, M. Tabata, T. Kawasumi, Y. Ogura, T. Hayashi, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes (2013)
  • 著者名/発表者名: Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M Kurokawa K
  • 雑誌名: DNA Res 巻: 21 号: 2 ページ: 217-227
  • DOI: 10.1093/dnares/dst052
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Ralstonia pickettii DTP0602, a 2,4,6-Trichlorophenol Degrader (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Fujita N, Nagata Y, Tsuda M, Iwasaki T, Hatta T.
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 1 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.00903-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Inoue K, Miyazaki R, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: FEMS microbiology letters 巻: 345 号: 2 ページ: 102-109
  • DOI: 10.1111/1574-6968.12188
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of the γ-Hexachlorocyclohexane-Degrading Bacterium Sphingomonas sp. Strain MM-1. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohtsubo Y, Ohhata S, Tsuda M, Nagata Y.
  • 雑誌名: Genome Announc 巻: 1 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00247-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の検索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology 巻: 13 (1) ページ: 51-56
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coinetgrate-resolution of toluene-catabolic transposon Tn4651 (2013)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., H. Genka, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, E.M. Top, M. Tsuda
  • 雑誌名: Plasmid 巻: 69 号: 1 ページ: 24-35
  • DOI: 10.1016/j.plasmid.2012.07.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient. (2013)
  • 著者名/発表者名: Minegishi K, Aikawa C, Furukawa A, Watanabe T, Nakano T, Ogura Y, Ohtsubo Y, Kurokawa K, Hayashi T, Maruyama F, Nakagawa I, Eishi Y
  • 雑誌名: Genome Announcement 巻: 1 号: 1 ページ: 16-12
  • DOI: 10.1128/genomea.00016-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Acidovorax sp. KKS102, a polychlorinated biphenyl-degrading strain (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., F. Maruyama, H. Mitsui, Y. Nagata, M. Tsuda
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 194 号: 24 ページ: 6970-6971
  • DOI: 10.1128/jb.01848-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. strain KKS102, which are located on an integrative and conjugative element (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y., Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, M. Tsuda
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 194 号: 16 ページ: 4237-4248
  • DOI: 10.1128/jb.00352-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura, A., S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 158 号: 5 ページ: 1284-1293
  • DOI: 10.1099/mic.0.057372-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Povotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC17616 in soil (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama, E., Y. Ohtsubo, Y. Yamamoto, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: FEMS Microbiology Letters 巻: 330 号: 1 ページ: 46-55
  • DOI: 10.1111/j.1574-6968.2012.02532.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of SphingobiumjaponicumUT26, an archetypal gamma- hexachlorocyclohexane- degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., S. Natsui, R. Endo, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Enzyme and Microbial Technology 巻: 49 ページ: 499-508
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y. et al.
  • 雑誌名: Enzyme and Microbial Technology 巻: 49 ページ: 499-508
• [学会発表] 環境細菌の PCB 分解能を司る遺伝因子の解析と各種ゲノム解析ソフトウエアの開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] FinishChecker : 完全決定したつもりのゲノム配列のチェック機能 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Finish したゲノム配列のチェックツール : FinishChecker (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Finishしたゲノム配列のチェックツール: FinishChecker (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Mycobacterium属細菌のフェナントレン分解能に対する非分解菌の効果 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ, 加藤広海, 遠藤諒, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7のoriTの同定と宿主域の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 根粒超着生ダイズから分離されたMethylobacterium sp. AMS5のゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 南智之, 按田瑞恵, 大久保卓, 三井久幸, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 土壌微生物の移植メタゲノム (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Burkholderia multivoransのFurを介した転写制御機構の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] gamma-HCH分解能を有するsphingomonad細菌株における可動性遺伝因子を介したゲノム動態の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大畑智史, 田端理朗, 荷川取佑記, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムにおける非分解優占種細菌の役割 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ, 加藤広海, 遠藤諒, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] IncP-9群NAH7のoriTの同定と接合伝達宿主域に関する研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Acidvorax sp KKS102のカタボライト調節機構に関わる二成分制御系遺伝子bphPQの解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤旦, 小沼かおり, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur依存的な鉄恒常性維持に関与するhemP遺伝子の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] FinishChecker: 完全決定したつもりのゲノム配列のチェック機能 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を有するスフィンゴモナッド細菌群の挿入配列に関する研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 荷川取佑記, 大畑智史, 田端理朗, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 芳香族化合物汚染化土壌メタゲノムから培養非依存的手法により取得したフェノール分解関与遺伝子群の機能解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤分解能を有するスフィンゴモナッド細菌株の有機炭素源非添加無機寒天培地での生育を司る機構に関する研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, 平野丈, 宇井博紀, 大坪嘉行, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014年大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] フィニッシング支援ツール GenoFinisher とAceFileViewer (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 農芸化学会 2013年度大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] GenomeMatcher 等ウェット研究者向けツール (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(長浜)
• [学会発表] Finishing関連の3つのツール : GenoFinisher, AceFileViewer, ShortReadManager (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(長浜)
• [学会発表] 累積置換変異導入によるハロアルカンデハロゲナーゼLinBのbeta-HCH分解活性の機能進化に関する研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, 森内良太, 田中裕興, 大坪嘉行, 津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
  • 発表場所: 北九州
• [学会発表] 機能発現に基づくメタゲノムライブラリーからの新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の取得と解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
  • 発表場所: 北九州
• [学会発表] IncP-9群プラスミドNAH7のoriTの同定及び接合伝達関連遺伝子traFの解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
  • 発表場所: 北九州
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄恒常性維持機構の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
  • 発表場所: 北九州
• [学会発表] 岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝 (2013)
  • 著者名/発表者名: 第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
  • 学会等名: 第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
  • 発表場所: 静岡県駿東郡
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC17616株の鉄恒常性維持機構の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 木村明音, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
  • 発表場所: 静岡県駿東郡
• [学会発表] FinishChecker: Finishing用ツールGenoFinisherのprefinish配列チェック機能 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第7回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会
  • 発表場所: 静岡県駿東郡
• [学会発表] 土壌微生物の他土壌への移植メタゲノミクス (2013)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
  • 学会等名: 第29回日本微生物生態学会年次大会
  • 発表場所: 鹿児島
• [学会発表] Isolation of phenol-catabolic genes by cultivation-independent functional screening from metagenome of soil artificially polluted by aromatic hydrocarbons (2013)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Hiroshi Mori, Ken, Kurokawa, and Masataka Tsuda
  • 学会等名: 2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
  • 発表場所: Braunschweig, Germany
• [学会発表] Design and experimental validation of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Mori, Fumito Maruyama, Hiromi Kato, Atsushi Toyoda, Ayumi Dozono, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Asao Fujiyama, Masataka Tsuda, and Ken Kurokawa
  • 学会等名: 2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
  • 発表場所: Braunschweig, Germany
• [学会発表] リダクターゼ機能相補による新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の 芳香族化合物複合汚染土壌メタゲノムからの探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株におけるFurの機能及び発現制御機構の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] gamma-HCH分解能を示すSphingobium属細菌のTKS株とMI1205株の 全ゲノム配列決定とgamma-HCH分解関与遺伝子群周辺領域の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大畑智史ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] 人為起源物質分解能を有するsphingomonad細菌群のゲノムと 可動性遺伝因子 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] Finishing関連の3つのツール: GenoFinisher、AceFileViewer、 ShortReadManager (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] IncP-9群プラスミドNAH７の接合伝達開始配列の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] 次世代シーケンサーによる土壌細菌の環境適応遺伝子の新規探索手法 の開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石橋蓉子ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] 撹乱に対する土壌微生物のレジリエンス (2013)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海ら
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌における新規芳香族化合物分解酵素遺伝子 の機能相補に基づく探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] 人為起源環境汚染物質分解能を有するスフィンゴモナス細菌群の ゲノムと可動性遺伝因子に関する研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] 多様な細菌のゲノム上に存在するハロアルカンデハロゲナーゼの 機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田中裕興ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] IncP-9群 NAH７接合伝達系のoriTを中心とした解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] フィニッシング支援ツールGenoFinisherとAceFileViewer (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] γ-HCH分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が有する多重プラスミドに 関する研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年大会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] 人為起源物質分解細菌の出現と進化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会 第20回記念フロンティアシンポジウム
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] フィニッシング用のツールGenoFinisher の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第85回日本細菌学会
  • 発表場所: 長崎
• [学会発表] フィニッシング用のツール GenoFinisherの開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 奥野 周, 永田 裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 農芸化学会 2012年度大会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 微生物ドラフトゲノムのフィニッシングツール GenoFinisher (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 奥野 周, 永田 裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 環境汚染物質gamma-hexachlorocyclohexaneの分解能を有するSphingobium sp. TKS株のゲノム構造の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大畑智史ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2012年度大会
  • 発表場所: 宇治
• [学会発表] 培養非依存的手法を用いた芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2012年度大会
  • 発表場所: 宇治
• [学会発表] Response of soil microbial community against pulse perturbation by aromatic pollutants (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Kato et al.
  • 学会等名: 14th International Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Copenhagen, Denmark
• [学会発表] Multiple plasmids of γ-hexachlorocylohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1 (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Tabata et al.
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2012
  • 発表場所: Santander, Spain
• [学会発表] Genomes and mobile genetic elements of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Nagata et al.
  • 学会等名: 15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2012)
  • 発表場所: Daegu, Korea
• [学会発表] Isolation of aromatic ring-hydroxylating oxygenase genes by cultivation-independent functional screening of metagenome from soil artificially contaminated with aromatic hydrocarbons (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Nagayama et al.
  • 学会等名: 15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2012)
  • 発表場所: Daegu, Korea
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌のゲノムと可動性遺伝因子に関する研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二ら
  • 学会等名: 第64回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 細菌ゲノムに存在する多様なハロアルカンデハロゲナーゼ遺伝子の機能解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田中裕興ら
  • 学会等名: 第64回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌が突然変異により炭素源非添加無機寒天培地上で生育可能となる機構の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 平野丈ら
  • 学会等名: 第64回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] ハロアルカンデハロゲナーセLinBのbeta-HCH分解活性に関する機能進化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田中裕興ら
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会・第35回日本分子生物学会年会合同大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Genetic analysis of multiple plasmids in γ-hexachlorocylohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1 (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Tabata et al.
  • 学会等名: International Forum for Ecosystem Adaptability Science IV: Interface Between Policy and Science
  • 発表場所: Sendai, Japan
• [学会発表] Analysis of nitrogen-related phosphotransferase system in recipient cells involved in regulation of conjugative transfer (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Inoue et al.
  • 学会等名: International Forum for Ecosystem Adaptability Science IV: Interface Between Policy and Science
  • 発表場所: Sendai, Japan
• [学会発表] Development of a computational tool for finishing of draft genomic sequence (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Ohtsbuo, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Fluctuation pattern of gene pools of microbiota in aromatic hydrocarbon-contaminated soil by sequential metagenomic analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiromi Kato et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Nitrogen-related phosphotransferase system of Pseudomonas putida KT2440 exerts negative effect on conjugative acquisition of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 (2011)
  • 著者名/発表者名: Kei Inoue et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Alleviation of nitric oxide sensitivity of Burkholderia multivorans ATCC 17616 fur mutant by additional mutation in oxyR gene (2011)
  • 著者名/発表者名: Akane Kimura et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Structural analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiro Tabata et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Direct isolation and characterization of genes for degradation of aromatic compounds from soils that were artificially contaminated with aromatic pollutants (2011)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Nagayama et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] 環境細菌のPCB分解能を司る遺伝因子の解析と各種ゲノム解析ソフトウエアの開発
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 農芸化学奨励賞受賞講演
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Sphingobium sp. MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MI特異的なbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定
  • 著者名/発表者名: 森内良太ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2011年度大会
  • 発表場所: 東京・東京大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析
  • 著者名/発表者名: 三浦那智ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2011年度大会
  • 発表場所: 東京・東京大学
• [学会発表] Sphingobium sp. MI1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MI特異的なbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定
  • 著者名/発表者名: 森内良太ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドＮＡＨ７の接合伝達制御に関与する受容菌のリン酸基転移系
  • 著者名/発表者名: 井上慧ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のfur破壊株のROS/NOS高感受性とoxyR欠失による表現型回復機構
  • 著者名/発表者名: 木村明音ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤 gamma-hexachlorocyclohexane 分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が保持する分解関連プラスミドの塩基配列解析と機能解析
  • 著者名/発表者名: 田端理朗ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境特異的発現遺伝子の解析
  • 著者名/発表者名: 三浦那智ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌メタゲノムから見る, 芳香族化合物汚染により誘導される微生物群集の反応
  • 著者名/発表者名: 加藤広海ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌由来のメタゲノムライブラリからの機能相補による新規リダクターゼ遺伝子の探索
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌攪乱に対し同調して動く遺伝子群の解析
  • 著者名/発表者名: 加藤広海ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 土壌細菌群集団の移植と芳香族化合物による汚染化の変動解析
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] GenoFinisherを用いたPseudomonas sp.CF600ゲノムの完全配列決定
  • 著者名/発表者名: 奥野周ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を有するSphingobium sp. TKS株のゲノム解析
  • 著者名/発表者名: 大畑智史ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616 株ゲノムから STM 法 で選抜した土壌環境下での生残関与候補遺伝子の解析
  • 著者名/発表者名: 石橋蓉子ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 微生物ドラフトゲノムのフィニッシングツールGenoFinisher
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] フィニッシング用のツールGenoFinisherの開発
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 芳香族化合物汚染土壌における経時的メタゲノムによって明らかになった土壌微生物の適応反応
  • 著者名/発表者名: 加藤広海ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの各種表現型への関与
  • 著者名/発表者名: 木村明音ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子群のsingle cellレベルでの発現解析
  • 著者名/発表者名: 井上慧ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 培養非依存的手法による土壌からの新規芳香族化合物分解遺伝子の探索
  • 著者名/発表者名: 永山浩史ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Sphingobium sp. MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIにおけるbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定
  • 著者名/発表者名: 森内良太ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] IncP-7群プラスミドの接合伝達宿主域を規定する因子の探索
  • 著者名/発表者名: 瀬谷学人ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ゲノム情報を利用した多様な細菌由来のハロアルカンデハロゲナーゼの解析
  • 著者名/発表者名: 田中裕興ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株の炭素源非添加無機寒天培地上で生育する突然変異株の遺伝学的解析
  • 著者名/発表者名: 平野丈ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] STM法で同定した土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下での生残に重要な遺伝子の解析
  • 著者名/発表者名: 石橋蓉子ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 微生物ドラフトゲノム配列のフィニッシング用ツール
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行ら
  • 学会等名: 第85回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 長崎
• [図書] Mobile catabolic genetic elements in pseudomonads. In: Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds), Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsuda, M., Y. Ohtsubo, and H. Yano
  • 出版者: Springer, Tokyo
• [図書] Strategies to reveal genomic function in natural soil systems. In: Nojiri H, Tsuda M, Fukuda M, Kamagata Y (eds) Biodegradative Bacteria (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nishiyama E, Ishibashi Y, Nagata Y, Tsuda M
  • 出版者: Springer Verlag, Tokyo
• [図書] Biodegradative Bacteria (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., E. Nishiyama, Y. Ishibashi, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 総ページ数: 13
  • 出版者: Springer
• [図書] Biodegradative Bacteria (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsuda, M., Y. Ohtsubo, and H. Yano
  • 総ページ数: 20
  • 出版者: Springer
• [備考]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.php
• [備考] GenoFinisherホームページ
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.php
• [備考] GenomeMatcherホームページ
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html
• [備考] GenoFinishierホームページ
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.php