| 研究課題/領域番号 |
23651198
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
ゲノム医科学
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| 研究機関 | 藤田保健衛生大学 |
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研究代表者 |
亀山 俊樹 藤田保健衛生大学, 総合医科学研究所, 助教 (60298544)
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| 研究期間 (年度) |
2011
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| 研究課題ステータス |
完了 (2011年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2011年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
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| キーワード | 異常スプライシング / 成熟mRNA再スプライシング / 投縄状RNA中間体 / TSG101遺伝子 / FHIT遺伝子 / RNase R / RNA抽出法 / 癌細胞 / Lariat-seq / スプライシング / TSG101 / FHIT |
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| 研究概要 |
イントロンの長さは100塩基以下のものから数十万塩基にも及ぶ巨大なものまで多様である。従ってスプライシング反応のイントロンが切出される際に生じる副産物<投縄状RNA中間体>の大きさもまた多様である。次世代シークエンサーを用いた癌細胞由来投縄状RNAスプライシング中間体の網羅的な配列決定には、様々なサイズの投縄状RNAから高品質のライブラリー作製が必須である。しかしながら特に巨大な投縄状RNAは生化学的にも物理的にも壊れやすく、高品質の投縄状RNAを精製することが非常に困難であった。様々なRNA抽出法を試した結果、ゲノムDNA抽出操作と同様全ての操作に物理的にマイルドな処理を行うことが重要であった。今回直面し解決した問題点に留意しながら現在高品質投縄状RNA中間体ライブラリーの作製を行っている。
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