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転写ファクトリーの熱力学と情報処理の研究

研究課題

研究課題/領域番号 23651201
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関東京大学

研究代表者

井原 茂男  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)

研究分担者 大田 佳宏  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (80436592)
研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2012年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードモデル化 / シミュレーション / 転写過程 / 散逸構造 / ゲノム科学
研究概要

真核生物における転写過程において、転写を担うポリメレース(RNAPII)の流れをセルオートマトンで定式化し、流れの動的、熱力学的性質を調べた。その結果、RNAPIIのTSSへの入射のタイミングで表されるRNAPIIの相関、RNAPIIの領域毎の速度差で表されるクロマチン修飾等の経路の途中の障害物の大きさ、さらにはRNAPIIのジャンプ確率で表されるクロマチンのループの3次元空間位置に依存して、転写ファクトリーにおけるRNAPIIの流れの動的、熱力学的性質が大きく変化することをみいだした。

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (10件)

  • [雑誌論文] Ultradiscrete Modeling and Simulation for Gene Transcription2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Ohta and Sigeo Ihara
    • 雑誌名

      Publications of the Research Institute for Mathematical Sciences

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A path preference cellular-automaton model for traffic flow through transit points and its application to the transcription process in biology2012

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Ohta, Akinobu Nishiyama, Yoichiro Wada, Yijun Ruan, Tatsuhiko Kodama, Takashi Tsuboi, Tetsuji Tokihiro and Sigeo Ihara
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 86 号: 2 ページ: 021918-021918

    • DOI

      10.1103/physreve.86.021918

    • URL

      http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevE.86.021918

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cellular-automaton model of the cooperative dynamics of RNA polymerase II during transcription in human cells.2011

    • 著者名/発表者名
      Ohta Y, et al.
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 84 号: 4 ページ: 15-15

    • DOI

      10.1103/physreve.84.041922

    • URL

      http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevE.84.041922

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cellular-automaton model of the cooperative dynamics of RNA polymerase II during transcription in human cells2011

    • 著者名/発表者名
      Ohta Y, Kodama T, Ihara S
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E (Stat. Nonlin. Soft Matter Phys.)

      巻: 84

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ultradiscrete Modeling and Simulation for Gene Transcription

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Ohta and Sigeo Ihara
    • 雑誌名

      Publications of the Research Institute for Mathematical Sciences (Supplement)

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Modeling and Simulation for GeneTranscription2013

    • 著者名/発表者名
      Sigeo Ihara
    • 学会等名
      Moduli Spaces and Macromolecules,
    • 発表場所
      Institut des Hautes Etudes Scientifiques(IHES),Bure sur Yevette, France(招待講演:2013年5月17日)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Ultradiscrete Modeling and Simulation for Gene Transcription2012

    • 著者名/発表者名
      大田佳宏
    • 学会等名
      数理解析研究所共同研究集会「非線形離散可積分系の拡がり」
    • 発表場所
      京都大学益川ホール (京都府) (招待講演)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Ultradiscrete Modeling and Simulation for Gene Transcription2012

    • 著者名/発表者名
      大田佳宏
    • 学会等名
      数理解析研究所共同研究集会「非線形離散可積分系の拡がり」
    • 発表場所
      京都大学益川ホール(京都府)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] バイオインフォーマティクス新機能抗体開発ハンドブック浜窪隆雄 監修2012

    • 著者名/発表者名
      井原茂男
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.lsbm.org/staff/ihara.html

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] 真核生物の転写過程の新たなモデルを提案

    • URL

      http://www.u-tokyo.ac.jp/ja/todai-research/research-news/rnapii-jumps-to-take-a-shortcut/

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] 真核生物の転写過程ではポリメレースがジャンプしている!-領域横断チームで新たな転写モデルを提案-

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/whatsnew/0

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/rcast/newsletter/pdf/news80.pdf

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] 真核生物の転写過程の新たなモデルを提案

    • URL

      http://www.u-tokyo.ac.jp/ja/todai-research/research-news/rnapii-jumps-to-take-a-shortcut/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] 真核生物の転写過程ではポリメレースがジャンプしている! ―領域横断チームで新たな転写モデルを提案―

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/whatsnew/006.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] Research Report

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/rcast/newsletter/pdf/news80.pdf

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.lsbm.org/staff/ihara.html,

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.lsbm.org/news/2011/1014.html

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja//magazine/archive/0/68.html

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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