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生体超高分子の立体構造および電子構造の統合的決定技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 23654129
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

舘野 賢  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40291926)

研究期間 (年度) 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2011年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
キーワード電子構造計算 / X線結晶構造解析 / 電子密度 / ab initio計算 / 構造精密化 / 生体高分子 / バイオインフォマティクス / 情報科学 / 計算科学 / タンパク質
研究概要

近年,生体高分子のX線結晶構造解析の精度が飛躍的に向上し,それらの中には,生体高分子の活性中心における(外殻)電子の軌道自体を実験的に求める研究も見られる。本研究は,非経験的(ab initio)電子構造計算を用いて,回折実験データとの理論的な比較を行うことにより,生体高分子の活性中心の立体構造と電子構造の双方を最良の精度で同時に獲得するための解析技術の開発を試みた。立体構造と電子構造を同時に比較・評価するための情報統計学的な理論スキームを開発し,それを実装した計算システムの主要部分を構築することによって,本解析法の妥当性・実現性を評価した。その結果,上述の目的を実現するための基盤となる知見を得ると共に,解析システムのプロトタイプを構築し,本研究の目的を達成した。

報告書

(2件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (10件) 図書 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Biological applications of hybrid quantum mechanics/molecular mechanics calculation2012

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Yohsuke Hagiwara, Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J.Biomed.Biotech.

      巻: 2012 ページ: 236157-236157

    • DOI

      10.1155/2012/236157

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Instability of the Active Site of T1 Lipase Induced by Replacement of Na^+ with Water Complexed with the Phenylalanine Aromatic Ring2011

    • 著者名/発表者名
      Yohsuke Hagiwara, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J.Chem.Theory Comp.

      巻: 7 号: 8 ページ: 2593-2593

    • DOI

      10.1021/ct100752y

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A theoretical investigation of the functional role of the axial methionine ligand of the CU_A site in cytochrome c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Hiori Kino, Masaru Tateno
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta Bioenerg.

      巻: 1807 号: 10 ページ: 1314-1314

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2011.06.014

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] コンピュータ・シミュレーションによる生体触媒反応機構の研究2011

    • 著者名/発表者名
      姜志怜, 萩原陽介, 舘野賢
    • 雑誌名

      応用物理

      巻: 第80券,第7号 ページ: 610-14

    • NAID

      10029101681

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] コンピュータ・シミュレーションによる生体触媒反応機構の研究2011

    • 著者名/発表者名
      姜志〓, 萩原陽介, 舘野賢
    • 雑誌名

      応用物理

      巻: 80 ページ: 610-614

    • NAID

      10029101681

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel ab initio identification system of transcriptional regulation motifs in genome DNA sequences based on direct comparison scheme of signal/noise distributions

    • 著者名/発表者名
      Ryo Nakaki, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都府)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] シトクロム酸化酵素のHeme ae及びCu_Bサイトにおける電子構造の解析2011

    • 著者名/発表者名
      枩岡享, Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都府)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A computational study of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochro me c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical and computational quantum structural biology for understanding functional mechanisms of biological macromolecular systems2011

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang, Ryo Nakaki
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A computational study of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochrome c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang and Masaru Tateno
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Theoretical and computational quantum structural biology for understanding functional mechanisms of biological macromolecular systems2011

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang, and Ryo Nakaki
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] シトクロム酸化酵素のHeme a_3及びCu_Bサイトにおける電子構造の解析2011

    • 著者名/発表者名
      枩岡亨, Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Computational investigation of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochrome c oxidases2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Computational investigation of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochrome c oxidases2011

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Recent Applications of Hybrid Ab Initio Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Simulations to Biological Macromolecules, In Some Applications of Quantum Mechanics2012

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Yohsuke Hagiwara, and Masaru Tateno
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] Some Applications of Quantum Mechanics2012

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Yohsuhe Hagiwara, Masaru Tateno
    • 出版者
      INTECH
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 生体反応の量子ハイブリッド分子動力学シミュレーション,赤井久純,白井光雲編「密度汎関数理論の発展とマテリアルデザインへの応用」2011

    • 著者名/発表者名
      萩原陽介, 姜志怜, 舘野賢
    • 出版者
      シュプリンガージャパン
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 密度汎関数理論の発展とマテリアルデザインへの応用2011

    • 著者名/発表者名
      萩原陽介, 姜志〓, 舘野賢
    • 出版者
      シュプリンガージャパン
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/edu/kenkyuu/base42.html

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書

URL: 

公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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