次世代シークエンサーによる縄文および弥生時代人骨のゲノム解析

• 研究課題/領域番号: 23657167
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 自然人類学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
• 研究分担者: 埴原 恒彦 北里大学, 医学部, 教授 (00180919) ; 石田 肇 琉球大学, 医学部, 教授 (70145225) ; 木村 亮介 琉球大学, 亜熱帯島嶼科学超域研究推進機構, 准教授 (00453712) ; 間野 修平 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (20372948)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2012年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2011年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
• キーワード: パーソナルゲノム / 縄文人 / 弥生人 / 次世代シークエンサー / 日本人の起源 / 沖縄 / 先島諸島 / アイヌ

研究概要

次世代シークエンサー解析に必要な DNA 量を古人骨および同時代の獣骨から抽出することに成功した。DNA は 70bp 以下にまで断片化し化学修飾を受けていた。また抽出液は多くのバクテリア由来 DNA を含んでいた。Y 染色体ハプロタイプ解析はアイヌ-沖縄同系を強く支持した。

研究成果

• [雑誌論文] Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Nakagome,S.Mano,L.Kozlowski,J.M.BuJnicki,H.Shibata,Y.Fukumaki,J.R.Kidd,K.K.Kidd,S.Kawamura,H.Oota
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 29 ページ: 1569-1585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of the Asian-specific nonsynoymous EDAR variation on multiple dental traits : possible hichhiking phenotypes (2012)
  • 著者名/発表者名: Park J-H, Yamaguchi T, Hanihara T
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 57 号: 8 ページ: 508-514
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.60
  • 査読あり
• [雑誌論文] The history of human populations in the Japanese Archipelago inferred from genome-wide SNP data with a special reference to the Ainu and the Ryukyuan Populations. (2012)
  • 著者名/発表者名: Jinam T, Nishida N, Hirai M, Kawamura S, Oota H, Umetsu K, Kimura R, Ohashi J, Tajima A, Yamamoto T, Tanabe H, Mano S, Suto Y, Kaname T, Naritomi K, Yanagi K, Niikawa N, Omoto K. Saitou N
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 57巻 号: 12 ページ: 787-79
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.114
  • NAID: 10031145887
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Koganebuchi, T. Katsumura, S. Nakagome, H. Ishida, S. Kawamura, H. Oota
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ 巻: 120 号: 3 ページ: 199-208
  • DOI: 10.1537/ase.120322
  • NAID: 10031145903
  • ISSN: 0918-7960, 1348-8570
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: (In press) 号: 6 ページ: 1569-85
  • DOI: 10.1093/molbev/mss006
  • 査読あり
• [雑誌論文] A population genetic study on the relationship between medaka fish and the spread of wet-rice cultivation across the Japanese archipelago (2012)
  • 著者名/発表者名: Katsumura, T., Oda, S., Tsukamoto, K., Sekiya, Y., Yamashita, T., Aso, M., Hata, M., Nonaka, M., Mano, S., Ishida, H., Mitani, H., Kawamura, S., Oota, H.
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ 巻: 120 号: 1 ページ: 81-89
  • DOI: 10.1537/ase.110525
  • NAID: 10030738530
  • ISSN: 0918-7960, 1348-8570
  • 査読あり
• [雑誌論文] 古DNA分析：クオリティー検査法と考古学への応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 雑誌名: 月刊 考古学ジャーナル 巻: 630 ページ: 22-26
• [学会発表] 遺伝学と生物医学における集団のラベリング/Population Descripors in Genetics andBiomedicine (2012)
  • 著者名/発表者名: 竹沢泰子、加藤和人、太田博樹
  • 学会等名: 京都大学人文科学研究所科研基盤(S)「人種表象の日本型グローバル研究」第2回 Knowledge-科学と社会の共生産
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-12-15
• [学会発表] 保美貝塚出土人骨・獣骨の分析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 米田穣、太田博樹、日下宗一郎、覚張隆史、小山荘太郎
  • 学会等名: 日本考古学協会、第78会総会研究発表プログラム
  • 発表場所: 大正大学大崎キャンパス、東京
  • 年月日: 2012-05-27
• [学会発表] ゲノムワイド SNPデータに基づく琉球列島の人々の集団構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤丈寛、川口亮、石田肇、山口徹太郎、山本健、河村正二、中込滋樹、間野修平、埴原恒彦、太田博樹、渡辺千晶、山口今日子、木村亮介
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] 琉球諸島と北部九州におけるクローン病の遺伝と環境の相互作用に関する人類学的考察 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中込滋樹、知念寛、竹山康章、Said H.S.、須田亙、木村亮介、石田肇、埴原恒彦、Kidd J.R.、Kidd K.K.、河村正 二、森田英利、服部正平、間野修平、太田博樹
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] 現代日本人の寒冷適応能とミトコンドリアハプログループの関係について (2012)
  • 著者名/発表者名: 西村貴孝、本井碧、星良和、近藤隆一郎、太田博樹、綿貫茂喜
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] ヒトとメダカ共通に観察された地域集団間の性的二型の程度の違いに関与する遺伝的多型 (2012)
  • 著者名/発表者名: 勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、埴原恒彦、河村正二、太田博樹
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] 米田穣動物遺存体および化石における古代 DNA分析の新たなプレスクリーニング法 (2012)
  • 著者名/発表者名: 覚張隆史、太田博樹、大谷進
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] ゲノムワイドSPNデータに基づく琉球列島の人々の集団構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤丈寛
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] A population genetic study and phylogenetic reconstruction of medaka migration across the Japanese archipelago based on nucleotide sequences of the mitochondrial genome D-loop region (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Katsumura
  • 学会等名: 小型魚類研究会 第18回大会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 沖縄人が大和人より酒に強い理由-遺伝子を調べてわかったこと- (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 第65回日本人類学会公開シンポジウム「琉球弧とヒトの適応戦略」
  • 発表場所: 那覇
  • 年月日: 2011-11-06
• [学会発表] How do physical anthropolo- gists have-committed themselves on genome medicine? Changing Representations of Indige- nous and Migrant Groups in Globali- zing Japan Genes,Bones, and Cultures (2011)
  • 著者名/発表者名: H.Oota
  • 学会等名: IUAES/AAS/ASAANZ Conference 2011
  • 発表場所: Perth,Australia
  • 年月日: 2011-07-05
• [学会発表] 環境要因と遺伝的多型と多 様な表現型との関係/Environmental factors and relationship between genetic polymorphisms and various phenotypes (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 第64回日本生理人類学会シンポジウム「環境及び遺伝の要因と生理的多型との関係」
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2011-06-11
• [学会発表] 人類の形態、生理・代謝、疾患の進化に関するゲノム多様性研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 統数研研究集会、統計数理学研究所
  • 発表場所: 立川
• [学会発表] Populations specific susceptibility To Crohn's disease and signals of natural selection on standing vari- Populations specific susceptibility To Crohn's disease and signals of natural selection on standing vari- ation (Poster) (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
  • 学会等名: The 12th ICHG/The 61th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Montreal, Canada
• [学会発表] Toward understanding evolutionary force behind color vision poly- morphism in humans (2011)
  • 著者名/発表者名: 石崎直也、白井裕介、福世裕貴子、石田 肇、K.K.Kidd、太田博樹、河村正二
  • 学会等名: 第13回日本進化学会
  • 発表場所: 京都大学百周年時計台記念館、京都
• [学会発表] Population specific distri- bution of Crohn's disease risk alleles on the NOD2locus and natu- ral selection on standing variation (Oral) (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, S. Mano, L. Kozowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
  • 学会等名: The Society for Molecular Biology and Evolution Annual Meeting
  • 発表場所: kyoto,Japan
• [学会発表] Toward Understanding Evolutionary Force behind Color Vision Polymorphism in Humans(Poster) (2011)
  • 著者名/発表者名: N. Ishizaiki, Y. Shirai, Y. Fukuyo, H. Ishida, K. K. Kidd, H. Oota, S. Kawamura
  • 学会等名: The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto,Japan
• [学会発表] An evolutionary study of human complex diseases (Invited) (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, J. R. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
  • 学会等名: Workshop on Evolutioary Analysis and Applications
  • 発表場所: Xi'an and Lhasa, China
• [学会発表] 人類の形態、生理・代謝、疾患の進化に関するゲノム多様性研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 統数研研究集会
  • 発表場所: 統計数理学研究所（立川）
• [学会発表] 保美貝塚出土人骨・獣骨の分析
  • 著者名/発表者名: 米田穣
  • 学会等名: 日本考古学協会、第78回総会研究発表プログラム
  • 発表場所: 東京
• [図書] Evolutioary Insights into the "Population- Specificity"of the Genetic FactorsAssociated with Inflammatory BowelDiseases (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Nakagome,H.Oota
  • 総ページ数: 222
• [図書] Ulcerative Colitis 2 (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome
  • 総ページ数: 222
  • 出版者: Evolutionary Insights into the “Population-Specificity” of the Genetic Factors Associated with Inflammatory Bowel Diseases.
• [図書] Effects of Human Migration on Genome Diversity in East Asia (2011)
  • 著者名/発表者名: H.Oota, M.Stoneking
  • 総ページ数: 252
• [備考] 北里大学医学部解剖学・人類学研究室
  • URL: http://www.med.kitasato-u.ac.jp/~anatomy-anthropology/
• [備考] 解剖学（埴原単位）ゲノム人類学研究室
  • URL: http://www.med.kitasato-u.ac.jp/~anatomy-anthropology/oota_lab/index.php