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13C直接検出法を用いた高分子量天然変性タンパク質の構造解析技術開発

研究課題

研究課題/領域番号 23659024
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 物理系薬学
研究機関広島大学

研究代表者

楯 真一  広島大学, 大学院・理学研究科, 教授 (20216998)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2012年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード構造生物学 / 過渡的構造形成 / 13C検知 / 安定同位体 / NMR / 天然変性タンパク質 / 蛋白質 / 生体高分子 / 生物物理
研究概要

酵母基本転写因子 Tfa2 を対象として,Mediator サブユニット Gal11 結合を担うintrinsically disordered (ID)領域(Tfa2-mbd: Tfa2 mediator binding domain)の立体構造解析を,13C 検知および 1H 検知多次元 NMR スペクトルにより行った.ID 領域特有のNMR シグナルの重なりを,シグナルの分散の良い 13Cおよび 15N の化学シフト軸で展開する 3D スペクトルを用いることで効率的にシグナル帰属をすすめた.その結果,Tfa2-mbd は,(1)過渡的に低存在率の3本の helix からなる構造を取ること,(2)この過渡的立体構造形成は,ホモ二量体構造形成と連動すること,(3)さらに,過渡的に形成される Tfa2-mbd は,Gal11 との結合に不可欠であることを明らかにした.今回の研究を通して,Tfa2 の ID 領域が過渡的に形成する低存在率構造が,Gal11 を介した基本転写因子のリクルートメントに関わることを示した. ID 領域の過渡的構造形成を利用する機能制御機構という新しい機能的側面を明らかできた.

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (60件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (18件) (うち査読あり 18件) 学会発表 (37件) (うち招待講演 6件) 図書 (1件) 備考 (2件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Phosphorylation-coupled intramolecular dynamics of unstructured regions in chromatin remodeler FACT2013

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto,M., Kodera,N., Tsunaka,Y., Oda,M., Tanimoto,M., Ando,T., Morikawa,K., and Tate,S.
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 104 ページ: 2222-2234

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preferential domain orientation of HMGB2 determined by the weak intramokecular interactions mediated by the interdomain linker2013

    • 著者名/発表者名
      Uewaki,J., Kamikubo,H., Kurita,J., Hiroguchi,N., Moriuchi,H., Yoshida,M., Kataoka,M., Utsunomiya-Tate,N., and Tate,S
    • 雑誌名

      Chem.Phys

      巻: 419 ページ: 212-223

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preferential domain orientation of HMGB2 determined by the weak intramolecular interactions mediated by the interdomain linker2013

    • 著者名/発表者名
      J. Uewaki, H. Kamikubo, J. Kurita, N. Hiroguchi, H. Moriuchi, M. Yoshida, M. Kataoka, N. U.-Tate, S. Tate
    • 雑誌名

      Chem.Phys

      巻: 419 ページ: 212

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2013.02.004

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phosphorylation-coupled intramolecular dynamics of unstructured region in chromatin remodeler FACT2013

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto,M.
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofolate reductases of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Escherichia coli2012

    • 著者名/発表者名
      Ohmae, E., Murakami, C., Tate, S., Gekko, K., Hata, K., Akasaka, K. and Kato,C.
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta

      巻: 1824 ページ: 511-519

    • NAID

      120005308242

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural implication for the impaired binding of W150A mutant LOX-1 to oxidized low density lipoprotein, OxLDL2012

    • 著者名/発表者名
      Nakano,S., Sugihara,M., Yamada,R., Katayanagi,K., Tate,S
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta.

      巻: 1824 ページ: 739-749

    • NAID

      120005308231

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofoalte reductase of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Escherichia coli.2012

    • 著者名/発表者名
      Ohmae,E., Murakami,C., Tate,S.,Gekko,K., Hata,K., Akasaka,K., and Kato,C
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta

      巻: 1824 ページ: 511-519

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Secondary-structure of alcohol-denatured proteins by vaccum-ultraviolet cicular dichroism spectroscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Koichi,M., Sakurada,Y., Tate,S.,Namatame,H., Taniguchi,M., Gekko,K
    • 雑誌名

      PROTEINS

      巻: 80 ページ: 281-193

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural implication for the impaired binding of W150A mutant LOX-1 to oxidized low density lipoprotein, OxLDL2012

    • 著者名/発表者名
      S.Nakano, M.Sugiliara, R.Yamada, K.Katayanagi, S.Tate
    • 雑誌名

      Biochim.et Biophys.Acta.

      巻: (In press) 号: 5 ページ: 739-749

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.02.003

    • NAID

      120005308231

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofolate reductase of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Eschericha coli2012

    • 著者名/発表者名
      E.Ohmae, C.Murakami, S.Tate, K.Gekko, K.Hata, K.Akasaka, C.Kato
    • 雑誌名

      Biochim.et Biophys.Acta.

      巻: 1824 号: 3 ページ: 511-519

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.01.001

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofolate reductase of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Escherichia coli.2012

    • 著者名/発表者名
      E.Ohmae, C.Murakami, S.Tate, K.Gekko, K.Hata, K.Akasaka, C.Kato
    • 雑誌名

      Biochim. et Biophys. Acta.

      巻: 1824 ページ: 511-519

    • NAID

      120005308242

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Secondary-structure analysis of alcohol-denatured proteins by vacuum-ultraviolet circular dichroism spectroscopy2012

    • 著者名/発表者名
      M.Koichi, Y.Sakurada, S.Tate, H.Namatame, M.Taniguchi, K.Gekko
    • 雑誌名

      PROTEINS

      巻: 80 号: 1 ページ: 281-293

    • DOI

      10.1002/prot.23206

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The NMR structure of FliK, the trigger for the switch of substrate specificity in the flagellar type III secretion apparatus2011

    • 著者名/発表者名
      Mizuno,S., Amida,H., Kobayashi,N.,Aizawa,S., and Tate,S.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol

      巻: 409 ページ: 558-573

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] "Complementary use of NMR to X-ray crystallography for the analysis of protein morphological change in solution" in ,Current trends in X-ray crystallography (ed. Chandrasekaran, A.)2011

    • 著者名/発表者名
      Tate,S. Imada,A., and Hiroguchi,N.
    • 雑誌名

      InTech, Cloatia

      巻: 18 ページ: 409-436

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Surface plasmon resonance study on functional significance of clustered organization of lectin-like oxidized LDL (LOX-1)2011

    • 著者名/発表者名
      Ohki, I., Amida, H., Yamada, R., Sugihara, M., Ishigaki, T. and Tate, S.
    • 雑誌名

      Biochimica. Biophysica Acta

      巻: 1814 ページ: 345-354

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative study on dihydrofolate reductases from Shewanella species living in deep-sea and ambient atmospheric-pressure environments2011

    • 著者名/発表者名
      Murakami, C., Ohame, E., Tate, S., Gekko, K., Nakasone, K. and Kato, C
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: 15 ページ: 165-175

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMRで観測する超高分子量タンパク質の分子形態2011

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 51 ページ: 84-87

    • NAID

      10028105827

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The NMR structure of FliK, the trigger for the switch of substrate specificity in the flagellar type III secretion appratus2011

    • 著者名/発表者名
      S.Mizuno, H.Amida, N.Kobayashi, S.Aizawa, S.Tate
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol.

      巻: 409 号: 4 ページ: 558-573

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.04.008

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Gene regulation in thechromatin context seen from the protein structural dynamics point of view2013

    • 著者名/発表者名
      Tate,S.
    • 学会等名
      1stInt. symposium of the Mathematics on chromatin live dynamics
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2013-03-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Gene regulation in the chromatin context seen from the protein structural dynamics point of view2013

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Tate
    • 学会等名
      1st International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 核内受容体タンパク質 PPARgの基質依存的構造変化とコアクティベーター認識機構2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-12
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] NMR によるタンパク質構造揺動の検出-タンパク質分子の動的構造と機能の相関解明に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      日本生化学会西日本大会
    • 発表場所
      佐賀
    • 年月日
      2012-11-11
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 「タンパク質構造の揺らぎと機能の相関」広島大学・数理分子生命理学専攻2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2012-09-06
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Functionally detuning motion for the hydride transfer step, which is intrinsically active loop dynamics of dihydrofolate reductase2012

    • 著者名/発表者名
      Tate,S
    • 学会等名
      DHFR"Euromer2012
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2012-07-01
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質構造の揺らぎによる機能制御-NMR により明らかになった msec 時間域の構造揺らぎの役割2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      スーパーコンピューター京と生命科学
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2012-06-01
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] TAL effector の結晶構造から明らかになった DNA 認識機構2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第1回ゲノム編集研究会
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2012-02-28
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] NMR 用いた新しい膜タンパク質構造研究のアプローチ2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      高次系分子化学ミニシンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2012-01-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] アミノ酸変異によるタンパク質構造揺らぎの変化と機能変調の相関2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      日本生物物理学会第4回中国四国支部大会
    • 発表場所
      山口
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 動的平行を利用したタンパク質のDNA認識過程のNMR解析2012

    • 著者名/発表者名
      竹内 彩
    • 学会等名
      日本生物物理学会第4回中国四国支部大会
    • 発表場所
      山口
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ジヒドロ葉酸還元酵素42位変異体の酵素機能に対する塩の効果2012

    • 著者名/発表者名
      宮下由里奈
    • 学会等名
      日本生物物理学会第4回中国四国支部大会
    • 発表場所
      山口
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質構造の「揺らぎ」と「機能」の相関2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      広島大学・数理分子生命理学専攻 第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然変性領域の多重リン酸化を利用したFACTの動的機能調節2012

    • 著者名/発表者名
      橋本愛美
    • 学会等名
      第12回 日本タンパク質化学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Functional modulation of protein through the change in its structure dynamics2012

    • 著者名/発表者名
      Tate,S.
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質リンカー変異を用いた残基特異的化学シフト異方性テンソル決定技術2012

    • 著者名/発表者名
      玉利 裕
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] SRC1によるPPARgのアゴニスト依存的な構造変化の認識2012

    • 著者名/発表者名
      橋本愛美
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 酵母の転写因子TFIIEβのC末端における立体構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      野坂佳加
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] TAL effectorの結晶構造から明らかになったDNA認識機構2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第1回 ゲノム編集研究会(招待講演)
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] NMRを用いた新しいタンパク質構造研究のアプローチ2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      特定領域研究・高次系分子科学 ミニシンポジウム(招待講演)
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Protein structural dynamics modulation induced by a mutation to flexible loop2011

    • 著者名/発表者名
      Tate,S
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2011-11-16
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質の内部運動性と機能制御2011

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      理論と実験研究会 2011
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2011-10-07
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Functional regulation through phosphorylation to acidic intrinsically disordered region in FACT as a chromatin remodeling factor2011

    • 著者名/発表者名
      Tate,S
    • 学会等名
      Ann. Meeting of Protein Science Japan, cosponsored Asia Pacific Protein Association
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2011-06-07
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Functional regulation through phosphorylation to acidic intrinsically disordered region in FACT as a chromatin remodeling factor2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      Annual meeting of Protein Science Japan(招待講演)
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Protein structural dynamics modulation induced by a mutation to flexible loop2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会(招待講演)
    • 発表場所
      兵庫
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] 蛋白質の内部運動性と機能制御2011

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      「理論と実験」研究会2011(招待講演)
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Domain orientation dynamics revealed by alignment induced TROSY shift changes2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate, J.Uewaki, N.Utsunomiya-Tate
    • 学会等名
      ISNMR2011
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Determination of the alignment tensor of protein by orientation induced TROSY shift changes2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      Gordon Research Conference
    • 発表場所
      Lucca, Italy
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] 酸化LDL受容体タンパク質LOX-1の基質認識機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      杉原守,山田梨紗都,編田宏一,楯 真一
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第3回中国四国支部大会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] クロマチンリモデリングタンパク質のリン酸化による機能制御機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      橋本愛美,松井理恵子,上脇隼一,津中康央,森川耿右,楯 真一
    • 学会等名
      第52回 日本生化学会 中国四国支部例会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Prepared domain orientation of tandem HMG boxes defined by the inter-domain linker in HMGB22011

    • 著者名/発表者名
      J.Uewaki, J.Kurita, N-U.Tate, S.Tate
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] CH-p相互作用が規定するタンパク質の動的平衡2011

    • 著者名/発表者名
      上脇隼一,楯 直子,楯 真一
    • 学会等名
      2011年 日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA結合により誘導されるタンパク質のドメイン配向変化の定量的観測2011

    • 著者名/発表者名
      竹内 彩,上脇隼一,楯 真一
    • 学会等名
      2011年 日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質構造の揺らぎによる機能制御機構-NMRより明らかになったmsec時間域の構造揺らぎの役割

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      スーパーコンピューター「京」と生命科学
    • 発表場所
      岡山
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Functionally detuning motion for the hydride transfer step, which is intrinsically encoded in the active loop dynamics of dihydrofolate reductase, DHFR

    • 著者名/発表者名
      Tate,S.
    • 学会等名
      Euromar 2012
    • 発表場所
      Dublin,Ireland
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NMRによるタンパク質構造揺動の検出-タンパク質分子の動的構造と機能の相関解明に向けて

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      佐賀
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 核内受容体タンパク質PPARgの基質依存的構造変化とコアクティベーター認識機構

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] Current Trends in X-ray crystallography2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate, A.Imada, N.Hiroguchi
    • 総ページ数
      436
    • 出版者
      InTech (chap. 18, pp 409-436)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/biophys/index.html

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] TateLab Home

    • URL

      http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/biophys/index.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [産業財産権] 酸化 LDL 受容体に作用するリポソーム2012

    • 発明者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯 真一,山田梨紗都
    • 権利者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯 真一,山田梨紗都
    • 産業財産権番号
      2012-072404
    • 出願年月日
      2012-03-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [産業財産権] 酸化LDL受容体に作用するリポソーム2012

    • 発明者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • 権利者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • 産業財産権番号
      2012-072404
    • 出願年月日
      2012
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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