診断に検討課題が残る欧米発ゲノムワイド関連解析結果への日本人症例解析での理解深化

• 研究課題/領域番号: 23659160
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 医化学一般
• 研究機関: 京都府立医科大学
• 研究代表者: 田代 啓 京都府立医科大学, 大学院・医学研究科, 教授 (10263097)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2012年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: ゲノム医化学 / 遺伝子 / 落屑緑内障 / GWAS / ゲノムワイド関連解析

研究概要

我々は厳密に診断した日本人集団の緑内障群と正常対照群について、高密度チップによる 2 段階の緑内障ゲノムワイド関連解析を実施した。広義の原発性開放隅角緑内障(広義 POAG: 正常眼圧緑内障 normal pressure glaucoma; NPG + 狭義原発性開放隅角緑内障Primaryopen-angle glaucoma; POAG)833 例・対照 686 例を源泉し、厳格なフィルターにより抽出した653,519 個の高精度なジェノタイプデータを用いて相関解析を実施した。さらに眼圧値で症例群をNPG と POAG に細分類した解析の結果、NPG に特異的な CDKN2B-AS1 遺伝子を同定した(PLoS ONE:7: e33389, 2012)。その結果を用いてネガコンの一般集団と正常対照群の差を計算した。また落屑緑内障に関しては疾患 190 例・対照 660 例の解析を実施し有意な遺伝子を同定した。現在再現性を検討中である。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of a novel gene by whole human genome tiling array. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishida H, Yagi T, Tanaka M, Tokuda Y, Kamoi K, Hongo F, Kawauchi A, Nakano M, Miki T, Tashiro K
  • 雑誌名: Gene, Peer-Reviewed papers 巻: 516(1) 号: 1 ページ: 33-38
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.11.076
  • 査読あり
• [雑誌論文] An approach to predict the risk of glaucoma development by integrating different attribute data. SpringerPlus (2012)
  • 著者名/発表者名: Tokuda Y, Kinoshita S, Tashiro K, 他
  • 雑誌名: Peer-Reviewed papers 巻: 1 号: 1 ページ: 41-41
  • DOI: 10.1186/2193-1801-1-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cerebrospinal fluid proteomic patterns discriminate Parkinson's disease and multiple system atrophy (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishigami N, Tokuda T, Ikegawa M, Tashiro K, Nakagawa M, 他
  • 雑誌名: Mov Disord.Peer-Reviewed papers 巻: 27(7) 号: 7 ページ: 851-857
  • DOI: 10.1002/mds.24994
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epistatic interaction between Toll-like receptor 3 (TLR3) and prostaglandin E receptor 3 (PTGER3) genes (2012)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Tamiya G, Tokunaga K, Sotozono C, Ueki M, Sawai H, Inatomi T, Matsuoka T, Akira S, Narumiya S, Tashiro K, Kinoshita S
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol Peer-Reviewed papers 巻: 129(5) 号: 5 ページ: 1413-1416
  • DOI: 10.1016/j.jaci.2012.01.069
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic pattern analysis discriminates among multiple sclerosis-related disorders. Ann. Neurol (2012)
  • 著者名/発表者名: Komori M, Tashiro K, 他
  • 雑誌名: Peer-Reviewed papers 巻: 71 号: 5 ページ: 614-623
  • DOI: 10.1002/ana.22633
  • 査読あり
• [雑誌論文] Common variants in CDKN2B-AS1 associated with optic-nerve vulnerability of glaucoma identified by genome-wide association studies in Japanese (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakano M, Ikeda Y, Mori K, Kinoshita S, Tashiro K, 他
  • 雑誌名: PLoS One Peer-Reviewed papers 巻: 7(3) 号: 3 ページ: e33389-e33389
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0033389
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association studies getting broader : a commentary on'A polymorphism of the POLG2 gene is genetically associated with the invasiveness of urinary bladder cancer in Japanese males' (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakano, M. and Tashiro, K
  • 雑誌名: J. Hum. Genet. 巻: 56 号: 8 ページ: 550-551
  • DOI: 10.1038/jhg.2011.70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cytokine storm arising on the ocular surface in a patient with Stevens-Johnson syndrome (2011)
  • 著者名/発表者名: Yagi T, Sotozono C, Tanaka M, Fuwa M, Sekiyama E, Ueta M, Tashiro K, Kinoshita S
  • 雑誌名: Br J Ophthalmol 巻: 95(7) 号: 7 ページ: 1030-1031
  • DOI: 10.1136/bjo.2010.196295
  • 査読あり
• [雑誌論文] 緑内障の検査診断学. 3. 遺伝子診断 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子, 中野正和, 田代啓, 森和彦, 木下茂
  • 雑誌名: 眼科 巻: 53 ページ: 207-220
• [学会発表] 網膜における血管新生に関連する遺伝子の網羅的発現解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 足立博子, 丸山悠子, 米田一仁, 丸山和一, 木下茂, 中野正和, 田代啓
  • 学会等名: 第59回 日本生化学会近畿支部例会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-05-19
• [学会発表] Research for novel gene with HECT domain. HECT, ドメインを有する新規遺伝子の研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 徳田雄市, 田中雅深, 石田博万, 八木知人, 三木恒治, 田代啓
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Analysis of Hematological and Biochemical Data in Primary Open‐Angle Glaucoma Patients (2012)
  • 著者名/発表者名: Maruyama, Y., Mori, K., Yoshii, H., Yoshikawa, H., Ikeda, Y., Ueno, M., Tashiro, K., Kinoshita, S.
  • 学会等名: Asia Pacific Glaucoma Congress
  • 発表場所: Bali,Indonesia
• [学会発表] Common genetic variants of primary open-angle glaucoma in Japanese Population (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakano, M., Ikeda., Y, Tokuda, Y., Fuwa, M., Omi, N., Adachi, H., Ueno, M., Mori, K., Kinoshita, S. and Tahiro, K
  • 学会等名: 62nd Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: San Francisco, USA
• [学会発表] CDKN2B-AS1の病型別原発開放隅角緑内障全ゲノム関連解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子, 森 和彦, 上野盛夫, 今井浩二郎, 中野正和, 徳田雄市, 大見奈津江,佐藤隆一 , 田代啓 . 木下茂
  • 学会等名: 第66回日本臨床眼科学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 原発開放隅角緑内障の1000Kチップによる全ゲノム関連解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森 和彦, 池田陽子, 上野盛夫, 今井浩二郎, 中野正和, 徳田雄市, 佐藤隆一, 足立博子, 田代啓, 木下茂
  • 学会等名: 第66回日本臨床眼科学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] The defects of Sfrp2 reveal modulating calcium signaling in lymphocytes. (2012)
  • 著者名/発表者名: 徳田雄市, 田中雅深, 八木知人, 田代啓
  • 学会等名: 第74回日本血液学会学術集会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 原発開放隅角緑内障患者における血液生化学データの解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉井健吾, 池田陽子, 森 和彦, 上野盛夫, 丸山悠子, 吉川晴菜, 中野正和, 見奈津江, 徳田雄市, 田代啓, 木下 茂
  • 学会等名: 第23回日本緑内障学会
  • 発表場所: 金沢
• [学会発表] Association of risk alleles of glaucoma marker SNPs with morphological characters of the optic disc (2012)
  • 著者名/発表者名: Ikeda, Y., Mori, K., Ueno, M., Imai, K., Nakano, M., Fuwa, M., Yoshii, K., Yagi, Y., Tokuda, Y., Tashiro, K. and Kinoshita, S.
  • 学会等名: 10th Congress of the European Glaucoma Society. Copenhagen
  • 発表場所: Denmark
• [学会発表] Genome-wide association study on primary open- angle glaucoma with a 1000K gene chip. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mori, K., Ikeda, Y., Ueno, M., Imai, K., Nakano, M., Tokuda, Y., Omi, N., Adachi, H., Tashiro, K. and Kinoshita, S.
  • 学会等名: Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology.
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Genome-wide association study on primary open-angle glaucoma with a 1000K gene chip. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mori, K., Ikeda, Y., Ueno, M., Imai, K., Nakano, M., Tokuda, Y., Omi, N., Adachi, H., Tashiro, K. and Kinoshita, S.
  • 学会等名: Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Common genetic variants of primary open-angle glaucoma in Japanese Population. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakano M, Ikeda Y, Tokuda Y, Fuwa M, Omi N, Adachi H, Ueno M, Mori K, Kinoshita S and Tahiro K.
  • 学会等名: 62nd Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ
• [学会発表] Association of risk alleles of glaucoma marker SNPs with morphological characters of the optic disc (2012)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Imai K, Nakano M, Fuwa M, Yoshii K, Yagi Y, Tokuda Y, Tashiro K, and Kinoshita S.
  • 学会等名: 10th Congress of the European Glaucoma Society
  • 発表場所: Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ
• [学会発表] Genome-wide association study on primary open- angle glaucoma with a 1000K gene chip. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mori K, Ikeda Y, Ueno M, Imai K, Nakano M, Touda Y, Omi N, Adachi H, Tashiro K, and Kinoshita S.
  • 学会等名: Annual Meeting of the Association for Ressearch in Vision and Ophthalmology
  • 発表場所: Ｆｌｏｒｉｄａ
• [学会発表] 溶血法を用いたEBウイルス細胞株の簡易迅速樹立法の検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大見奈津江, 徳田雄市, 足立博子, 池田陽子, 上野盛夫, 森和彦, 中野正和, 木下茂, 田代啓.
  • 学会等名: 溶血法を用いたEBウイルス細胞株の簡易迅速樹立法の検討
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2011-05-21
• [学会発表] 正常者における緑内障疾患マーカーSNPと血液生化学データの関連性の検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子, 吉井健悟, 森和彦, 上野盛夫, 中野正和, 徳田雄市, 大見奈津江, 八木知人, 今井浩二郎, 田代啓, 木下茂
  • 学会等名: 第22回日本緑内障学会
  • 発表場所: 秋田
• [学会発表] DNAマイクロアレイを用いた新規遺伝子の探索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 徳田雄市, 田中雅深, 石田博万, 八木知人, 三木恒治, 田代 啓
  • 学会等名: 第84回日本生化学会大会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Candidate gene analysis of primary open-angle glaucoma in a Japanese population using a custom chip (2011)
  • 著者名/発表者名: Tashiro, K. and Kinoshita, S
  • 学会等名: World Glaucoma Congress
  • 発表場所: Paris, France
• [学会発表] Association Between General Systematic Disease and the Marker Snps for Primary Open-Angle Glaucoma. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Imai K, Yagi T, Omi N, Tokuda Y, Fuwa M, Tashiro K,Kinoshita S
  • 学会等名: World Glaucoma Congress
  • 発表場所: Paris, France
• [学会発表] DNAマイクロアレイ検査の将来展望 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田代啓, 池田陽子, 中野正和, 大見奈津江, 森和彦, 木下茂
  • 学会等名: 遺伝医学合同学術集会2011
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 原発開放隅角緑内障関連遺伝子に対するカスタムチップ解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子, 森和彦, 上野盛夫, 今井浩二郎, 不破正博, 中野正和, 谷口孝純, 徳田雄市, 大見奈津江, 八木知人, 田中雅深, 田代啓, 木下茂
  • 学会等名: 原発開放隅角緑内障関連遺伝子に対するカスタムチップ解析
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Candidate gene analysis of primary open-angle glaucoma in a Japanese population using a custom chip. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeda, Y., Mori, K., Ueno, M., Imai, K., Fuwa, M., Tokuda, Y., Nakano, M., Yagi, T., Tashiro, K. and Kinoshita, S
  • 学会等名: Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Candidate Gene Analysis of Primary Open-Angle Glaucoma in a Japanese Population using a Custom Chip (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Imai K, Fuwa M, Yokuda, Y, Nakano M, Yagi T, Tahiro K, Kinoshita S.
  • 学会等名: The Association for Research in Vision and Ophthalmology
  • 発表場所: Florida
• [学会発表] Candidate Gene Analysis of Primary Open-Angle Glaucoma in a Japanese Population using a Custom Chip (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Imai K, Fuwa M, Yokuda, Y, Nakano M, Yagi T, Tahiro K, Kinoshita S.
  • 学会等名: World Glaucoma Congress
  • 発表場所: Paris
• [学会発表] 正常者における緑内障疾患マーカーSNPと血液生化学データの関連性の検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子、吉井健吾、森和彦、上野盛夫、中野正和、徳田雄市、大見奈津江、 八木知人、今井浩二郎、田代啓、木下茂
  • 学会等名: 第２２回日本緑内障学会
  • 発表場所: 秋田
• [学会発表] 原発開放隅角緑内障関連遺伝子に対するカスタムチップ解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子、吉井健吾、森和彦、上野盛夫、今井浩二郎、不破正博、中野正和、谷口孝純、徳田雄市、大見奈津江、八木知人、田中雅深、田代啓、木下茂
  • 学会等名: 第１１５回日本眼科学会総会
  • 発表場所: 東京
• [図書] 緑内障の検査診断学 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田陽子, 中野正和, 田代啓, 森和彦, 木下茂
  • 出版者: 3. 遺伝子診断, 眼科