セルソーティングを実装したメタゲノミック診断法の開発

• 研究課題/領域番号: 23659505
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 感染症内科学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 安永 照雄 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (20260630)
• 研究分担者: 大石 和徳 大阪大学, 微生物病研究所, 特任教授 (80160414) ; 中村 昇太 大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (90432434)
• 研究期間 (年度): 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2011年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
• キーワード: メタゲノム / 感染症診断 / セルソーティング / バイオインフォマティクス

研究概要

我々はメタゲノム解析を応用した感染症診断法の開発に取り組み、これまでにヒト検体の抽出核酸からインフルエンザやノロウイルス、また病原性細菌の直接同定に成功してきた。これらの取り組みの中で、臨床検体中のヒトゲノムやカビや細菌など様々な生物のコンタミネーション由来の無駄な遺伝情報が検出の効率や感度を下げていることが明らかとなった。本研究では、さらなる検出の効率化と精度を高めることを目的とし、このメタゲノミック診断法にセルソーティング技術を組み入れたプロトコル開発を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Metagenomic analysis of DNA viruses in a wastewater treatment plant in tropical climate (2012)
  • 著者名/発表者名: Tamaki H, Nakamura S, Yasunaga T, et al
  • 雑誌名: Environ Microbiol 巻: 14 号: 2 ページ: 441-452
  • DOI: 10.1111/j.1462-2920.2011.02630.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequency of D222G and Q223R Hemagglutinin Mutants of Pandemic(H1N1) 2009 Influenza Virus in Japan between 2009 and 2010 (2012)
  • 著者名/発表者名: Yasugi M, Nakamura S, Yasunaga T, et al
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequency of D222G and Q223R hemagglutinin mutants of pandemic (H1N1) 2009 influenza virus in Japan between 2009 and 2010 (2012)
  • 著者名/発表者名: Yasugi M, Nakamura S, Daidoji T, Kawashita N, Ramadhany R, Yang CS, Yasunaga T, Iida T, Horii T, Ikuta K, Takahashi K, Nakaya T
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7 号: 2 ページ: e30946-e30946
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0030946
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gut microbiota of healthy and malnourished children in bangladesh (2011)
  • 著者名/発表者名: Monira S, Nakamura S, Gotoh K, Izutsu K, Watanabe H, Alam NH, Endtz HP, Cravioto A, Ali SI, Nakaya T, Horii T, Iida T, Alam M
  • 雑誌名: Front Microbiol 巻: 228 ページ: 1-7
  • DOI: 10.3389/fmicb.2011.00228
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genotypic profile of Streptococcus suis serotype 2 and clinical features of infection in humans, Thailand (2011)
  • 著者名/発表者名: Kerdsin A, Dejsirilert S, Puangpatra P, Sripakdee S, Chumla K, Boonkerd N, Polwichai P, Tanimura S, Takeuchi D, Nakayama T, Nakamura S, Akeda Y, Gottschalk M, Sawanpanyalert P, Oishi K
  • 雑誌名: Emerg Infect Dis 巻: 17 号: 5 ページ: 835-842
  • DOI: 10.3201/eid1705.100754
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metagenomic analysis of bacterial infections by means of high-throughput DNA sequencing (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura S, et al
  • 雑誌名: Exp Biol Med 巻: 236 ページ: 968-971
  • 査読あり
• [学会発表] Squirrel monkey has single IgG but not subclasses (2011)
  • 著者名/発表者名: Tougan T, Nakamura S, et al
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] Squirrel monkey has single IgG but not subclasses (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Tougan, Shota Nakamura, et al
  • 学会等名: 第34回日本分子微生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] Databases for metagenomics of unexplored fields (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura S
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] Databases for metagenomics of unexplored fields (2011)
  • 著者名/発表者名: Shota Nakamura
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 感染症におけるメタゲノミック診断法の研究開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会第3回研究会
  • 年月日: 2011-10-15
• [学会発表] Metagenomic Analysis of Bacterial Infections (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura S
  • 学会等名: 日本臨床微生物学会IUMS
  • 年月日: 2011-09-06
• [学会発表] Metagenomic Analysis of Bacterial Infections (2011)
  • 著者名/発表者名: Shota Nakamura
  • 学会等名: 日本臨床微生物学会IUMS
  • 発表場所: 北海道札幌市
  • 年月日: 2011-09-06
• [学会発表] メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会沖縄セミナー
  • 年月日: 2011-09-03
• [学会発表] メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会沖繩セミナー
  • 発表場所: 沖縄県国頭郡恩納村
  • 年月日: 2011-09-03
• [学会発表] 感染症のメタゲノミック診断 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 学会等名: NGS現場の会第一回研究会
  • 年月日: 2011-05-28
• [図書] Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakaya T, Nakamura S, et al
  • 総ページ数: 10
  • 出版者: Wiley-Blackwell
• [図書] 実験医学増刊 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 化学療法の領域 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太、中屋隆明、飯田哲也
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 医薬ジャーナル社
• [図書] Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats (2011)
  • 著者名/発表者名: Takaaki Nakaya, Shota Nakamura, et al
  • 総ページ数: 10
  • 出版者: Wiley-Blackwell
• [図書] 実験医学増刊Vol.29 No.15 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 化学療法の領域Vol.27 No.9 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太、中屋隆明、飯田哲也
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 医薬ジャーナル社
• [備考]
  • URL: http://imet.gen-info.osaka-u.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://imet.gen-info.osaka-u.ac.jp/