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転写調節ネットワークにおけるモジュール性の出現解明

研究課題

研究課題/領域番号 23700352
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生体生命情報学
研究機関東邦大学 (2012)
公立はこだて未来大学 (2011)

研究代表者

ホセ ナチェル  東邦大学, 理学部, 准教授 (60452984)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2012年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2011年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード転写調節ネットワーク / ncRNA / モジュール性 / ネットワーク解析 / ncRNAネットワーク / 複雑ネットワークの解析
研究概要

本研究では、バイオ macrolecules(PRM)と遺伝子調節ネットワークを関連する非コード RNA(ncRNA)とタンパク質間の機能的な相互作用によって定義されたネットワークのコミュニティ構造を比較する。コミュニティーサイズの分布は、複雑系構造を明らかにするスケーリング則を示した。また、K-クリークサブグラフと重なっての ncRNA 分子の識別コミュニティが、潜在的に特定の機能に関連付けることができることを示している。最後に、我々はまた、数学的にのみ二部ネットワーク情報を使用して投影されたネットワーク構造を予測する方程式を導出した。

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Structural controllability of unidirectional bipartite networks2013

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacherand T. Akutsu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 3 号: 1 ページ: 1647-1655

    • DOI

      10.1038/srep01647

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Community structure of non-coding RNA interaction network2013

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 雑誌名

      Journal of Integrative Bioinformatics

      巻: 10 ページ: 217-229

    • DOI

      10.2390/biecoll-jib-2013-217

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dominating scale-free networks with variable exponents: heterogeneous networks are difficult to controls2012

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher and T. Akutsu
    • 雑誌名

      New Journal of Physics

      巻: 14 ページ: 73005-73029

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modularity in protein complex and drug interactions reveals new polypharmacological properties2012

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacherand J.-M. Schwartz
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 7(1), e30028 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0030028

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dominating scale-free networks with variable scaling exponent: heterogeneous networks are not difficult to control2012

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher and T. Akutsu
    • 雑誌名

      New Journal of Physics

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the degree distribution of projected networks mappedfrom bipartite networks2011

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 390 号: 23-24 ページ: 4636-4651

    • DOI

      10.1016/j.physa.2011.06.073

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Modular organization of non-coding RNA-protein networks.2011

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      8th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011. In Proc. TIC Signal Processing series, 64, pp. 141-147.
    • 発表場所
      Zurich, Switzerland
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Community structure of non-coding RNA interaction network IB 2013

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      9th International Symposium on Integrative Bioinformatics
    • 発表場所
      IPK-Gatersleben, Germany
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Modular organization of non-coding RNA-protein networks 8th International Workshop on Computational Systems Biology

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      WCSB 2011. In Proc. TIC Signal Processing series
    • 発表場所
      Zurich, Switzerland
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Community structure of non-coding RNA interaction network

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      IB 2013 9th International Symposium on Integrative Bioinformatics
    • 発表場所
      IPK-Gatersleben, Germany
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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