人種比較による疾患感受性遺伝子の精密マッピング

• 研究課題/領域番号: 23710228
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム医科学
• 研究機関: 国立感染症研究所
• 研究代表者: 竹内 史比古 国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター, 室長 (50384152)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: ゲノムワイド関連解析 / 国際情報交換 / 英国 / シンガポール / 精密マッピング / 人種差 / 連鎖不平衡 / 国際情報交流

研究概要

ゲノムワイド関連解析の成功により、疾患と関連する遺伝的多型が数多くの染色体領域に位置決定されてきた。本研究は、人種差を利用して、位置決定された染色体領域中の責任変異を絞り込む手法の開発を目的とした。
提案手法では先ず、染色体領域中の多型を、複数人種で強い連鎖不平衡を保つグループに分ける。次に、各グループを代表する多型を選び、重回帰分析により疾患に寄与するグループを絞り込む。
責任変異を絞り込めたのは、2型糖尿病と関連する5つの領域、虚血性心疾患・高血圧と関連する12q24領域、ハンセン病・クローン病と関連する13q14領域である。
本研究により、複数人種の関連解析を組み合わせて効率的に責任遺伝子多型リストが絞り込めることが分かった。様々な疾患解析に応用し、機能解析や治療薬の開発へと展開させることができる。

研究成果

• [雑誌論文] Comparing methods for performing trans-ethnic meta-analysis of genome-wide association studies (2013)
  • 著者名/発表者名: Wang X, Chua HX, Chen P, Ong RT, Sim X, Zhang W, Takeuchi F, Liu X, Khor CC, Tay WT, Cheng CY, Suo C, Liu J, Aung T, Chia KS, Kooner JS, Chambers JC, Wong TY, Tai ES, Kato N, Teo YY
  • 雑誌名: Hum. Mol. Genet 巻: 22 号: 11 ページ: 2303-2311
  • DOI: 10.1093/hmg/ddt064
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study of coronary artery disease in the Japanese (2012)
  • 著者名/発表者名: Fumihiko Takeuchi, Mitsuhiro Yokota, et al.(他23名、3番目)
  • 雑誌名: Eur J Hum Genet 巻: 20 号: 3 ページ: 333-340
  • DOI: 10.1038/ejhg.2011.184
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association studies identifies common variants associated with blood pressure variation in East Asians (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamori Y
  • 雑誌名: Nat Genetics 巻: 43 号: 6 ページ: 531-538
  • DOI: 10.1038/ng.834
  • 査読あり
• [学会発表] T2D-GENES consortium Fine-Mapping of Type 2 Diabetes Susceptibility Loci via Trans-Ethnic Meta-Analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Horikoshi M, Wiltshire S, Ferreira T, Kato N,Huyghe J, Mahajan A, Takeuchi F, Teo YY, Zeggini E, Morris A, McCarthy M
  • 学会等名: 72nd Scientific Sessions of the American Diabetes Associations
  • 発表場所: フィラデルフィア(米国)
  • 年月日: 2012-06-11
• [学会発表] Fine-Mapping of Type 2 Diabetes Susceptibility Loci via Trans-Ethnic Meta-Analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Momoko Horikoshi
  • 学会等名: 72nd Scientific Sessions of the American Diabetes Associations
  • 発表場所: フィラデルフィア（米国）
• [学会発表] Trans-ethnic fine-mapping of Type 2 Diabetes susceptibility loci using a "Cosmopolitan" reference panel for imputation (2011)
  • 著者名/発表者名: Horikoshi M, Wiltshire S, Kato N, Asimit J, Rayner N, Robertson N, Takeuchi F, Mahajan A, Teo YY, Zeggini E, Morris A, McCarthy M
  • 学会等名: 61th annual meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: モントリオール(カナダ)
  • 年月日: 2011-10-14
• [学会発表] Fine-mapping of 13q14 locus associated with susceptibility to leprosy and Crohn's disease (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi F
  • 学会等名: 61th annual meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: モントリオール(カナダ)
  • 年月日: 2011-10-13
• [学会発表] Fine-mapping of 13q14 locus associated with susceptibility to leprosy and Crohn’s disease (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi, F
  • 学会等名: 61th annual meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: モントリオール（カナダ）
• [学会発表] Trans-ethnic fine-mapping of Type 2 Diabetes susceptibility loci using a "Cosmopolitan" reference panel for imputation (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Horikoshi, S. Wiltshire, N. Kato, J. Asimit, N. Rayner, N. Robertson, F. Takeuchi, A. Mahajan, T. Yik Ying, E. Zeggini, A. Morris, M. McCarthy
  • 学会等名: 61th annual meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: モントリオール（カナダ）