染色体高次構造の情報学的再構築法の検討

• 研究課題/領域番号: 23710230
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 中戸 隆一郎 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (60583044)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円); 2011年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: ゲノム情報学 / ChIP-seq 法 / データ可視化 / ChIP-seq法 / 転写解析 / クロマチン構造解析 / ゲノム機能解析 / ChIP-seq / 3C

研究概要

タンパクのゲノム結合部位を網羅的に同定可能な「ChIP-seq法」のためのデータ解析・可視化プログラムDROMPAを開発した。本手法は精度高く高速に結果を得ることができるだけでなく、結果を可視化して概観できる機能を持ち、ChIP-seq解析に必要なコストを大幅に削減できる。本手法を用いた成果のひとつとして、姉妹染色体間接着因子であるコヒーシンの機能不全によって引き起こされるCdLS遺伝病患者の細胞におけるコヒーシンのゲノム局在の変化を解析した。

研究成果

• [雑誌論文] DROMPA: easy-to-handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP-seq data (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakato, R., Itoh T., Shirahige K.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 18
  • 査読あり
• [雑誌論文] PRDM14 Ensures Naive Pluripotency through Dual Regulation of Signaling and Epigenetic Pathways in Mouse Embryonic Stem Cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamaji M., Ueda J., Hayashi K., Ohta H., Yabuta Y., Kurimoto K., Nakato R., Yamada Y., Shirahige K., Saitou M.
  • 雑誌名: Cell Stem Cell 巻: 12 ページ: 368-382
  • 査読あり
• [雑誌論文] Eukaryotic replisome components cooperate to process histones during chromosome replication (2013)
  • 著者名/発表者名: Foltman M., Evrin C., De Piccoli G., Jones R.C., Edmondson R.D., Katou Y., Nakato R., Shirahige K., Labib K.
  • 雑誌名: Cell Rep 巻: 3 ページ: 892-904
  • 査読あり
• [雑誌論文] DROMPA: easy‐to‐handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP‐seq data (2013)
  • 著者名/発表者名: Ryuichiro Nakato
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 18 号: 7 ページ: 589-601
  • DOI: 10.1111/gtc.12058
  • 査読あり
• [雑誌論文] Telomere-binding protein Taz1 controls global replication timing through its localization near late replication origins in fission yeast (2012)
  • 著者名/発表者名: Tazumi A., Fukuura M., Nakato R., Kishimoto A., Takenaka T., Ogawa S.,Song J.H., Takahashi T.S., Nakagawa T., Shirahige K., Masukata H.
  • 雑誌名: Genes Dev 巻: 26 ページ: 2050-2062
  • 査読あり
• [雑誌論文] HDAC8 mutations in Cornelia de Lange syndrome affect the cohesin acetylation cycle (2012)
  • 著者名/発表者名: Deardorff M.A., Bando M., Nakato, R.(他39名)
  • 雑誌名: Nature 巻: 489 ページ: 313-317
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S-phase checkpoint kinases (2012)
  • 著者名/発表者名: De Piccoli, G., Katou, Y., Itoh, T., Nakato, R., Shirahige, K., and Labib, K.
  • 雑誌名: Molecular Cell 巻: 45 ページ: 696-704
  • 査読あり
• [雑誌論文] Telomere-binding proteins play roles in control of replication timing (2012)
  • 著者名/発表者名: Tazumi, A., Masukata, H.
  • 雑誌名: Cell Cycle 巻: 11(24) 号: 18 ページ: 4492-4493
  • DOI: 10.1101/gad.194282.112
  • 査読あり
• [雑誌論文] The inheritance of histone modifications depends upon the location in the chromosome in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Masumoto H., Nakato, R., Kanemaki M., Shirahige K., Hachinohe M.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Origin Association of Sld3, Sld7, and Cdc45Proteins Is a Key Step for Determination of Origin-Firing Timing (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanaka S., Nakato R., Katou Y., Shirahige K., Araki H.
  • 雑誌名: Current Biol 巻: 21 ページ: 2055-2063
  • 査読あり
• [雑誌論文] Origin association of Sld3, Sld7, and Cdc45 proteins is a key step for determination of origin-firing timing (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, S., Nakano, R., Katou, Y., Shirahige, K. and Araki, H.
  • 雑誌名: Curr. Biol 巻: 21 号: 24 ページ: 2055-2063
  • DOI: 10.1016/j.cub.2011.11.038
  • 査読あり
• [雑誌論文] The inheritance of histone modifications depends upon the location in the chromosome in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Masumoto H, Nakato, R., Kanemaki M, Shirahige K, Hachinohe M.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6 号: 12 ページ: e28980-e28980
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0028980
  • 査読あり
• [図書] 実験医学 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中戸隆一郎, 伊藤武彦, 白髭克彦, 次世代シークエンサーによる染色体構造解析
  • 出版者: 羊土社
• [備考]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/chromosomeinformatics/rnakato/drompa/
• [備考] DROMPA webiste
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/chromosomeinformatics/rnakato/drompa/