転写制御ネットワークのボトムアップ再構成のための新規実験/計算パイプラインの構築

• 研究課題/領域番号: 23710235
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: ディエゴ ミランダ サーベドラ (MIRANDA Diego) 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授 (20572366)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: Enhancer identification / Transcriptional regulatory network / Epigenetics / Computational genomics / Genetic algorithm / Support vector machine / Transcriptional regulatory module / エンハンサー同定 / 転写制御ネットワーク / エピジェネティクス / 計算ゲノミクス / 遺伝的アルゴリズム / サポートベクターマシン / 転写制御モジュール / エンハンサーの特定 / 転写調節ネットワーク / コンピュテーショナル・ゲノミクス

研究概要

ChIP-chipとChIP-seqライブラリーから高効率にエンハンサー検索をする計算方法を開発(Fernandez and Miranda-Saavedra, 2012)
転写制御モジュールの再構成のための新手法を開発(Hutchins et al, 2013)
上記の手法により、抗炎症反応系を制御するSTAT3の基本機能を解明(Hutchins et al, Blood, 2012; Hutchins et al, JAK-STAT, 2013).

研究成果

• [雑誌論文] Genomic and computational approaches to dissect the mechanisms of STAT3's universal and cell type-specific functions. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hutchins AP, Diez D, Miranda-Saavedra D.*
  • 雑誌名: JAK-STAT. Peer-reviewed 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distinct transcriptional regulatory modules underlie STAT3’s cell type-independent and cell type-specific functions (2013)
  • 著者名/発表者名: Andrew Paul Hutchins, Diego Diez, Yoshiko Takahashi, Shandar Ahmad, Ralf Jauch, Michel Lucien Tremblay, Diego Miranda-Saavedra
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 41 号: 4 ページ: 2155-2170
  • DOI: 10.1093/nar/gks1300
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discovery and characterization of new transcripts from RNA-seq data in mouse CD4(+) T cells. (2012)
  • 著者名/発表者名: Miranda-Saavedra D*
  • 雑誌名: Genomics. 巻: 100(5) 号: 5 ページ: 303-13
  • DOI: 10.1016/j.ygeno.2012.07.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide enhancer prediction from epigenetic signatures using genetic algorithm-optimized support vector machines. (2012)
  • 著者名/発表者名: Miranda-Saavedra D*.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 40(10):e77. 号: 10 ページ: e77-e77
  • DOI: 10.1093/nar/gks149
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of STAT3 binding in vivo predicts effectors of the anti-inflammatory response in macrophages. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hutchins AP, Poulain S, Miranda-SaavedraD.*
  • 雑誌名: Blood. Peer-reviewed. 巻: 119(13) 号: 13 ページ: e110-e119
  • DOI: 10.1182/blood-2011-09-381483
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide enhancer prediction from epigenetic signatures using genetic algorithm-optimized support vector machines. (2012)
  • 著者名/発表者名: Fernandez, M. and D. Miranda-Saavedra
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: -
  • 査読あり
• [学会発表] Control of the anti-inflammatory response by STAT3. (2012)
  • 著者名/発表者名: Diego Miranda-Saavedra
  • 学会等名: European Congress of Immunology 2012 (Glasgow)
  • 発表場所: UK
  • 年月日: 2012-06-09
• [学会発表] Prediction of the effectors of the anti-inflammatory response by ChIP-seq and RNA-seq analysis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Diego Miranda-Saavedra.
  • 学会等名: Information Processing in Cells and Tissues (IPCAT) Conference 2012.
  • 発表場所: Trinity College, Cambridge.UK.
  • 年月日: 2012-01-04
• [学会発表] Genome-wide Enhancer Predictions from Chromatin Methylation Marks using Genetic Algorithm-Optimised Support Vector Machines. (2011)
  • 著者名/発表者名: Diego Miranda-Saavedra
  • 学会等名: 2^<nd> Next Generation Sequencing Asia Congress
  • 発表場所: Singapore
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] “Control of the anti-inflammatory response by STAT3”
  • 著者名/発表者名: Diego Miranda-saavedra
  • 学会等名: European Congress of Immunology 2012
  • 発表場所: Scottish Exhibition & Conference Centre (SECC) Glasgow England
• [学会発表] “Prediction of the effectors of the anti-inflammatory response by ChIP-seq and RNA-seq analysis”
  • 著者名/発表者名: Diego Miranda-Saavedra
  • 学会等名: Information Processing in Cells and Tissues (IPCAT) Conference 2012
  • 発表場所: Trinity College, Cambridge England
  • 招待講演