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代謝制御の理解に向けた試験管内代謝経路の構築と動態解析

研究課題

研究課題/領域番号 23710236
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

斎藤 菜摘  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (50287546)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2011年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワードメタボロミクス / 酵素エフェクター / アロステリック制御 / メタボローム解析 / 代謝フィードバック / メタボローム / フィードバック制御
研究概要

代謝メカニズム解明に向けた手法として、 試験管内で代謝経路を選択的に駆動させる「試験管内(in vitro)代謝経路」を構築し、メタボロミクスを基盤とした in vitro 代謝解析手法を開発した。本手法を代謝フィードバックによる動態解析、および酵素エフェクター解析に応用し、大腸菌ペントースリン酸経路において、代謝物質(NADPH)による酵素アロステリック効果の同定に至った。試験管内代謝経路を用いた本法が、代謝メカニズム解明のための手法として有効なことを示した。

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (21件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] tRNA thiolation pathway modulates intracellular redox state in Escherichia coli2013

    • 著者名/発表者名
      Nakayashiki, T., N. Saito, R. Takeuchi, H. Kadokura, K. Nakahigashi, H. Mori.
    • 雑誌名

      J. Bacteriol.

      巻: 195 ページ: 2039-49

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The tRNA Thiolation Pathway Modulates the Intracellular Redox State in Escherichia coli.2013

    • 著者名/発表者名
      NakayashikiT., Saito N., Takeuchi R., Kadokura H., Nakahigashi K., Wanner B. L., & Mori H.
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 195 号: 9 ページ: 2039-2049

    • DOI

      10.1128/jb.02180-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of a novel lipolytic enzyme from Aspergillus oryzae2012

    • 著者名/発表者名
      Koseki, T., S. Asai, N. Saito, M. Mori, Y. Sakaguchi, K. Ikeda, Y. Shiono.
    • 雑誌名

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      巻: ー 号: 12 ページ: 5351-5357

    • DOI

      10.1007/s00253-012-4391-7

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] メタボロミクスを利用した酵素機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘,ロベールマルタン
    • 雑誌名

      生化学(ミニレビュー)

      巻: 83 ページ: 1039-1043

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] メタボロミクスを利用した酵素機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘, ロベール マルタン
    • 雑誌名

      生化学(日本生化学会 学会誌)ミニレビュー

      巻: 83 (11) ページ: 1039-1043

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] In vitro代謝経路による酵素エフェクター同定方法2013

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘,曽我朋義, 冨田勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2013 年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] in vitro代謝経路による酵素エフェクター同定手法2013

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘、曽我 朋義、冨田 勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年度大会
    • 発表場所
      仙台(東北大学)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる微生物の代謝メカニズム解明2012

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘, 中東憲治, 増田豪, 曽我朋義, 冨田勝
    • 学会等名
      山形分子生物学セミナー
    • 発表場所
      鶴岡
    • 年月日
      2012-11-26
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる微生物代謝メカニズム解明に向けたアプローチ2012

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第6回若手の会
    • 発表場所
      静岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] In vitro metabolic pathway reveals the action of enzyme effectors.2012

    • 著者名/発表者名
      Saito, N., M. Ohishi, S. Ota, T. Soga, and M. Tomita
    • 学会等名
      Metabolomics Society- 8th Annual International conference (Metabolomics 2012)
    • 発表場所
      Washington, D. C., USA
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大腸菌をモデル生物とした細胞の代謝・増殖制御機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      島田友裕, 斎藤菜摘, 田中寛
    • 学会等名
      第7回メタボロームシンポジウム
    • 発表場所
      鶴岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 乳酸菌のキシロース代謝経路2012

    • 著者名/発表者名
      園元謙二, 善藤威史, 斎藤菜摘, 中東憲治, 門多真理子, 吉川博文
    • 学会等名
      第7回メタボロームシンポジウム
    • 発表場所
      鶴岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 階層的な代謝応答から理解する大腸菌緊縮応答の代謝メカニズム2012

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘, 中東憲治, 増田豪, 曽我朋義, 冨田勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2012 年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 希少放線菌 Actinoplanes missouriensis の運動性胞子におけるエネルギー代謝の解析2012

    • 著者名/発表者名
      乙供かな依, 斎藤菜摘, 曽我朋義, 藤田信之, 早川正幸, 大西康夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2012 年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] In vitro metabolic pathway reveals the action of enzyme effectors2012

    • 著者名/発表者名
      Saito, N., M. Ohishi, S. Ota, T. Soga, M. Tomita
    • 学会等名
      Metabolomics Society- 8th Annual International conference
    • 発表場所
      Washington D. C., USA
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌をモデル生物とした細胞の代謝・増殖制御機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      島田 友裕、斎藤 菜摘、田中 寛
    • 学会等名
      第7回メタボロームシンポジウム
    • 発表場所
      鶴岡(慶應義塾大学先端生命科学研究所)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる微生物代謝メカニズム解明に向けたアプローチ2012

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会 第6回若手の会
    • 発表場所
      静岡(ろうきん研修所富士センター)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 階層的な代謝応答から理解する大腸菌緊縮応答の代謝メカニズム2012

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘、中東 憲治、増田 豪、曽我 朋義、冨田 勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都女子大学(京都府)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] 希少放線菌Actinoplanes missouriensis の運動性胞子におけるエネルギー代謝の解析2012

    • 著者名/発表者名
      乙供 かな依、斎藤 菜摘、曽我 朋義、藤田 信之、早川 正幸、大西 康夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都女子大学(京都府)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる酵素機能と代謝メカニズム解明へのアプローチ2011

    • 著者名/発表者名
      斎藤菜摘
    • 学会等名
      日本農芸化学会東北支部第12回若手の会
    • 発表場所
      鶴岡
    • 年月日
      2011-10-07
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Hierarchical manner of metabolic response under the stringent response in Escherichia coli.2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, N
    • 学会等名
      UK-Japan joint workshop on Microbial Systems Biology
    • 発表場所
      Tsuruoka
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Metabolic shifts under the stringent response in Escherichia coli2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, N., K. Nakahigashi, T. Masuda, A. Hirayama, T. Soga, and M. Tomita
    • 学会等名
      Metabolomics Society- 7th Annual International conference
    • 発表場所
      Cairns, Australia
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Metabolic shifts under the stringent response in Escherichia coli2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, N., Nakahigashi, K., Masuda, T., Hirayama, A., Soga, T. and Tomita, M
    • 学会等名
      7th Annual International Conference of Metabolomics Society
    • 発表場所
      Cairns Convention Centre (Cairns, Australia)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Hierarchical manner of metabolic response under the stringent response in Escherichia coli2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, N
    • 学会等名
      UK-Japan joint workshop on Microbial Systems Biology
    • 発表場所
      慶應義塾大学先端生命科学研究所(山形県鶴岡市)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる酵素機能と代謝メカニズム解明へのアプローチ2011

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘
    • 学会等名
      日本農芸化学会 東北支部 第12回若手の会(招待講演)
    • 発表場所
      いこいの村庄内(山形県鶴岡市)
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] メタボロミクスによる微生物の代謝メカニズム解明

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘
    • 学会等名
      山形分子生物学セミナー
    • 発表場所
      鶴岡(慶應義塾大学先端生命科学研究所)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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