新規同定されたＮＨ細胞におけるサイトカイン産生を制御する転写ネットワークの解明

• 研究課題/領域番号: 23710238
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: BERTIN nicolas 独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 研究員 (30525861)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 中途終了 (2011年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2012年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2011年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: gene networks / transcriptome / natural helper cell / sytokine / transcriptional network / CAGE / immune system / 遺伝子ネットワーク / 免疫 / トランスクリプトーム

研究概要

We proposed to characterize the transcriptional landscapes of naive, IL2+IL25 and IL33 activated NH cells. RNA from FACS-sorted cells were sequenced using helicosCAGE. The 2-10 million CAGE tags obtained were mapped and their 5'extremity representing Transcription Start Sites were clustered (TSS clusters) and associated with RefSeq transcripts. In parallel, our collaborators investigated IL33 induced signaling, uncovering the role of GATA3 (Furusawa etal. J Immunol. 2013), which we focused our attention on. We uncovered 36 stimulated NH cell-specific GATA3 targets. TSS clusters location, associations and expression levels are available via the ZENBU browser (Severin etal. Nat Biotech. Accepted) which serves for the dissemination of the FAMTOM5 project, in which this study was incorporated.