| 研究課題/領域番号 |
23740325
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生物物理・化学物理
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| 研究機関 | 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設) |
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研究代表者 |
奥村 久士 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 計算科学研究センター, 准教授 (80360337)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-28 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2013年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2012年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
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| キーワード | 分子動力学 / タンパク質 / ペプチド / 分子動力学法 / シミュレーション |
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| 研究成果の概要 |
タンパク質のシミュレーションが難しい理由は，自由エネルギー曲面に多くの極小状態があるからである．この問題を解決するために提案されてきた手法の1つがレプリカ交換法である．
本研究では狙った構造に近づくように力をかける「へリックス・ストランドレプリカ交換法」を提案し，ペプチドに応用した．その結果，この方法では通常のレプリカ交換法よりも天然構造により近づけ，折りたたみにより成功した．
さらに「レプリカ置換法」を提案した．この手法では２つのレプリカ間だけで温度を交換するのではなく，３つ以上のレプリカ間で温度を置換する．この方法を用いることでレプリカ交換法よりも効率的なサンプリングを実現できることを示した．
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