分子シミュレーションによる膜タンパク質の分子透過性に関する理論的研究

• 研究課題/領域番号: 23750008
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 齋藤 大明 金沢大学, 数物科学系, 助教 (40506820)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2011年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
• キーワード: 分子動力学法 / 脂質二重層膜 / 膜タンパク質 / 自由エネルギー / ペプチド / イオンチャネル / 溶媒和自由エネルギー / 分子動力学 / グラミシジン

研究概要

様々な脂質膜環境におけるペプチドおよび膜タンパク質の動的構造の解析，膜内安定性，イオン・分子透過性の評価を分子動力学シミュレーションと自由エネルギー計算により評価した．計算対象には代表的な抗菌性ペプチドであるグラミシジンAを用い，数種類の脂質膜における分子シミュレーションと自由エネルギー評価（膜内安定性）から，膜選択性機構に言及した．ペプチド－脂質膜間の相互作用特性の内訳（水和・静電・疎水性相互作用）を査察・解析・比較することにより，ペプチドの膜選択性に寄与する相互作用の詳細を解析した．

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of water molecules around GTP in Hras-GTP complex and GDP in Hras-GDP complex by molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Mol. Phys 巻: 112 ページ: 526-532
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network of water molecules around guanine nucleotide in the Hras-GTP and-GDP complexes by MD simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Tomokazu Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: 016006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer : Electrostatic Map and Ion Conduction (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki SAITO, Masashi IWAYAMA, Kazutomo KAWAGUCHI, Taku MIZUKAMI, Takeshi MIYAKAWA, Masako TAKASU, and Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: 012053
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP : Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation (2014)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: 012056
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein--protein interactions of Azurin complex in liquid system (2014)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, and Hidemi Nagao
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: 012054
  • 査読あり
• [雑誌論文] Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System (2014)
  • 著者名/発表者名: Muhamad KOYIMATU, Hideto SHIMAHARA, Kimikazu SUGIMORI, Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, and Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: 012055
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of water molecules around GTP in Hras-GTP complex and GDP in Hras-GDP complex by molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa
  • 雑誌名: MOLECULAR PHYSICS 巻: 112 号: 3-4 ページ: 526-532
  • DOI: 10.1080/00268976.2013.852697
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network of water molecules around guanine nucleotide in the Hras-GTP and -GDP complexes by MD simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Tomokazu Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc. 巻: volume 1 ページ: 16006-16006
  • DOI: 10.7566/jpscp.1.016006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki SAITO, Masashi IWAYAMA, Kazutomo KAWAGUCHI, Taku MIZUKAMI, Takeshi MIYAKAWA, Masako TAKASU, and Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc 巻: volume 1 ページ: 012053-012053
  • DOI: 10.7566/jpscp.1.012053
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation (2014)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc. 巻: volume 1 ページ: 012056-012056
  • DOI: 10.7566/jpscp.1.012056
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein--protein interactions of Azurin complex in liquid system (2014)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, and Hidemi Nagao
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc. 巻: volume 1
  • DOI: 10.7566/jpscp.1.012054
  • 査読あり
• [雑誌論文] Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System (2014)
  • 著者名/発表者名: Muhamad KOYIMATU, Hideto SHIMAHARA, Kimikazu SUGIMORI, Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, and Hidemi NAGAO
  • 雑誌名: JPS Conf. Proc. 巻: volume 1
  • DOI: 10.7566/jpscp.1.012055
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics study on the free energy profile for dissociation of ADP from N-terminal domain of Hsp90 (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Susumu Okazaki, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 588 ページ: 226-230
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 113 ページ: 2333-2337
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study on Binding Free Energy of Azurin?Cytochrome c551 Complex (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Taku Mizukami, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 556 ページ: 297-302
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational Study of Oxidation Potential of Ketone Molecule (2013)
  • 著者名/発表者名: Isman Kurniawan, Hiroaki Saito, Kazuto Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 4 ページ: 45-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and Hydration Free Energy of Ketone Compound in Neutral and Cationic State by Molecular Dynamics Simulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Masashi Iwayama, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito and Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 4 ページ: 59-70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binding Free Energy of Protein-Ligand by Combining Docking and MD Simulation : A Comparison of Calculation Methods (2013)
  • 著者名/発表者名: Meidy Triana Pakpahan, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 4 ページ: 71-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coarse-grained Simulation of Azurin Crystal Complex System : Protein-protein Interactions (2013)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 4 ページ: 79-86
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical study of a π-stacking interaction in carbonic anhydrase (2013)
  • 著者名/発表者名: Muhamad Koyimatu, Hideto Shimahara, Kazutomo Kawaguchi, Hirosaki Saito, Kimikazu Sugimori, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 4 ページ: 87-94
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of water molecules in the Hras-GTP and GDP complexes with molecular dynamics simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito and Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 27 ページ: 351-360
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics study on the free energy profile for dissociation of ADP from N-terminal domain of Hsp90 (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Susumu Okazaki, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 巻: 588 ページ: 226-230
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2013.10.015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem. 巻: 113 号: 21 ページ: 2333-2337
  • DOI: 10.1002/qua.24457
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Electrostatic Potential along Lipid Bilayer with Gramicidin A (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Megumi Nishimura, Hiroyuki Takagi, Takeshi Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 633-636
  • DOI: 10.1063/1.4794649
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of scoring functions for protein-ligand docking (2013)
  • 著者名/発表者名: Meidy T. Pakpahan, Micke Rusmerryani, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 645-648
  • DOI: 10.1063/1.4794652
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transition State Analysis of Azurin via Go-like Model (2013)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Meidy T. Pakpahan, Megumi Nishimura, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 641-644
  • DOI: 10.1063/1.4794651
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Study on Entrainment Phenomenon in Model Molecular Systems (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Nagao, S. Kawamoto, M. Rusmerryani, A. Purqon, K. Kawaguchi, H. Saito
  • 雑誌名: AIP Conference Proceedings 巻: 1518 ページ: 729-732
  • DOI: 10.1063/1.4794669
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR:A molecular Dynamics Study (2013)
  • 著者名/発表者名: Megumi Nishimura, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 654-657
  • DOI: 10.1063/1.4794654
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroyuki Takagi, Masako Takasu, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 637-640
  • DOI: 10.1063/1.4794650
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Model for Assessing Properties of Local Structures in Metalloprotein (2013)
  • 著者名/発表者名: Muhamad Koyimatu, Hideto Shimahara, Masashi Iwayama, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 626-629
  • DOI: 10.1063/1.4794647
  • 査読あり
• [雑誌論文] A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes: the properties of water molecules around guanine nucleotide (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito, H. Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc. 巻: 1518 ページ: 594-597
  • DOI: 10.1063/1.4794639
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90 (2012)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroyuki Takagi, Masashi Iwayama, Takeshi Miyakawa, Hiroaki Saito, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 3791-3795
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics study of gramicidin a in lipid bilayer : Structure and lateral pressure profile (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Hiroyuki Takagi, Megumi Nishimura, Takeshi Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Masako Takasu, Taku Mizukami, H. Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 3834-3839
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics studies of lipid bilayer with gramicidin A : effects of gramicidin A on membrane structure and hydrophobic match (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Taku Mizukami, Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masashi Iwayama, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 161-170
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solvation effect on the structural change of globular protein : a molecular dynamics study (2012)
  • 著者名/発表者名: Taku Mizukami, Hiroaki Saito, Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 344-350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cell penetrating peptide induces various deformations of lipid bilayer membrane : inverted micelle, double bilayer and trans-membrane (2012)
  • 著者名/発表者名: Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masako Takasu, Ryota Morikawa, Tatsuki Oda, Hiroaki Saito, Shiroh Futaki, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 178-183
  • 査読あり
• [雑誌論文] The potentials of the atoms around Mg2+ in the H-ras GTP complex and in the H-ras GDP complex (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito and Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 26 ページ: 525-543
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free energy of cell-penetrating peptide through lipid bilayer membrane : coarse-grained model simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Kawamoto, M. Takasu, T. Miyakawa, T. Oda, H. Saito, S. Futaki, H. Nagao, W. Shinoda
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 26 ページ: 503-511
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Glutathione S-transferase : Structure and Binding Character of Glutathione (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Omae, H. Saito, H. Takagi, M. Nishimura, M. Iwayama, K. Kawaguchi, H. Nagao
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 26 ページ: 545-553
  • 査読あり
• [雑誌論文] Temperature Effects on Dynamics of Spherical Micelles : A Molecular Dynamics Study (2012)
  • 著者名/発表者名: Gia Septiana Wulandari, Micke Rusmerryani, Shuhei Kawamoto, Hiroaki Saito, Kiyoshi Nishikawa, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 2 ページ: 59-68
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Studies on Structure and Dynamics of Spherical Micelles (2012)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Gia Septiana Wulandari, Shuhei Kawamoto, Hiroaki Saito, Kiyoshi Nishikawa, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: Recent Development in Computational Science 巻: 2 ページ: 69-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study on Binding Free Energy of Azurin-Cytochrome c551 Complex (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Saito, M. Iwayama, T. Mizukami, J. Kang, M.Tateno, H. Nagao
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 556 ページ: 297-302
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.12.016
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Analyses of the Dissociation Process of ADP from Hsp90 (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kawaguchi, H. Takagi, M. Iwayama, M.Nishimura, T. Miyakawa, H. Saito, M. Takasu, H.Nagao
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 24 ページ: 3791-3795
  • DOI: 10.1002/qua.24229
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Structure and Lateral Pressure Profile (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Saito, M. Iwayama, H. Takagi, M. Nishimura, T. Miyakawa, K. Kawaguchi, M. Takasu, T. Mizukami, H. Nagao
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 24 ページ: 3834-3839
  • DOI: 10.1002/qua.24248
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free energy of cell-penetrating peptide through lipid bilayer membrane: coarse-grained model simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Kawamoto, M. Takasu, T. Miyakawa, T. Oda, H. Saito, S. Futaki, H. Nagao, W. Shinoda
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 26 ページ: 503-511
  • DOI: 10.1007/978-94-007-5297-9_29
  • ISBN: 9789400752962, 9789400752979
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Glutathione S-transferase: Structure and Binding Character of Glutathione (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Omae, H. Saito, H. Takagi, M. Nishimura, M. Iwayama, K. Kawaguchi, H. Nagao
  • 雑誌名: Progress in Theoretical Chemistry and Physics 巻: 26 ページ: 545-553
  • DOI: 10.1007/978-94-007-5297-9_32
  • ISBN: 9789400752962, 9789400752979
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Studies of Lipid Bilayer with Gramicidin A: Effects of Gramicidin A on Membrane Structure and Hydrophobic Match (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Taku Mizukami, Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masashi Iwayama, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 1 ページ: 161-170
  • DOI: 10.1002/qua.23252
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solvation Effect on the Structural Change of Globular Protein: A Molecular Dynamics Study (2012)
  • 著者名/発表者名: Taku Mizukami, Hiroaki Saito, Shuhei Kawamoto,Takeshi Miyakawa, Masashi Iwayama, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 1 ページ: 344-350
  • DOI: 10.1002/qua.23251
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cell-Penetrating Peptide Induces Various Deformations of Lipid Bilayer Membrane: Inverted Micelle,Double Bilayer, and Transmembrane (2012)
  • 著者名/発表者名: Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masako Takasu, Ryota Morikawa, Tatsuki Oda, Shiroh Futaki, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 1 ページ: 178-183
  • DOI: 10.1002/qua.23177
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cholesterol Effect on Water Permeability through DPPC and PSM Lipid Bilayers : A Molecular Dynamics Study (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Wataru Shinoda
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 巻: 115 ページ: 15241-15250
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cholesterol Effect on Water Permeability through DPPC and PSM Lipid Bilayers : A Molecular Dynamics Study (2011)
  • 著者名/発表者名: 斎藤大明、篠田渉
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 巻: 115 号: 51 ページ: 15241-15250
  • DOI: 10.1021/jp201611p
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Electrostatic Potential along Lipid Bilayer with Gramicidin A
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Megumi Nishimura, Hiroyuki Takagi, Takeshi Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 633-636
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of scoring functions for protein-ligand docking
  • 著者名/発表者名: Meidy T. Pakpahan, Micke Rusmerryani, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 645-648
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transition State Analysis of Azurin via Go-like Model
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Meidy T. Pakpahan, Megumi Nishimura, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 641-644
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study on Entrainment Phenomenon in Model Molecular Systems
  • 著者名/発表者名: Hidemi Nagao, Michke Rusmerryani, Acep Purqon, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 729-732
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR : A molecular Dynamics Study
  • 著者名/発表者名: Megumi Nishimura, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 654-657
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP : protein-ligand binding dynamics
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroyuki Takagi, Masako Takasu, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 637-640
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Model for Assessing Properties of Local Structures in Metalloprotein
  • 著者名/発表者名: Muhamad Koyimatu, Hideto Shimahara, Masashi Iwayama, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 626-629
  • 査読あり
• [雑誌論文] A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes : the properties of water molecules around guanine nucleotide
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito, H. Nagao
  • 雑誌名: AIP Conf. Proc 巻: 1518 ページ: 594-597
  • 査読あり
• [学会発表] Thermal Stability of Gramicidin A in Lipid Bilayer: A Free Energy Analysis (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Kazutomo Kawaguchi, Taku Mizukami, Takeshi Miyakawa, Masako Takasu, and Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 54th Sanibel Symposium
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Analysis of the site-dipole fields around guanine nucleotides in the Hras-GTP and Hras-GDP complexes (2014)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 54th Sanibel Symposium
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Hras-GTP/GDP の GTP/GDP周辺にある水分子水素結合場の分子動力学法による研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 杉森公一,川口一朋, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 日本物理学会第69回年次大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] 分子動力学法によるタンパク質－基質分子間の自由エネルギープロフィール (2014)
  • 著者名/発表者名: 川口一朋、齋藤大明、長尾秀実
  • 学会等名: 日本物理学会第69回年次大会
  • 発表場所: 神奈川
• [学会発表] 分子動力学法によるグラミシジンAの膜内安定性 (2014)
  • 著者名/発表者名: 齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 日本化学会第94春季年会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Molecular dynamics study on mean force and free energy difference between Hsp90 and ADP (2014)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, Hidemi NAGAO
  • 学会等名: Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki SAITO, Masashi IWAYAMA, Kazutomo KAWAGUCHI, Taku MIZUKAMI, Takeshi MIYAKAWA, Masako TAKASU, and Hidemi NAGAO
  • 学会等名: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, Hidemi NAGAO
  • 学会等名: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] Protein--protein interactions of Azurin complex in liquid system (2013)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, and Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System (2013)
  • 著者名/発表者名: Muhamad KOYIMATU, Hideto SHIMAHARA, Kimikazu SUGIMORI, Kazutomo KAWAGUCHI, Hiroaki SAITO, and Hidemi NAGAO
  • 学会等名: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] MD法とQM/MM計算によるブルー銅タンパク質の酸化還元電位に関する理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩山 将士，齋藤 大明，杉森 公一，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Theoretical studies on effects of protein--protein interactions on azurin complex stability by coarse-grained model (2013)
  • 著者名/発表者名: Rusmerryani Micke，Takasu Masako，Kawaguchi Kazutomo，Saito Hiroaki，Nagao Hidemi
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Theoretical Study of a π-stacking Interaction Effect to the Orientation of His64 of Carbonic Anhydrase (2013)
  • 著者名/発表者名: Koyimatu Muhamad，Shimahara Hideto，Sugimori Kimikazu，Sugimori Tetsuya，Saito Hirosaki，Kawaguchi Kazutomo，Nagao Hidemi
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Structure and stability of the binding of HNP-1 with DPPC lipid bilayer: a molecular dynamics study (2013)
  • 著者名/発表者名: Primasari Nandia，Saito Hiroaki，Nurbaiti Santi，Kawaguchi Kazutomo，Nagao Hidemi
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Hsp90とADPの解離過程における自由エネルギープロフィールと相互作用解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 川口 一朋，齋藤 大明，長尾 秀実
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 脂質二重層膜におけるグラミシジンAの静電ポテンシャル特性と電場応答 (2013)
  • 著者名/発表者名: 齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第7回分子科学討論会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Electrostatic potential and lateral pressure profile of lipid bilayer containing gramicidin A in effective electrostatic field (2013)
  • 著者名/発表者名: 齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Analysis of network of water molecules in molecular dynamics simulations of Hras-GTP and GDP complexes (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Free energy profile and dissociation pathway in the dissociation process of ADP from Hsp90 (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Development of new algolithm for calculation of the energy distribution function by GPGPU (2013)
  • 著者名/発表者名: Takuhito Shiogama, Tsuhito Yoshida, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Theoretical study on the structural stability of the vesicle by parallelized coarse-grained simulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsuhito Yoshida, Kazuma Tamura, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Theoretical study on the self-assembly of satellite tobacco mosaic virus using coarse grained simulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Masato Teranishi, Micke Rusmerryani, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第51回生物物理年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Theoretical studies of redox potential for metalloprotein by combining MD and QM/MM simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Masashi Iwayama, Hiroaki Saito, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 3rd International Conference on Molecular Simulatio
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Thermal Statibilty of Gramicidin A in Lipid Bilayer: A Molecular Dynamics Study (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Kawaguchi Kazutomo, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 3rd International Conference on Molecular Simulation
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Molecular dynamics study on mean force between Hsp90 and ADP (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 3rd International Conference on Molecular Simulation
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Theoretical studies on oxidation of molecules by combining MD and QM/MM calculations (2013)
  • 著者名/発表者名: Masashi Iwayama, Isman Kurniawan, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 53rd Sanibel Symposium
  • 発表場所: Florida, USA
• [学会発表] Hras-GTP内におけるGTP周辺にある水分子の分子動力学法による研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 杉森公一, 川口一朋, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 第６８回 日本物理学会 春季大会
  • 発表場所: 広島
• [学会発表] Molecular dynamics study of gramicidin A in lipid bilayer: structure and lateral pressure profile (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Hiroyuki Takagi, Kazutomo Kawaguchi, and Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 5th International Symposium on Computational Sciences (ISCS) 2012
  • 発表場所: Yogyakarta, Indonesia
  • 招待講演
• [学会発表] Free energy profile for binding of ADP to Hsp90 by molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Hiroyuki Takagi, Masashi Iwayama, Hiroaki Saito, and Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 5th International Symposium on Computational Sciences (ISCS) 2012
  • 発表場所: Yogyakarta, Indonesia
  • 招待講演
• [学会発表] 脂質二重層膜におけるグラミシジンAの構造と圧力特性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第６回分子化学討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Dual Go-Modelを用いたジヒドロ葉酸還元酵素の構造遷移解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 寺西 壯登，川口 一朋，齋藤 大明，長尾 秀実
  • 学会等名: 第６回分子化学討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 炭酸脱水酵素の水素結合ネットワークとHis64 (2012)
  • 著者名/発表者名: 島原 秀登，杉森 公一，岩山 将士，杉森 哲也，川口 一朋，齊藤 大明，吉田 卓也，中沢 隆，大久保 忠恭，小林 祐次，長尾 秀実
  • 学会等名: 第６回分子化学討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] GPGPUによるエネルギー分布関数計算の高速化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 塩釜 拓仁，齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第６回分子化学討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 分子動力学計算における相互作用計算の高速化手法の評価 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田 津日門，齋藤 大明，川口 一朋，長尾 秀実
  • 学会等名: 第６回分子化学討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Free energy profile for binding of ADP to Hsp90 with molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kawaguchi, H. Takagi, M. Iwayama, M. Nishimura, H. Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第５０回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Structure and lateral pressure profile of lipid bilayer containing gramicidin A by molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Saito, M. Iwayama, M. Nishimura, H. Takagi, K. Kawaguchi, H. Nagao
  • 学会等名: 第５０回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Analysis of water molecules in molecular dynamics simulations of H-ras GTP and GDP complexes (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第５０回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Solvation free energy in protein docking process (2012)
  • 著者名/発表者名: Taku Mizukami, Hiroaki Siato, Hidemi Nagao
  • 学会等名: 第５０回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Binding Free Energy of Azurin–Cytochrome c551 Complex by all-atom Molecular Dynamics Simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Saito, M. Iwayama, T. Mizukami, K. Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: Conference on Computational Physics (CCP2012)
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] Free energy profile of Hsp90-ADP binding by molecular dynamics simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kawaguchi, H. Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: Conference on Computational Physics (CCP2012)
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] Hsp90 との結合・解離における ADP の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 川口一朋, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] 脂質二重層膜におけるグラミシジン A の構造と圧力特性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 齋藤大明, 川口一朋 , 長尾秀実
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kawaguchi, H. Takagi, M. Takasu, H. Saito, H. Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Theoretical Model for Assessing Properties of Local Structures in Metalloprotein (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Koyimatu, H. Shimahara, M. Iwayama, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito, H. Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Oxidation Potential of Ketone Molecule: Structural Fluctuation Dependence (2012)
  • 著者名/発表者名: Isman Kurniawan, Muhamad Koyimatu, Masashi Iwayama, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes: the properties of water molecules around guanine nucleotide (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Miyakawa, R. Morikawa, M. Takasu, K. Sugimori, K. Kawaguchi, H. Saito, H. Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR: A molecular Dynamics Study (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Nishimura, H. Saito, K. Kawaguchi, H. Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Evaluation of scoring functions for protein-ligand docking (2012)
  • 著者名/発表者名: Meidy T. Pakpahan, Micke Rusmerryani, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Transition State Analysis of Azurin via Go-like Model (2012)
  • 著者名/発表者名: Micke Rusmerryani, Meidy T. Pakpahan, Megumi Nishimura, Masako Takasu, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Molecular dynamics study of electrostatic potential along lipid bilayer with gramicidin A (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Megumi Nishimura, Hiroyuki Takagi, Takeshi, Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Theoretical study on entrainment phenomenon in model molecular systems (2012)
  • 著者名/発表者名: Hidemi Nagao, Michke Rusmerryani, Acep Pruqon, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Molecular dynamics analyses of dissociation process of ADP from Hsp90 (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kawaguchi, H. Takagi, M. Iwayama, H. Saito, H. Nagao
  • 学会等名: International Symposium On Computational Science 2013
  • 発表場所: Kanazawa, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical Study of π-stacking Interaction in Carbonic Anhydrase (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Koyimatu, H. Shimahara, K. Kawaguchi, H. Saito, and H. Nagao
  • 学会等名: International Symposium On Computational Science 2013
  • 発表場所: Kanazawa, Japan
• [学会発表] Binding Free Energy of Protein-Ligand by combining Docking and MD Simulation: A Comparison of Calculation Methods (2012)
  • 著者名/発表者名: M. T. Pakpahan, H. Saito, K. Kawaguchi, and H. Nagao
  • 学会等名: International Symposium On Computational Science 2013
  • 発表場所: Kanazawa, Japan
• [学会発表] Computational Study of Oxidation Potential Fluctuation of Ketone Molecule (2012)
  • 著者名/発表者名: Isman Kurniawan, H. Saito, K. Kawaguchi, H. Nagao
  • 学会等名: International Symposium On Computational Science 2013
  • 発表場所: Kanazawa, Japan
• [学会発表] Molecular dynamics study of gramicidin A in lipid bilayer: structure and energetics" (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Hiroyuki Takagi, Takeshi Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Masako Takasu, and Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 52nd Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and prince beach & golf resort , アメリカ
• [学会発表] Molecular dynamics simulaitoins of the N-terminal domain of Hsp90 with nucleotides (2012)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi Massashi Iwayama, Hiroyuki Takagi, Takeshi Miyakawa, Hiroaki Saito, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 52nd Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and prince beach & golf resort , アメリカ
• [学会発表] Molecular dynamics simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex (2012)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Msako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 52nd Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and prince beach & golf resort , アメリカ
• [学会発表] Solvation effect on the protein docking process: a molecular dynamics study (2012)
  • 著者名/発表者名: Taku Mizukami, Hiroaki Saito, Takeshi Miyakawa, Masashi Iwayama, Masako Takasu, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The 52nd Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and prince beach & golf resort , アメリカ
• [学会発表] Binding free energy of oxidized Azurin - reduced Cytochrome c551 Complex (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Taku Mizukami, Hidemi Nagao
  • 学会等名: The Seventh Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)
  • 発表場所: 早稲田大学, 東京
• [学会発表] Theoretical Study on the Redox Reaction of Azurin in Water Solvent (2011)
  • 著者名/発表者名: Masashi Iwayama, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] Structural analysis of ligand binding mechanism of Hsp90 (2011)
  • 著者名/発表者名: Kazutomo Kawaguchi, Acep Purqon, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] Free energy of cell-penetrating peptide in lipid bilayer membrane: coarse-grained simulation (2011)
  • 著者名/発表者名: Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masako Takasu, Ryota Morikawa, Tatsuki Oda, Hiroaki Saito, Shiroh Futaki
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] The potentials of the atoms around Mg2+ in the H-ras GTP complex and in the H-ras GDP complex (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Miyakawa, Ryota Morikawa, Masako Takasu, Kimikazu Sugimori, Kazutomo Kawaguchi, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] Structure and dynamics of glutathione and glutathione-transferaseT2-2: a molecular dynamics study (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuriko Omae, Hiroaki Saito, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] Free energy profile of water across cholesterol containing lipid bilayer (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Saito, Wataru Shinoda
  • 学会等名: XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics (QSCP-XVI)
  • 発表場所: 石川県立美術館, 石川県
• [学会発表] グラミシジンAを添加した脂質二重層膜の分子動力学シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 齋藤大明，アチェププルコン，川口一朋，長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 分子動力学法によるＤＨＦＲの構造変位に対する自由エネルギー変化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西村めぐみ, 齋藤大明, 川口一朋, AcepPurqon, 長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 分子動力学法によるHsp90と基質分子の自由エネルギー解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川口一朋、Acep Purqon、齋藤大明、長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] ドパミン受容体－リガンド分子間の結合自由エネルギー解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 高木 啓行，川口 一朋，齋藤 大明，Acep Purqon，長尾 秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 溶液中における鉄イオンFe2+/Fe3+の酸化還元電位に関する理論的研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩山将士, 齋藤大明, 川口一朋, 長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるグルタチオンとグルタチオン転移酵素T2-2の結合エネルギー計算 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大前裕莉子，齋藤大明，川口一朋，長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 量子化学計算によるアスコルビン酸の酸化還元電位 (2011)
  • 著者名/発表者名: 杉森哲也，齋藤大明，川口一朋，西川清，長尾秀実
  • 学会等名: 第５回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター, 北海道
• [学会発表] 膜透過ペプチドによる脂質二重膜の構造変化の膜曲げ弾性依存 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川本周平, 高須昌子, 宮川毅, 森河良太, 小田竜樹, 齋藤大明, 二木史朗, 長尾秀実
  • 学会等名: 第４９回生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大学, 兵庫県
• [学会発表] H-ras GTP複合体とH-ras GDP複合体の分子動力学シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 第４９回生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大学, 兵庫県
• [学会発表] C型肝炎ウイルスにおけるNS3セリンプロテアーゼ阻害剤cVH種に関する分子動力学シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩山将士, 川口一朋, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 第４９回生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大学, 兵庫県
• [学会発表] PYP構造変化に伴う溶媒和自由エネルギーの変化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 水上卓, 齋藤大明, 長尾秀実
  • 学会等名: 第４９回生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大学, 兵庫県
• [学会発表] Azurin-Cytochrome c551 複合体の結合自由エネルギー (2011)
  • 著者名/発表者名: 齋藤大明, 岩山将士, 水上卓, 西川清
  • 学会等名: 第２回計算統計物理学研究会
  • 発表場所: 金沢大学, 石川県
• [学会発表] コレステロールを含んだ脂質二重膜の水分子透過性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 齋藤大明，篠田渉
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学, 東京
• [学会発表] 熱力学的積分法を用いた Hsp90 と基質分子の結合自由エネルギープロフィール (2011)
  • 著者名/発表者名: 川口一朋，A. Purqon，齋藤大明，長尾秀実
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学, 東京
• [学会発表] Hras-GTP 結合系ならびに Hras-GDP 結合系の分子動力学シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮川毅，森河良太，高須昌子，杉森公一， 川口一朋，齋藤大明，長尾秀実
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学, 東京
• [学会発表] 膜透過ペプチドの脂質二重膜内における自由エネルギー (2011)
  • 著者名/発表者名: 川本周平，高須昌子，宮川毅，森河良太，小田竜樹，齋藤大明，二木史朗，長尾秀実
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学, 東京