ＳＩＮＥ法を用いたアカガエル類の系統関係の解明と大陸移動に関わる分岐年代の再推定

• 研究課題/領域番号: 23770088
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 倉林 敦 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (00327701)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2011年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
• キーワード: 転移因子 / SINE / 生物系統地理 / 系統解析 / 両生類 / カエル亜目 / ヒメアマガエル類 / マダガスカルガエル類 / アカガエル類 / アフリカガエル類 / 分岐年代 / 国際情報交換 ドイツ / LINE / マダガスカルガエル科 / SINE法 / 系統地理 / 大陸移動 / アカガエル科 / ヒメアマガエル科 / 次世代シークエンサー

研究概要

アカガエル類(上科)は、大陸移動に伴い分布拡大と系統分岐を生じた分類群とされるが、従来の分子系統解析では解決できない系統額上の問題が数多く残っている。そこで従来法にはない利点を持つ、転移因子SINEの挿入に基づく系統解析によって、これらの問題を解決することを最終目的として研究を行った。これまでにアカガエル類が属するカエル亜目からはSINE配列が発見されていなかったが、本研究により、ツメガエル類で発見されていたSINE2-1XTホモログが、現生両生類の共通祖先で獲得され、多くの両生類ゲノムに現存していることが明らかとなり、アカガエル類において本SINEを用いた系統解析が初めて可能となった。

研究成果

• [雑誌論文] Afrobatrachian mitochondrial genomes : genome reorganization, gene rearrangement mechanisms, and evolutionary trends of duplicated and rearranged genes (2013)
  • 著者名/発表者名: Kurabayashi, A. & M. Sumida
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 14 号: 1 ページ: 633-633
  • DOI: 10.1186/1471-2164-14-633
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new species of Kalophrynus (Amphibia, Anura, Microhylidae) from Southern peninsular Malaysia (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsui, M., K.Nishikswa, D.Belabut, A.Norhayati, H.-S.Yong
  • 雑誌名: Zootaxa 巻: 3,155 号: 1 ページ: 38-46
  • DOI: 10.1186/1471-2148-11-175
  • 査読あり
• [学会発表] Discovery and phylogenetic distribution of a short interspersed nuclear element (SINE) subgroup in neobatrachian frogs (2014)
  • 著者名/発表者名: Kurabayashi, A., N. Furuno, M. Sumida, H. Mizuno, K. Ohshima, & M. Vences.
  • 学会等名: IABHU International symposium - Frontiers in Amphibian Biology : Endangered Species Conservation and Genome Editing
  • 発表場所: Hiroshima, Japan
• [学会発表] Discovery and phylogenetic distribution of a short interspersed nuclear element (SINE) subgroup in neobatrachian frogs (2014)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kurabayashi, Nobuaki Furuno, Masayuki Sumida, Hideaki Mizuno, Kazuhiko Ohshima, Miguel Vences
  • 学会等名: IABHU International Symposium - Frontiers in Amphibian Biology: Endangered Species Conservation and Genome Editing -
  • 発表場所: 東広島市 広島大学 西条キャンパス
• [学会発表] カエル亜目におけるSINE(short interspersed nuclear element)の発見と系統的分布 (2013)
  • 著者名/発表者名: 倉林敦・古野伸明・住田正幸・水野英明・大島一彦・Miguel Vences
  • 学会等名: 日本爬虫両棲類学会第52回大会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] カエル亜目におけるSINE（short interspersed nuclear element）の発見と系統的分布 (2013)
  • 著者名/発表者名: 倉林 敦、古野伸明、住田正幸、水野英明、大島一彦、Miguel Vences
  • 学会等名: 日本爬虫両棲類学会
  • 発表場所: 札幌市 東海大学 札幌キャンパス
• [学会発表] From Antarctica or Asia? New colonization scenario for Australian‐New Guinean narrow mouth toads suggested from the findings on a mysterious genus Gastrophrynoides (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurabayashi, A., Matsui, M., Daicus, M.B., ong, H.-S., Ahmad, N., Ahmad, S., Kuramoto, M., Hamidy,A., & Sumida, M.
  • 学会等名: 7th World Congress of Herpetlogy
  • 発表場所: Vancouver, Canada
• [学会発表] From Antarctica or Asia? New colonization scenario for Australian-New Guinean narrow mouth toads suggested from the findings on a mysterious genus Gastrophrynoides (2012)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kurabayashi, Masafumi Matsui, Daicus M Belabut, Hoi-Sen Yong, Norhayati Ahmad, Ahmad Sudin, Mitsuru Kuramoto, Amir Hamidy, and Masayuki Sumida
  • 学会等名: 7th World Congress of Herpetology
  • 発表場所: バンクーバー カナダ
• [学会発表] オセアニアヒメアマガエル亜科はどこからきたのか? : 亜科所属不明属Gastrophrynoidesの系統的位置に基づく推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 倉林敦・松井正文・Amir Hamidy・Daicus M.Belabat・倉本満・住田正幸
  • 学会等名: 日本爬虫両棲類学会第50回記念大会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] オセアニアヒメアマガエル亜科はどこからきたのか？：亜科所属不明属Gastrophrynoidesの系統的 位置に基づく推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 倉林敦・松井正文・Amir Hamidy・Daicus M. Belabat・倉本満・住田正幸
  • 学会等名: 日本爬虫両棲類学会 第50回記念大会
  • 発表場所: 京都市左京区北白川追分町 京都大学吉田キャンパス
• [備考] 広島大学 両生類研究施設HP
  • URL: http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/main/InstAmphBiol/homu.html
• [備考] 両生類研究施設 進化多様性・生命サイクル 研究グループHP
  • URL: http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/sumida/
• [備考] 広島大学大学院理学研究科 附属両生類研究施設 HP
  • URL: http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/main/InstAmphBiol/homu.html
• [備考] 広島大学大学院理学研究科 附属両生類研究施設 進化多様性・生命サイクル研究グループ HP
  • URL: http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/sumida/
• [備考]
  • URL: http://home.hiroshima-u.ac.jp/~amphibia/sumida/