分子マーカーを用いた日本列島のコケ植物の遺伝構造と空中のリソースに関する研究

• 研究課題/領域番号: 23770089
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 坪田 博美 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10332800)
• 研究期間 (年度): 2011-04-28 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2011年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: コケ植物 / 散布 / 分布 / DNAバーコーディング / ハプロタイプ / 藻類 / シダ植物 / 地理的変異 / 葉緑体ゲノム / 緑藻類 / 葉緑体 / 蘚類 / 日本列島

研究成果の概要

コケ植物のフロラの成立過程を明らかにするため，大気中から回収された散布体と地上に生育する植物体のハプロタイプの比較を行った．また，得られたサンプルについてDNAバーコーディングを行い，サンプルの同定を試みた．本研究の結果，葉緑体ゲノムを対象としたDNAハプロタイプマーカーが開発できた．また，大気中から得られたサンプルとして，コケ植物とシダ植物，藻類が確認された．DNAバーコーディングの結果，コケ植物の一部の種は日本で未記録の種と推定された．アカイチイゴケについては葉緑体ハプロタイプが4つ確認された．一方でコケ植物のDNAバーコードライブラリの必要性が示唆された．

研究成果

• [雑誌論文] 標本同定のツールとしてのDNAバーコーディング－植物標本の例－ (2015)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二
  • 雑誌名: 広島大学総合博物館研究報告 巻: 6 ページ: 41-49
  • NAID: 40020417810
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 考古資料に対するDNAバーコーディングの可能性 (2015)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保
  • 雑誌名: 厳島研究 巻: 11 ページ: 13-23
  • NAID: 120007033498
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 宮島の自然－その現状と課題－ (2014)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美
  • 雑誌名: 厳島研究 巻: 10 ページ: 1-18
  • NAID: 120007033497
  • 査読あり
• [雑誌論文] Notes on Clastobryella tenella and Gammiella ceylonensis (Sematophyllaceae, Bryopsida) in Japan (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., Inoue, Y. & Tsubota, H.
  • 雑誌名: Hattoria 巻: 5 ページ: 101-113
  • NAID: 130005436880
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] On the systematic position of the genus Timmiella (Dicranidae, Bryopsida) and its allied genera, with the description of a new family Timmiellaceae (2014)
  • 著者名/発表者名: Inoue, Y. & Tsubota, H.
  • 雑誌名: Phytotaxa 巻: 181 号: 3 ページ: 151-162
  • DOI: 10.11646/phytotaxa.181.3.3
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 標本同定のツールとしてのDNAバーコーディングと分子系統解析－広島県宮島で採集された標本の例－ (2014)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保・島本俊樹・松田伊代・内田慎治・向井誠二
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 475-490
  • NAID: 40020313396
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 広島の帰化植物5．ヒメムラサキハナナ (2014)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・中原-坪田美保・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 491-497
  • NAID: 40020313411
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Karyotype analysis of Japanese Burmannia (Burmanniaceae) (2014)
  • 著者名/発表者名: Aoyama, M. & Tsubota, H.
  • 雑誌名: Acta Phytotax. Geobot. 巻: 65 ページ: 37-42
  • NAID: 110009816922
  • 査読あり
• [雑誌論文] コモチネジレゴケが長野県で見つかる (2013)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・立石幸敏・坪田博美
  • 雑誌名: 蘚苔類研究 巻: 10 ページ: 420-420
  • 査読あり
• [雑誌論文] Notes on rhizoidal tubers in Tortula truncata (Pottiaceae, Bryophyta) from Japan (2013)
  • 著者名/発表者名: Inoue, Y., Uchida, S. & Tsubota, H.
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 299-302
  • NAID: 40019933471
  • 査読あり
• [雑誌論文] Taxonomic studies of the Trichocoleaceae in Southeast Asia. III. The genus Trichocolea Dumort. (2013)
  • 著者名/発表者名: Katagiri, T., Sadamitsu, A., Miyauchi, H., Tsubota, H. & Deguchi, H.
  • 雑誌名: Hattoria 巻: 4 ページ: 1-42
  • NAID: 130005436812
  • 査読あり
• [雑誌論文] Notes on Aptychella (Sematophyllaceae, Bryopsida): Yakushimabryum longissimum, syn. nov. (2013)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., Inoue, Y., Tsubota, H. & Iwatsuki, Z.
  • 雑誌名: Hattoria 巻: 4 ページ: 107-118
  • NAID: 130005436835
  • 査読あり
• [雑誌論文] 広島の帰化植物4. イヌカキネガラシおよびその近縁種 (2013)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・久保晴盛・大野彰洋・井上侑哉・中原-坪田美保・武内一恵・松井健一・内田慎治・向井誠二
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 321-334
  • NAID: 40019933529
  • 査読あり
• [雑誌論文] Geographical origin of Leucobryum boninense Sull. & Lesq. (Leucobryaceae, Musci) endemic to the Bonin Islands, Japan (2013)
  • 著者名/発表者名: Oguri, E., Yamaguchi, T., Tsubota, H., Deguchi, H. & Murakami, N.
  • 雑誌名: Ecol. Evol 巻: 3(4) 号: 4 ページ: 753-762
  • DOI: 10.1002/ece3.492
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenetic note on Pachyneuropsis miyagii T.Yamag. (Pottiaceae, Bryophyta) (2012)
  • 著者名/発表者名: Inoue, Y., Tsubota, H., Sato, H. & Yamaguchi, T.
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 221-228
  • NAID: 40019546962
  • 査読あり
• [雑誌論文] Trichocolea japonica（新称: イボイボムクムクゴケ）の新産地 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・立石幸敏・片桐知之・坪田博美
  • 雑誌名: 蘚苔類研究 巻: 10 ページ: 291-292
  • NAID: 110009657541
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic differentiation between Dendroceros japonicus and D. tubercularis (2012)
  • 著者名/発表者名: Oguri, E., Yamaguchi, T., Tsubota, H., Deguchi, H. & Murakami, N.
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 215-220
  • 査読あり
• [雑誌論文] 広島の帰化植物3. トゲヂシャとマルバトゲヂシャ (2012)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・久保晴盛・武内一恵・中原-坪田美保・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 197-202
  • NAID: 40019546907
  • 査読あり
• [雑誌論文] ニセツリガネゴケが広島県で見つかる (2012)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・井上侑哉・長谷信二・坪田博美
  • 雑誌名: 蘚苔類研究 巻: 10 ページ: 228-229
  • NAID: 110009657515
  • 査読あり
• [雑誌論文] A note on Pottia intermedia (Turner) Furnr. (Pottiaceae, Bryopsida) with special reference to its phylogeny and new localities in SW Japan. (2011)
  • 著者名/発表者名: Inoue, Y., Tsubota, H., Kubo, H., Uchida, S., Mukai, S., Shimamura, M. & Deguchi, H.
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 67-78
  • NAID: 40019142285
  • 査読あり
• [雑誌論文] The phylogenetic position of Vandiemenia ratkowskiana (Metzgeriales, Marchantiophyta) (2011)
  • 著者名/発表者名: Masuzaki, H., Furuki, T., Dalton, P. J., Tsubota, H., Seppelt, R. D. & Deguchi, H.
  • 雑誌名: Hikobia 巻: 16 ページ: 51-57
  • 査読あり
• [学会発表] 日本産閉鎖果蘚類コゴケ属ツボゴケ亜属（センボンゴケ科，蘚類）の分子系統解析と胞子嚢の形態比較 (2015)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物分類学会第14回大会
  • 発表場所: 福島大学
  • 年月日: 2015-03-05 – 2015-03-09
• [学会発表] 大気中から捕捉された隠花植物とくにコケ植物 (2014)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・島本俊樹・久保晴盛・半田信司・井上侑哉・中原-坪田美保・正田いずみ・内田慎治・向井誠二
  • 学会等名: 日本植物学会第78回大会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2014-09-11 – 2014-09-14
• [学会発表] ウツクシツヤシメリゴケSchofieldiella micansの新産地と分子系統解析結果 (2014)
  • 著者名/発表者名: 金元熙・出口博則・山口富美夫・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第43回大会
  • 発表場所: 奥入瀬渓流ホテル，青森県十和田市
  • 年月日: 2014-08-26 – 2014-08-28
• [学会発表] イボスジネジクチゴケ（センボンゴケ科，蘚類）の系統・分類学的研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・久保晴盛・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第43回大会
  • 発表場所: 奥入瀬渓流ホテル，青森県十和田市
  • 年月日: 2014-08-26 – 2014-08-28
• [学会発表] 閉鎖果蘚類の系統的位置について (2014)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・佐藤裕幸・坪田博美
  • 学会等名: 日本進化学会第16回大会
  • 発表場所: 高槻現代劇場，大阪府高槻市
  • 年月日: 2014-08-21 – 2014-08-24
• [学会発表] 大気中から捕捉されたコケ植物 (2014)
  • 著者名/発表者名: 島本俊樹・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [学会発表] 葉の組織内に生育する藻類 Cephaleuros minimus（スミレモ科，アオサ藻綱）の分子系統学的研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 正田いずみ・半田信司・中原-坪田美保・溝渕綾・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [学会発表] 広島城のタンポポ属植物の経年変化と識別 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大野彰洋・根平邦人・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [学会発表] 瀬戸内海島嶼部で見つかったイボスジネジクチゴケ（センボンゴケ科，セン類）について (2014)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・久保晴盛・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会第71回大会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [学会発表] シラカバの樹皮を赤く染めるシラカバスミレモ（スミレモ科，アオサ藻綱）の分類・系統学的研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 半田信司・正田いずみ・溝渕綾・久米篤・小椋崇広・中原-坪田美保・坪田博美
  • 学会等名: 日本藻類学会第38回大会
  • 発表場所: 船橋
• [学会発表] セン類センボンウリゴケ属の系統・分類学的位置づけ (2014)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物分類学会第13回大会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] 日本産ミズゴケ類の潜在分布域の推定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本生態学会第61回大会
  • 発表場所: 広島
• [学会発表] 広島県宮島で見つかったフラスコモダマシ (車軸藻綱，シャジクモ目) の形態と系統 (2014)
  • 著者名/発表者名: 溝渕綾・坪田博美・加藤将・坂山英俊・関 太郎・向井誠二・半田信司
  • 学会等名: 日本藻類学会第38回大会
  • 発表場所: 船橋
• [学会発表] 大気中から捕捉された隠花植物とくにコケ植物について (2014)
  • 著者名/発表者名: 島本俊樹・正田いずみ・久保晴盛・井上侑哉・半田信司・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本生態学会第61回大会
  • 発表場所: 広島
• [学会発表] ツバキの葉裏にできる伏毛の脱落痕にひそむCephaleuros minimus (スミレモ科，アオサ藻綱) (2014)
  • 著者名/発表者名: 正田いずみ・溝渕綾・半田信司・周藤靖雄・坪田博美
  • 学会等名: 日本藻類学会第38回大会
  • 発表場所: 船橋
• [学会発表] 欧米および日本産Myrmecia (緑藻類，トレボウクシア藻綱) の分類学的検討 (2014)
  • 著者名/発表者名: 時澤味佳・坪田博美・半田信司・竹下俊治
  • 学会等名: 日本藻類学会第38回大会
  • 発表場所: 船橋
• [学会発表] 気生藻類のミノスミレモ（アオサ藻綱）に寄生するスミレモ類"マイフィー"の生活史と微細構造 (2013)
  • 著者名/発表者名: 半田信司・正田いずみ・坪田博美・中原‐坪田美保
  • 学会等名: 日本植物学会第77回大会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] 広島県で再発見されたハナシセンボンゴケTortula truncata (Hedw.) Mitt.について (2013)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・内田慎治・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] 三面分布図とGISを活用したコケ植物における分布要因の推定（予報）－ミズゴケ類の事例 (2013)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本生態学会中国四国地区会第57回大会
  • 発表場所: 徳島
• [学会発表] GIS（地理情報システム）を用いた日本産ミズゴケ類の分布特性の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] スミレモ科藻類の隔壁構造に関する分子系統学的および形態学的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 正田いずみ・半田信司・中原-坪田美保・溝渕綾・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会第70回大会
  • 発表場所: 徳島
• [学会発表] 大気中から捕捉されたコケ植物 (2013)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・島本俊樹・久保晴盛・半田信司・井上侑哉・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二
  • 学会等名: 日本植物学会第77回大会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] DNAマーカーで見たセン類アカイチイゴケの地理的変異 (2013)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・久保晴盛・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] DNAマーカーを利用した生物の識別の教材化（予報）－タンポポ類を例に－ (2013)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・正田いずみ・久保晴盛・今井丈暁・鉄川公庸・山本草平・大野彰洋・柳沢温郷・新宮 興・田口智之・笠原佳菜・井上桂那子・岸田宜治
  • 学会等名: 日本生物教育学会第94回全国大会
  • 発表場所: 東広島市
• [学会発表] Pachyneuropsis miyagii（Pottiaceae）の系統的位置 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・坪田博美・山口富美夫
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第41回北海道大会
  • 発表場所: 北海道斜里郡斜里町
• [学会発表] 広島県宮島のTuyamaella molischii (Schiffner) S.Hatt.モーリッシュシゲリゴケについて (2012)
  • 著者名/発表者名: 内田慎治・井上侑哉・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会第41回北海道大会
  • 発表場所: 北海道斜里郡斜里町
• [学会発表] 広島県宮島の蘚苔類フロラ (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 中国四国植物学会第69回大会
  • 発表場所: 松江市
• [学会発表] A preliminary study on dispersal and genetic variability within and among populations in the moss Pseudotaxiphyllum pohliaecarpum (2012)
  • 著者名/発表者名: Kubo, H., Mukai, S. & Tsubota, H.
  • 学会等名: Joint Meeting of the 59th Annual Meeting of ESJ and the 5th EAFES International Congress
  • 発表場所: 大津
• [学会発表] 蘚類センボンウリゴケTimmiella anomalaの日本国内での分布と分子系統学的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • 発表場所: 吹田
• [学会発表] 蘚類アカイチイゴケPseudotaxiphyllum pohliaecarpum種内の多様性解析を目的としたDNAマーカー探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • 発表場所: 吹田
• [学会発表] 葉緑体遺伝子大規模データセットに基づくセン類の分子系統解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 定光 淳・坪田博美*・嶋村正樹・榊原恵子・山口登美夫・出口博則
  • 学会等名: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • 発表場所: 吹田
• [学会発表] Bryophytes captured from the atmosphere. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kubo, H., Handa, S., Nakahara-Tsubota, M., Mukai, S. & Tsubota, H.
  • 学会等名: XVIII International Botanical Congress (IBC2011)
  • 発表場所: オーストラリア・メルボルン
• [学会発表] Molecular phylogenetics and ordinal relationships of bryophytes as inferred from a large-scale dataset of chloroplast rbcL sequences of bryophytes (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsubota, H., De Luna, E., Kubo, H., Masuzaki, H., Oguri, E., Mohamed, H., Suleiman, M., Dalton, P. J., Seppelt, R. D., Yong, K. T., Itouga, M., Shimamura, M., Estebanez, B. & Deguchi, H.
  • 学会等名: XVIII International Botanical Congress (IBC2011)
  • 発表場所: オーストラリア・メルボルン
• [学会発表] 広島県新産のセンボンウリゴケTimmiella anomala (Bruch & Schimp.) Limpr.について (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・久保晴盛・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • 発表場所: 奈良
• [学会発表] 愛媛県で見つかったセンボンゴケPottia intermedia (Turner) Fürnr.について (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上侑哉・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物学会中国四国支部, 第68回大会
  • 発表場所: 高松
• [学会発表] コケ植物の散布様式と潜在的な遺伝的多様性について－蘚類アカイチイゴケPseudotaxiphyllum pohliicarpum (Sull. & Lesq.) Z.Iwats.の例－ (2011)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本生態学会中国四国地区会, 第55回大会
  • 発表場所: 高松
• [学会発表] 蘚類アカイチイゴケにおける遺伝的多様性の解析および地域間の比較 (2011)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本植物学会, 第75回大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 蘚類アカイチイゴケにおける無性芽の形態変異と多型 (2011)
  • 著者名/発表者名: 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • 発表場所: 奈良
• [学会発表] 葉緑体rbcLの大データセットにもとづくコケ植物の系統関係 (2011)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • 発表場所: 奈良
• [学会発表] 72年ぶりに日本で再発見された苔類Cololejeunea drepanolejeuneoides (Horik.) R.M.Schust.サンカクヨウジョウゴケ（Lejeuneaceae） (2011)
  • 著者名/発表者名: 内田慎治・坪田博美・山口登美夫
  • 学会等名: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • 発表場所: 奈良
• [学会発表] 地衣類に共生するスミレモ類の多様性 ～Trentepohlioidですませていていいの？～
  • 著者名/発表者名: 半田信司・坪田博美・Andreas Frisch・大村嘉人・中原-坪田美保・溝渕綾・正田いずみ
  • 学会等名: 地衣類研究会第42回大会
  • 発表場所: 広島
• [図書] 新しい植物分類学II（コケ植物の分子系統） (2012)
  • 著者名/発表者名: 日本植物分類学会（監修）, 戸部博・田村実（編著）・分担執筆 坪田博美
  • 出版者: 講談社
• [図書] 新・分子系統解析法. 日本蘚苔類学会創立40周年記念出版委員会（編）, 改訂新版・コケ類研究の手引き (2011)
  • 著者名/発表者名: 坪田博美・有川智己
  • 出版者: 日本蘚苔類学会
• [備考] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/
• [備考] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/
• [備考] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: https://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/