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計算科学によるアミロイド形成中間体の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 23770175
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関千葉工業大学 (2012-2013)
名古屋大学 (2011)

研究代表者

山本 典史  千葉工業大学, 工学部, 助教 (30452163)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードアミロイド / シミュレーション / タンパク質 / プリオン / 分子動力学 / プリオン病 / カーネル法 / 主成分分析 / アミロイド病 / アルツハイマー病 / 分子動力学法 / レプリカ交換法 / 多変量解析法
研究概要

プリオン病は,正常型プリオンタンパク質PrPCが異常型PrPScに変化し,PrPScが凝集したアミロイド線維が脳内に沈着することで発症する.プリオン病の初期過程では,PrPCの一部分が変性した過渡的中間体PrP*がPrPScへの構造変化を橋渡しする役割を担う.本研究は,PrP*の構造解析に取り組み,プリオン病の病態機序を明らかにすることを目的とした.PrP*の構造的特徴を抽出する手段として,二次構造情報に基づく新しいカーネル主成分分析(SSPCA)を開発した.SSPCAを適用した結果,PrP*の有力な候補として,PrPCの一部がヘリックス→ストランド転位した特徴的な変性状態を明らかにした.

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (2件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] A Minimal Implementation of the AMBER-PAICS Interface for Ab Initio FMO-QM/MM-MO Simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Okamoto, Takashi Ishikawa, Yoshiyuki Koyano, Norifumi Yamamoto, Kazuo Kuwata, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: Vol. 86 ページ: 210-222

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A minimal implementation of the AMBER-PAICS interface for Ab initio FMO-QM/MM-MD simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Okamoto, Takeshi Ishikawa, Yoshiyuki Koyano, Norifumi Yamamoto, Kazuo Kuwata, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 86(2) 号: 2 ページ: 210-222

    • DOI

      10.1246/bcsj.20120216

    • NAID

      10031155742

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hot Spot of Structural Ambivalence in Prion Protein Revealed by Secondary Structure Principal Component Analysis

    • 著者名/発表者名
      Norifumi Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry

      巻: (投稿中)

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] プリオン形成中間体の構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      山本典史
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-09-27
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] プリオン形成中間体の構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      山本典史
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都府民総合交流プラザ)、京都
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] 第一原理計算~構造最適化に向けた材料・デバイス別事例集~2013

    • 著者名/発表者名
      山本典史, 他
    • 出版者
      情報機構
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] 第一原理計算~構造最適化に向けた材料・デバイス別事例集~2012

    • 著者名/発表者名
      山本典史,他
    • 出版者
      情報機構
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] 第一原理計算~構造最適化に向けた材料・デバイス別事例集~2012

    • 著者名/発表者名
      山本典史(分担執筆)
    • 出版者
      情報機構
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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