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スプライシングアイソフォーム間の機能部位の差異推定法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 23770187
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関長浜バイオ大学

研究代表者

塩生 真史  長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 講師 (30345847)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2011年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワードバイオインフォマティクス / 選択的スプライシング / 機能予測 / 立体構造予測データベース / 次世代シーケンサ / プロテオミクス / 立体構造予測 / データベース / 次世代シーケンサー / 理論生物学
研究概要

選択的スプライシングにより生じるタンパク質(スプライシングアイソフォーム)の中で、機能が明らかになっている例は少ない。そこで、個々のスプライシングアイソフォームがそもそも機能を持つかどうかを推定する方法の開発を行った。開発した方法を用いて、タンパク質の立体構造形成に重要な疎水性コアの一部を欠失するスプライシングアイソフォームの評価を行ったところ、実際には約20%程度のスプライシングアイソフォームが機能を持つ可能性を初めて明らかにした。

報告書

(3件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (13件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts.2012

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 28 号: 15 ページ: 2076-2077

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts320

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DINE: A Novel Score Function for Modeling Multidomain Protein Structures with Domain Linker and Interface Restraints2012

    • 著者名/発表者名
      Satoru Hirako, Masafumi Shionyu
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 5 号: 0 ページ: 18-26

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.5.18

    • NAID

      130002124174

    • ISSN
      1882-6679
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 池田志織、高橋健一、塩生真史2013

    • 著者名/発表者名
      疎水性コア欠失型スプライシングアイソフォームの構造と機能の評価
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館、鳥取市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core2012

    • 著者名/発表者名
      Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Development of a functional and structural annotation tool of novel protein isoforms produced by alternative splicing2012

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年会
    • 発表場所
      愛知
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 塩生真史保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析2012

    • 著者名/発表者名
      池田志織,高橋健一
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      愛知
    • 年月日
      2012-06-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu2012

    • 著者名/発表者名
      Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core.
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場、マリンメッセ福岡・福岡市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go2012

    • 著者名/発表者名
      Development of a functional and structural annotation tool of novel protein isoforms produced by alternative splicing.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス・名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 池田志織, 高橋健一, 塩生真史2012

    • 著者名/発表者名
      保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場・名古屋市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on protein structures2011

    • 著者名/発表者名
      Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神奈川
    • 年月日
      2011-12-14
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing2011

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神奈川
    • 年月日
      2011-12-14
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 塩生真史タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響2011

    • 著者名/発表者名
      池田志織,高橋健一
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2011-06-08
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on protein structures2011

    • 著者名/発表者名
      Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing2011

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響2011

    • 著者名/発表者名
      池田志織, 高橋健一, 塩生真史
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [備考] AS-ALPS データベース

    • URL

      http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] AS-EAST オンラインツール

    • URL

      http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/ASEAST

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] AS-ALPS

    • URL

      http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] AS-EAST

    • URL

      http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/ASEAST/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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