次世代シーケンサーを用いたパーキンソン病の遺伝因子に関する研究

• 研究課題/領域番号: 23790384
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 三井 純 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (70579862)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: 関連解析 / ゲノム / 疾患感受性遺伝子

研究概要

疾患と関連する稀な変異を効率よく検出するため,DNAサンプルをプーリングしたうえで,次世代シーケンサーを用いて解析を行った.パーキンソン病患者のDNA64サンプルを8行8列のマトリックスに配置し,各行各列で8サンプルのプーリングを行い,計16セットのプーリングDNAを作成した.各セットについて候補遺伝子領域をPCRで増幅し,GAIIxを用いてシーケンスした.整数計画法を用いて各行各列で変異のアレル数の推定値を求めることで,候補となる新規変異を同定した.

研究成果

• [雑誌論文] Present efforts in the medical genome center at the university of Tokyo hospital. (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Ishiura H, Tsuji S.
  • 雑誌名: Brain Nerve. 巻: 65(3) ページ: 247-55
  • NAID: 40019613433
• [雑誌論文] Identification of ATP1A3 mutations by exome sequencing as the cause of alternating hemiplegia of childhood in Japanese patients. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishii A, Saito Y, Mitsui J, Ishiura H, Yoshimura J, Arai H, Yamashita S, Kimura S, Oguni H, Morishita S, Tsuji S, Sasaki M, Hirose S.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 号: 2 ページ: e56120-e56120
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056120
  • 査読あり
• [雑誌論文] CSF1R mutations identified in three families with autosomal dominantly inherited leukoencephalopathy. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Matsukawa T, Ishiura H, Higasa K, Yoshimura J, Saito TL, Ahsan B, Takahashi Y, Goto J, Iwata A, Niimi Y, Riku Y, Goto Y, Mano K, Yoshida M, Morishita S, Tsuji S.
  • 雑誌名: Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 巻: 159B(8) 号: 8 ページ: 951-7
  • DOI: 10.1002/ajmg.b.32100
  • 査読あり
• [雑誌論文] The TRK-fused gene is mutated in hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H
  • 雑誌名: Am J Hum Genet. 巻: 91(2) 号: 2 ページ: 320-9
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2012.07.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] C9ORF72 repeat expansion in amyotrophic lateral sclerosis in the Kii peninsula of Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H, Kokubo Y.
  • 雑誌名: Arch Neurol. 巻: 69(9) 号: 9 ページ: 1154-1158
  • DOI: 10.1001/archneurol.2012.1219
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical features and haplotype analysis of newly identified Japanese patients with gelsolin-related familial amyloidosis of Finnish type. (2012)
  • 著者名/発表者名: Taira M, Ishiura H, Mitsui J, Takahashi Y, Hayashi T, Shimizu J, Matsukawa T, Saito N, Okada K, Tsuji S, Sawamura H, Amano S, Goto J, Tsuji S.
  • 雑誌名: Neurogenetics. 巻: 13(3) 号: 3 ページ: 237-43
  • DOI: 10.1007/s10048-012-0330-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Increased gene dosage of myelin protein zero causes Charcot-Marie-Tooth disease. (2012)
  • 著者名/発表者名: Maeda MH, Mitsui J, Soong BW, Takahashi Y, Ishiura H, Hayashi S, Shirota Y, Ichikawa Y, Matsumoto H, Arai M, Okamoto T, Miyama S, Shimizu J, Inazawa J, Goto J, Tsuji S.
  • 雑誌名: Ann Neurol. 巻: 71(1) ページ: 84-92
  • 査読あり
• [雑誌論文] Increased gene dosage of myelin protein zero causes Charcot-Marie-Tooth disease (2012)
  • 著者名/発表者名: Maeda MH, Ishiura H, et al
  • 雑誌名: Ann Neurol 巻: 71 号: 1 ページ: 84-92
  • DOI: 10.1002/ana.22658
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetics of sporadic disease: insights fromhigh-throughput sequencing--Parkinson disease. (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J.
  • 雑誌名: RinshoShinkeigaku. 巻: 51(11) ページ: 973-4
• [雑誌論文] Therapeutic trial design issues for future disease-modifying therapy of multiple system atrophy. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ichikawa Y, Goto J, Nakahara Y, Mitsui J, Tsuji S.
  • 雑誌名: Rinsho Shinkeigaku. 巻: 51(11) ページ: 910-3
  • NAID: 130004504910
• [雑誌論文] Adult-onset leukoencephalopathies with vanishing white matter with novel missense mutations in EIF2B2, EIF2B3, and EIF2B5 (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsukawa T, Ishiura H, et al
  • 雑誌名: Neurogenetics 巻: 12 号: 3 ページ: 259-261
  • DOI: 10.1007/s10048-011-0284-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Posterior column ataxia with retinitis pigmentosa in a Japanese family with a novel mutation in FLVCR1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H, et al
  • 雑誌名: Neurogenetics 巻: 12 号: 2 ページ: 117-121
  • DOI: 10.1007/s10048-010-0271-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic basis of sponadic Parkinson disease common disease-multiple rare variants. (2010)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J.
  • 雑誌名: Rinsho Shinkeigaku. 巻: 50(11) ページ: 865-6
  • NAID: 130004504662
• [学会発表] ファブリー病の診断における問題点～E66Q に関連して～ (2012)
  • 著者名/発表者名: 三井純.
  • 学会等名: 第8回日本ファブリー病フォーラム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-07-22
• [学会発表] ファブリー病の診断における問題点～E66Qに関連して～ (2012)
  • 著者名/発表者名: 三井 純
  • 学会等名: 第8回日本ファブリー病フォーラム
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] パーキンソン病における GLA解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井純.
  • 学会等名: 第7回日本ファブリー病フォーラム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2011-07-10
• [学会発表] 孤発性疾患の研究 ～パーキンソン病～ (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井 純
  • 学会等名: 第52回日本神経学会総会(招待講演)
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] パーキンソン病の遺伝因子について (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井 純
  • 学会等名: 第16回パーキンソン病フォーラム
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] パーキンソン病におけるGLA遺伝子解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井 純
  • 学会等名: 第7回日本ファブリ―病フォーラム
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Whole genome解析による神経疾患へのアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井 純，石浦 浩之，高橋 祐二，辻 省次
  • 学会等名: 平成23年度第1回 パーソナルゲノム情報班 班会議
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] パーキンソン病感受性遺伝子探索 ～ライソゾーム病関連遺伝子からのアプローチ～ (2011)
  • 著者名/発表者名: 三井 純，辻省次
  • 学会等名: 平成23年度厚生労働省難治性疾患克服研究事業ライソゾーム病（ファブリー病含む）に関する調査研究班会議
  • 発表場所: 東京