肝細胞癌の進展に関与するエピジェネティック異常の解明

• 研究課題/領域番号: 23790775
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 消化器内科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 永江 玄太 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (10587348)
• 研究協力者: 緑川 泰 日本大学, 医学部附属病院消化器外科, 助教 (10292905)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2011年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: 肝臓学 / 肝臓癌 / エピジェネティクス / 肝癌 / メチル化

研究概要

肝癌進展に伴う分子生物学的異常解明を目的として、結節内結節肝癌の統合的ゲノム・エピゲノム解析を行った。DNAメチル化異常の多くはOuterNoduleの段階ですでに獲得していたが、染色体コピー数変化はOuterNoduleからInnerNoduleへと進展する過程で加わっていた。一部の症例では、染色体コピー数の変化が少なく、DNAメチル化の変化が数多く見られた。以上より、ゲノム異常とエピゲノム異常が段階的に加わることで悪性化が進んでいる可能性が考えられた。

研究成果

• [雑誌論文] The role of NF-κB signaling in the maintenance of pluripotency of human induced pluripotent stem cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Takase O, Yoshikawa M, Idei M, Hirahashi J, Fujita T, Takato T, Isagawa T, Nagae G, Suemori H, Aburatani H, Hishikawa K
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(2) 号: 2 ページ: e56399-e56399
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056399
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of induced pluripotent stem cells from primary chronic myelogenous leukemia patient samples. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kumano K, Arai S, Hosoi M, Taoka K,Takayama N, Otsu M, Nagae G, Ueda K,Nakazaki K, Kamikubo Y, Eto K,Aburatani H, Nakauchi H, Kurokawa M.
  • 雑誌名: Blood. 巻: 119(26) ページ: 6234-42
• [雑誌論文] Loss of5-hydroxymethylcytosine is accompanied with malignant cellular transformation. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kudo Y, Tateishi K, Yamamoto K, Yamamoto S, Asaoka Y, Ijichi H, Nagae G, Yoshida H, Aburatani H, Koike K.
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 103(4) ページ: 670-6
• [雑誌論文] Whole-exome sequencing of human pancreatic cancers and characterization of genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency and complete deficiency. (2012)
  • 著者名/発表者名: Wang L, Tsutsumi S, Kawaguchi T, Nagasaki K, Tatsuno K, Yamamoto S, Sang F, Sonoda K, Sugawara M, Saiura A, Hirono S, Yamaue H, Miki Y, Isomura M, Totoki Y, Nagae G, Isagawa T, Ueda H, Murayama-Hosokawa S, Shibata T, Sakamoto H, Kanai Y, Kaneda A, Noda T, Aburatani H.
  • 雑誌名: Genome Res. 巻: 22(2) ページ: 208-19
• [雑誌論文] 【次世代シークエンサー 目的 別アドバンストメソッド】(第 5 章)エピジェ ネティクス解析編 ChIP-seq 解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太
  • 雑誌名: 細胞工学(0287-3796)別冊次世代シークエンサー目的別アドバンストメソッド ページ: 150-157
• [雑誌論文] Generation of induced pluripotent stem cells from primary chronic myelogenous leukemia (2012)
  • 著者名/発表者名: Keiki Kumano
  • 雑誌名: BLOOD 巻: 119 号: 26 ページ: 6234-6242
  • DOI: 10.1182/blood-2011-07-367441
  • 査読あり
• [雑誌論文] Loss of 5-hydroxymethylcytosine is accompanied with malignant cellular transformation (2012)
  • 著者名/発表者名: Kudo Y, Aburatani H, et al.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 103 号: 4 ページ: 670-676
  • DOI: 10.1111/j.1349-7006.2012.02213.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Whole-exome sequencing of human pancreatic cancers and characterization of genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency and complete deficiency (2012)
  • 著者名/発表者名: Wang L, Tsutsumi S, Kawaguchi T,Nagasaki K, Tatsuno K, Yamamoto S, SangF, Sonoda K, Sugawara M, Saiura A,Hirono S, Yamaue H, Miki Y, Isomura M,Totoki Y, Nagae G, Isagawa T, Ueda H,Murayama-Hosokawa S, Shibata T,Sakamoto H, Kanai Y, Kaneda A, Noda T,Aburatani H
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 22(2) 号: 2 ページ: 208-19
  • DOI: 10.1101/gr.123109.111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activation of Bmp2-Smad1 signal and its regulation by coordinated alteration of H3K27 trimethylation in Ras-induced senescence. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kaneda A, Fujita T, Anai M, Yamamoto S, Nagae G, Morikawa M, Tsuji S, Oshima M, Miyazono K, Aburatani H.
  • 雑誌名: PLoS Genet. 巻: 7(11)
• [雑誌論文] DNA methylation profiling of embryonic stem cell differentiation into the three germ layers. (2011)
  • 著者名/発表者名: Isagawa T, Nagae G, Shiraki N, Fujita T, Sato N, Ishikawa S, Kume S, Aburatani H.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: 6(10)
• [雑誌論文] Classification of Epstein-Barr virus-positive gastric cancers by definition of DNA methylation epigenotypes. (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsusaka K, Kaneda A, Nagae G, Ushiku T, Kikuchi Y, Hino R, Uozaki H, Seto Y, Takada K, Aburatani H, Fukayama M.
  • 雑誌名: Cancer Res. 巻: 71(23) ページ: 7187-97
• [雑誌論文] Methylation screening of reciprocal genome-wide UPDs identifies novel human-specific imprinted genes. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakabayashi K, Trujillo AM, Tayama C, Camprubi C, Yoshida W, Lapunzina P, Sanchez A, Soejima H, Aburatani H, Nagae G, Ogata T, Hata K, Monk D.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet. 巻: 20(16) ページ: 3188-97
• [雑誌論文] Tissue-specific demethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Fujita T, Yamamoto S, Tsutsumi S, Nonaka A, Yoshiba S, Matsusaka K, Midorikawa Y, Ishikawa S, Soejima H, Fukayama M, Suemori H, Nakatsuji N, Kume S, Aburatani H.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet. 巻: 20(14) ページ: 2710-21
• [雑誌論文] 肝細胞癌の遺伝的基盤肝細胞癌の統合的 ゲノム解析の現況 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太
  • 雑誌名: The Liver Cancer Journal(1883-9347) 巻: 3巻1号 ページ: 34-39
• [雑誌論文] Tissue-specific demethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Fujita T, Yamamoto S, Tsutsumi S, Nonaka A,Yoshiba S, Matsusaka K, Midorikawa Y,Ishikawa S, Soejima H, Fukayama M,Suemori H, Nakatsuji N, Kume S,Aburatani H
  • 雑誌名: Hum Mol Genetics 巻: 20(14) 号: 14 ページ: 2710-21
  • DOI: 10.1093/hmg/ddr170
  • 査読あり
• [雑誌論文] Classification of Epstein-Barr virus-positive gastric cancers by definition of DNA methylation epigenotypes (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsusaka K, Kaneda A, Nagae G, Ushiku T, Kikuchi Y, Hino R, Uozaki H, Seto Y, Takada K, Aburatani H, Fukayama M.
  • 雑誌名: Cancer Research 巻: 71(23) ページ: 7187-97
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Methylation Profiling of Embryonic Stem Cell Differentiation into the Three Germ Layers (2011)
  • 著者名/発表者名: Isagawa T, Nagae G, Shiraki N, Fujita T, Sato N, Ishikawa S, Kume S, Aburatani H
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6(10) 号: 10 ページ: e26052-e26052
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0026052
  • 査読あり
• [雑誌論文] Methylation screening of reciprocal genome-wide UPDs identifies novel human-specific imprinted genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakabayashi K, Aburatani H, et al.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet 巻: 20 号: 16 ページ: 3188-97
  • DOI: 10.1093/hmg/ddr224
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activation of Bmp2-Smad1 signal and its regulation by coordinated alteration of H3K27 trimethylation in Ras-induced senescence (2011)
  • 著者名/発表者名: Kaneda A, Fujita T, Anai M, Yamamoto S,Nagae G, Morikawa M, Tsuji S, Oshima M,Miyazono K, Aburatani H
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: 7(11) 号: 11 ページ: e1002359-e1002359
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002359
  • 査読あり
• [学会発表] 細胞分化過程におけるシトシン 修飾のダイナミクス (2012)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太
  • 学会等名: ADVANS 研究会 2012
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-12-15
• [学会発表] Genome-wide profiling of promoter methylation identifies distinct subgroups in hepatocellular carcinoma, (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Midorikawa Y, Tatsuno K, TsujiS, Yamamoto S, Tsutsumi S, Ishikawa S,Aburatani H
  • 学会等名: The 71th Japan Cancer Association Annual Meeting (InternationalSession)
  • 発表場所: Sapporo.
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] Epigenetics (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Shiraki N, Kamio A, Fujita T,Kume S, Aburatani H.
  • 学会等名: Cytosine methylation dynamics during hepatic differentiation Cold Spring Harbor Laboratory Meeting
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, NY(USA).
  • 年月日: 2012-09-12
• [学会発表] Genome-wide profiling of promoter methylation identifies distinct subgroups in hepatocellular carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Midorikawa Y, Tatsuno K, Tsuji S, Yamamoto S, Tsutsumi S, Ishikawa S, Aburatani H
  • 学会等名: 第6回日本エピジェネティクス研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-05-12
• [学会発表] 組織分化過程における低 CpG プロモーターの脱メチル化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太、砂河孝行、白木伸明、末盛博文、粂昭苑、油谷浩幸
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] Genome-wide profiling of promoter methylation identifies distinct subgroups in hepatocellular carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Midorikawa Y, Tatsuno K, Tsuji S, Yamamoto S, Tsutsumi S, Ishikawa S, Aburatani H
  • 学会等名: The 70th Japan Cancer Association Annual Meeting (International Session)
  • 発表場所: Nagoya.
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] High-resolution profiling of DNA methylation changes during in vitro cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Suemori H, Kume S, Aburatani H
  • 学会等名: The 9th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: Tokyo.
  • 年月日: 2011-07-12
• [学会発表] 組織分化過程における低 CpG プロモーターの脱メチル化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太、砂河孝行、白木伸明、末盛博文、粂昭苑、油谷浩幸
  • 学会等名: 第5回日本 エピジェネティクス研究会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2011-05-20
• [学会発表] Tissue-type specific hypomethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Suemori H, Kume S, Aburatani H
  • 学会等名: The 6th Asian Epigenomics Meeting
  • 発表場所: Kumamoto
  • 年月日: 2011-05-18
• [学会発表] Tissue-type specific hypomethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Suemori H, Kume S, Aburatani H
  • 学会等名: The 6th Asian Epigenomics Meeting(招待講演)
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] ゲノムワイドなプロモーターメチル化解析による肝癌の分子生物学的層別化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 緑川泰, 辰野健二, 辻真吾, 山本尚吾, 堤修一, 石川俊平, 油谷浩幸
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] 組織分化過程における低CpGプロモーターの脱メチル化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太、砂河孝行、白木伸明、末盛博文、粂昭苑、油谷浩幸
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Genome-wide profiling of promoter methylation identifies distinct subgroups in hepatocellular carcinoma
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Midorikawa Y, Tatsuno K, Tsuji S, Yamamoto S, Tsutsumi S, Ishikawa S, Aburatani H
  • 学会等名: The 71th Japan Cancer Association Annual Meeting (International Session)
  • 発表場所: Sapporo
• [学会発表] Cytosine methylation dynamics during hepatic differentiation
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Shiraki N, Kamio A, Fujita T, Kume S, Aburatani H
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting, Epigenetics
  • 発表場所: Cold Spring Harbor (USA)
• [学会発表] 細胞分化過程におけるシトシン修飾のダイナミクス
  • 著者名/発表者名: 永江玄太
  • 学会等名: ADVANS研究会2012
  • 発表場所: 東京
  • 招待講演
• [図書] 細胞工学別冊 次世代シークエンサー 目的別アドバンストメソッド (2012)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太
  • 総ページ数: 8
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [備考] 東京大学先端科学技術研究センターゲノムサイエンス分野
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] 東京大学先端科学技術研究センター ゲノムサイエンス分野
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/