ＡＬＬーａｎｄーＮｏｎｅ法を用いた網羅的プロテオミクスによる膜性腎症抗原の同定

• 研究課題/領域番号: 23790933
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 腎臓内科学
• 研究機関: 新潟大学
• 研究代表者: アブデルガワッド サマー 新潟大学, 医歯(薬)学総合研究科, 研究員 (50529469)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2011年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
• キーワード: 腎臓 / プロテオミクス / ラベルフリー定量 / 膜性腎症 / レベル フリー / FFPE / レーザーマイクロディセクション / 質量分析計 / 糸球体 / 腎生検FFPE試料 / Laser microdissection / LC-MS/MS

研究概要

膜性腎症抗原同定を目的として、腎生検試料 (30例）をショットガン質量分析解析と新たに開発した「All and None」ソフトウエアにより糸球体プロテオーム解析を行った。病変の認められた腎生検試料切片からLaser microdissectionにより50個の糸球体を回収し質量分析の試料とした。タンパク質の同定にはMascotとProluCIDを用いた。膜性腎症群と対照群プロテオームとの比較から、膜性腎症に特徴的に増加或は減少しているタンパク質をAll and None法で特定し、Gene Ontology解析で関連するBiological Processを見出した（HKUPPに公表予定）。

研究成果

• [雑誌論文] Deep proteome mapping of mouse kidney based on OFFGel prefractionation reveals remarkable protein post- translational modifications. (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yamamoto K, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Fujinaka H, Yaoita E, Yates JR 3rd, Yamamoto T
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 13 号: 3 ページ: 1636-46
  • DOI: 10.1021/pr401122m
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Heparin increasing podocyte-specific gene expressions. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yaoita E, Yoshida Y, Nameta M, Zhang Y, Fujinaka H, Magdeldin S, Xu B, Yamamoto T.
  • 雑誌名: Nephrology (Carlton) 巻: 19 号: 4 ページ: 195-201
  • DOI: 10.1111/nep.12207
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Decreased urinary calbindin 1 levels in proteinuric rats and humans with distal nephron segment injuries. (2014)
  • 著者名/発表者名: Iida T, Fujinaka H, Xu B, Zhang Y, Magdeldin S, Nameta M, Liu Z, Yoshida Y, Yaoita E, Tomizawa S, Saito A, Yamamoto T
  • 雑誌名: Clin Exp Nephrol. 巻: 18 号: 3 ページ: 432-43
  • DOI: 10.1007/s10157-013-0835-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] .Basics and recent advances of two dimensional- polyacrylamide gel electrophoresis (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Enany S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Zureena Z, Lokamani I, Yaoita E, Yamamoto T
  • 雑誌名: Clin Proteomics 巻: 11 号: 1 ページ: 16-16
  • DOI: 10.1186/1559-0275-11-16
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Profiling and annotation of human kidney glomerulus proteome (2013)
  • 著者名/発表者名: Cui Z, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Nameta M, Magdeldin S, Makiguchi T, Ikoma T, Fujinaka H, Yaoita E, Yamamoto T
  • 雑誌名: Proteome Sci 巻: 11 号: 1 ページ: 13-13
  • DOI: 10.1186/1477-5956-11-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffinembedded (FFPE) tissues (2012)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 12 号: 7 ページ: 1045-1058
  • DOI: 10.1002/pmic.201100550
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extensive proteomic profiling of the secretome of European community acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus clone (2012)
  • 著者名/発表者名: Enany S, Yoshida Y, Magdeldin S, Zhang Y, Xu B, Yamamoto T
  • 雑誌名: Peptides 巻: 37 号: 1 ページ: 128-37
  • DOI: 10.1016/j.peptides.2012.06.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic approach to human kidney glomerulus prepared by laser microdissection from frozen biopsy specimens: exploration of proteome after removal of blood-derived proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida Y, Nameta M, Kuwano M, Zhang Y, Bo X, Magdeldin S, Cui Z, Fujinaka H, Yaoita E, Tomonaga T, Yamamoto T
  • 雑誌名: Proteomics Clin Appl 巻: 6 号: 7-8 ページ: 412-417
  • DOI: 10.1002/prca.201200016
  • 査読あり
• [雑誌論文] Murine colon proteome and characterization of the protein pathways. (2012)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S
  • 雑誌名: BioData Min. 巻: 5 号: 1 ページ: 11-11
  • DOI: 10.1186/1756-0381-5-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparison of human glomerulus proteomic profiles obtained from low quantities of samples by different mass spectrometry with the comprehe nsive database (2011)
  • 著者名/発表者名: Ying Zhang
  • 雑誌名: Proteome Science 巻: VOL.9 号: 1 ページ: 47-57
  • DOI: 10.1186/1477-5956-9-47
  • 査読あり
• [学会発表] Evaluation of OFFGel-based prefractionation approach in combination with in-solution or ultra-filtration protein digestion (2013)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 12th Annual World Congress 2013
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Deep Proteome Mapping of Mouse Kidney Based on OFFGel Prefractionation Reveals Remarkable Protein Post- Translational Modifications. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sameh Magdeldin
  • 学会等名: Hupo 2013
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Multi enzyme direct digestion and uHPLC-MS/MS analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded laser micro dissected specimens (2012)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 11th Annual World Congress 2012
  • 発表場所: Boston, MA, U.S.A.
• [学会発表] Optimization of protein extraction and LC/MS analysis from fomalin-fixed-paraffin embedded specimens. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sameh Magdeldin, Yutaka Yoshida, Bo Xu, Ying Zhang, Eishin Yaoita, Tadashi Yamamoto
  • 学会等名: 第５５回日本腎臓学術総会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Multi enzyme direct digestion and uHPLC-MS/MS analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded laser microdissected specimens. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sameh Magdeldin, Yutaka Yoshida, Bo Xu, Ying Zhang, Eishin Yaoita, Tadashi Yamamoto
  • 学会等名: 第11回国際ヒトプロテオーム機構学術集会
  • 発表場所: ボストン（アメリカ合衆国）
• [学会発表] Characterization and building up a comprehensive murine colon proteome catalogue (2011)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 10th Annual World Congress 2011
  • 発表場所: Geneva, Switzerland
• [学会発表] Characterization and building up a comprehensive murine colon proteome catalogue (2011)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Li H, Yoshida Y, Enany S, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 2011 Annual World Congress
  • 発表場所: Geneva, Palexpo Convention hall
• [図書] Clin Proteomics (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Enany S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Zureena Z, Lokamani I, Yaoita E, Yamamoto T
  • 出版者: BioMed Central, London
• [備考] 新潟大学医歯学総合研究科腎研究施設構造病理学分野
  • URL: http://www.kidney-niigata.org/strpath/ind_j.html
• [備考] HumanKidneyandUrineProteomeProject(HKUPP)
  • URL: http://www.hekupp.org/DB.html
• [備考]
  • URL: http://www.hkupp.org/