シングルセル解析による作物の転写制御システムの解明

• 研究課題/領域番号: 23H00335
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 中区分39:生産環境農学およびその関連分野
• 研究機関: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 研究代表者: 内藤 健 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 遺伝資源研究センター, 上級研究員 (20581705)
• 研究分担者: 牧野 能士 東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20443442) ; 川勝 泰二 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 室長 (30435614) ; 黒羽 剛 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 上級研究員 (50415155)
• 研究期間 (年度): 2023-04-01 – 2026-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2025年度)
• 配分額: 47,450千円 (直接経費: 36,500千円、間接経費: 10,950千円); 2025年度: 12,740千円 (直接経費: 9,800千円、間接経費: 2,940千円); 2024年度: 16,380千円 (直接経費: 12,600千円、間接経費: 3,780千円); 2023年度: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
• キーワード: シングルセル解析 / イネ / 野生種 / ゲノム編集 / 非コード保存配列 / ダイズ / トマト / Vigna続野生種

研究開始時の研究の概要

本研究で明らかにするのは、①野生種における耐性遺伝子の発現パターン、②作物の特定の葉の葉脈において一時的に発現が低下する遺伝子群とその制御領域、③作物の特定の葉の葉肉において一時的に発現が上昇する遺伝子群とその制御領域、である。そのための手段として、野生種V. luteolaの葉脈および葉肉の scRNA-seq 解析、イネおよびダイズの葉脈および葉肉の scRNA-seq および scATAC-seq 解析、比較ゲノム解析によるイネ科作物あるいはマメ科作物に共通するCNEsの同定、そして形質転換／ゲノム編集による制御配列の機能検証を実施する。