研究課題/領域番号 |
23H02468
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研究種目 |
基盤研究(B)
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配分区分 | 補助金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
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研究機関 | 東京大学 |
研究代表者 |
笠原 雅弘 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60376605)
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研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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配分額 *注記 |
18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2023年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
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キーワード | 構造多型 / 人類遺伝学 / パンゲノム / ロングリード / アルゴリズム |
研究開始時の研究の概要 |
長鎖DNAシークエンサーの登場以降、種内構造多型の多様性が徐々に明らかとなってきた。従来の一般的なゲノム解析では種内のゲノム構造多様性を考慮できないため、さまざまな量的・質的形質と構造多型との関係を見落としていた。 本研究では、集団内のゲノム構造多様性を全て包摂したグラフゲノム解析を行うアルゴリズム群を創成することによりゲノムのあらゆる多型を考慮した解析を可能とすることを目指す。グラフゲノムでは途中で分岐を許すグラフ構造を導入することでゲノムを複線化し、集団内で構造的な多様性があるゲノム部分については複数の可能性を同時に保持することができ、単一の参照ゲノムを用いる解析と比べて優れている。
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