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微生物の成育に関わる環状ポリペプチドの疎水性タグを活用した合成研究

研究課題

研究課題/領域番号 23K05063
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分38040:生物有機化学関連
研究機関東京農業大学

研究代表者

石神 健  東京農業大学, 生命科学部, 教授 (70292787)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2025年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2024年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2023年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード天然物化学 / 有機化学 / 有機合成 / 環状ペプチド / 疎水性タグ / Surfactin / Fusahexin / 有機合成化学 / 環状ポリペプチド / 生物活性物質 / 疎水タグ法
研究開始時の研究の概要

医農薬の開発分野では、コンフォメーションが固定された環状ペプチドは種々の薬効を示す化合物群として期待され、候補物質の合成においては効率性や簡便性が求められる。従来の液相合成と固相合成の利点を併せ持つ「疎水性タグ法」に着目し、本手法の環状ペプチド合成への応用を検討する。合成標的として二種の環状ペプチドを選択し、本化合物群の合成を通じて「疎水性タグ法」の有効性を示す。Surfactinに関しては天然からは入手困難な単一類縁体の選択的な作り分けによる活性試験への試料供給を行い、Fusahexinに関しては提唱される異常な縮環構造の新奇合成法開発と天然物の構造決定を試みる。

研究実績の概要

医農薬の開発分野では、コンフォメーションが固定された環状ペプチドは種々の薬効を示す化合物群として期待され、候補物質の合成においては効率性や簡便性が求められる。従来の液相合成と固相合成の利点を併せ持つ「疎水性タグ法」に着目し、合成標的として微生物の成育に関わる二種の環状ポリペプチドを選択した。疎水性タグを用いたペプチド合成は2010年以降に報告があるが、環状ポリペプチド合成への応用例はほとんどなく、最適な疎水性タグの選択と、本法を応用した天然由来環状ポリペプチドの効率的かつ簡便な合成を目指した。疎水性タグとしては千葉らにより報告された化合物を基盤に検討したが、環状ペプチド類への応用例は知られておらず、本分野への汎用へ向けた知見の蓄積も目指した。
Surfactin類は、抗生物質として利用され強力な界面活性剤として古くから知られる環状リポペプチドであり、天然からは入手困難な単一類縁体の選択的合成と活性試験への供給を最終目標とするが、疎水性タグ法を用いた環状ポリペプチド合成に関する知見の蓄積を最優先し、まずはタグからの切り出し後に環化させる手法を検討した。その結果、疎水性タグ法によるペプチド鎖の伸長と椎名法によるマクロラクトン化によりSurfactin B2の合成を達成したが、マクロラクトン化の収率が悪く部分的なエピ化も観測された。環化位置を検討した結果、マクロラクタム化による環化収率の改善とエピ化の抑制に成功した。また各種異性体の合成も視野に入れ、光学活性な各種脂肪酸部分に関する汎用性の高い合成法も並行して検討した。
Fusahexinに関しては、提唱される異常な縮環構造の新規合成法開発と天然物の構造決定を最終目標とするが、スレオニンとプロリン残基に由来する異常なピロロオキサジン骨格の構築を最優先とし、モデル化合物を用いた検討を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

理由:Surfactin類の合成に関しては、タグからの切り出し後に環化させる手法を十分に検討することができたと考えている。すなわち、疎水性タグ法により様々な環化位置に対応したペプチド鎖の伸長を検討し、ペプチド鎖合成に関する知見を十分に収集することができた。更に環化反応に関しても、複数の環化位置においてマクロラクトン化もしくはマクロラクタム化により成功し、収率や効率に関する多くの情報も蓄積できた。また、各種脂肪酸部分に関しても汎用性の高い光学活性体合成法が確立できたので、類縁体ごとの脂肪酸部分を必要に応じて調製することが可能となった。

Fusahexinに関しては、安価なアミノ酸を原料にしたモデル実験に留まっているものの、用いる保護基の選択や合成経路の妥当性を確認することができたので、本年度以降は実際の基質となるallo-threonineを用いた検討への移行を考えている。
以上の成果よりおおむね順調に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

Surfactin類に関しては、タグからの切り出し後に環化させる手法を十分に検討することができ、疎水性タグ法によるペプチド鎖の伸長に関する知見と、環化反応における収率や効率に関する知見を十分に蓄積することができた。そこで、確立した合成経路を基本とし、環化位置の更なる検討に加え、タグを保持した状態での環化反応に関しても検討する。特に、タグ上でのペプチド鎖伸長における酸性アミノ酸残基の存在や、タグからの切り出しにおける保護基の影響を吟味したい。具体的にはL-Glu またはL-Asp の側鎖にタグを導入し、ペプチド鎖伸長とマクロラクタム化により環状ペプチドを構築し、最後にタグを外すことでsurfactinを合成する計画である。
Fusahexinに関しては、実際の基質となるallo-threonineを用いた検討へ移行し、天然物が有する異常な縮環構造に関して形成反応と構造解析を目指す予定である。部分構造の合成と天然物の構造の検証までを本年度の目標とし、疎水性タグ法を用いた天然物合成はその後に実施する予定である。

報告書

(1件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Synthesis, growth inhibitory activity against tumor cells and structure-activity relationship of CGK733 and its analogs2024

    • 著者名/発表者名
      Inagaki Yuta、Hashimoto Kohki、Wakamori Shinnosuke、Katsuta Ryo、Yajima Arata、Kaida Daisuke、Ishigami Ken
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 88 号: 7 ページ: 747-758

    • DOI

      10.1093/bbb/zbae047

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chrysin 7‐<i>O</i>‐β‐<scp>d</scp>‐glucopyranoside increases hepatic low‐density lipoprotein receptor expression through <scp>AMP</scp>‐activated protein kinase activation2023

    • 著者名/発表者名
      Kaname Naoki、Fujimaki Takahiro、Horikoshi Shotaro、Fujimura Kaito、Kodaka Manami、Wakamori Shinnosuke、Katsuta Ryo、Ishigami Ken、Suzuki Tsukasa、Yamamoto Yuji、Inoue Jun
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 13 号: 8 ページ: 1447-1458

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13665

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Divergent Synthesis of Stachyurin and Casuarinin Focusing on <i>C</i>‐Glycosidic Bond Reactivity2023

    • 著者名/発表者名
      Kusuki Reina、Murakami Kei、Katsuta Ryo、Ishigami Ken、Wakamori Shinnosuke
    • 雑誌名

      Chemistry - A European Journal

      巻: 29 号: 41

    • DOI

      10.1002/chem.202301096

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Divergent synthesis of ten-membered lactones: Aspinolides C, F, G, H, and I2023

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Ryo、Katsuta Ryo、Takeda Keita、Wakamori Shinnosuke、Kuwahara Shigefumi、Nukada Tomoo、Ishigami Ken
    • 雑誌名

      Tetrahedron

      巻: 139 ページ: 133449-133449

    • DOI

      10.1016/j.tet.2023.133449

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 上羽 隼平、鈴木 隆之介、勝田 亮、若森 晋之介、石神 健2024

    • 著者名/発表者名
      Decarestrictine K及びBの合成研究
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Vitroprocine類の合成研究2024

    • 著者名/発表者名
      丹 直輝、中井 成美、若森 晋之介、勝田 亮、石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] WNT-5A誘導阻害を有する(±)-pochonin Iの合成2024

    • 著者名/発表者名
      柴田 夏帆、鈴木 悠生、勝田 亮、若森 晋之介、矢島 新、額田 恭郎、石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Herbarumin IVの合成研究2024

    • 著者名/発表者名
      橋本 拓郎、勝田 亮、若森 晋之介、石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 11β-HSD1を阻害するメロテルペノイドの合成研究2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 光輝、高橋 晴太郎、勝田 亮、石神 健、若森 晋之介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] スルフォラファンによる脂肪滴局在タンパク質PLIN2への作用の解析2024

    • 著者名/発表者名
      藤枝 駿介、小高 愛未、正路 健太、石神 健、鈴木 司、山本 祐司、井上 順
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] スルフォラファンの新規結合分子の探索とその機能解析2024

    • 著者名/発表者名
      小高 愛未、川平 浩太朗、菊地 瑛登、正路 健太、石神 健、鈴木 司、山本祐司、井上 順
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] オキシムを利用したC-グリコシル化反応による天然ポリフェノールの全合成2023

    • 著者名/発表者名
      楠木 怜奈, 村上 慧, 勝田 亮, 石神 健, 若森 晋之介
    • 学会等名
      2023年度東京糖鎖研究会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 架橋基導入による立体配座制御を利用した1,4-無水糖の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      中村 康太, 筒井 蒼, 勝田 亮, 石神 健, 若森 晋之介
    • 学会等名
      2023年度東京糖鎖研究会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 架橋基を有する1,4-無水糖の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      中村 康太, 筒井 蒼, 勝田 亮, 石神 健 , 若森 晋之介
    • 学会等名
      第42回日本糖質学会年会(鳥取)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] (±)-Pochonin Iの合成2023

    • 著者名/発表者名
      柴田 夏帆、鈴木 悠生、勝田 亮、若森 晋之介、矢島 新、額田 恭郎、石神 健
    • 学会等名
      第85回有機合成化学協会関東支部シンポジウム(新潟)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] フランの開環、再環化を活用した(±)-Gomadalactone 類の合成2023

    • 著者名/発表者名
      芦崎涼介、 勝田亮、若森晋之介、額田恭郎、石神健
    • 学会等名
      第85回有機合成化学協会関東支部シンポジウム(新潟)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Synthesis, Cell Growth Inhibition and Structure-Activity Relationship of CGK733 analogs.2023

    • 著者名/発表者名
      Yuta Inagaki, Kouki Hashimoto, Daisuke Kaida, Shinnosuke Wakamori, Ryo Katsuta, Ken Ishigami
    • 学会等名
      15th International Kyoto Conference of New Aspects of Organic Chemistry (Kyoto)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Divergent Synthesis of Aspinolides B-I and Revision of Cremenolide Structure.2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Katsuta, Ryo Shimizu, Keita Takeda, Shinnosuke Wakamori, Arata Yajima, Shigefumi Kuwahara, Tomoo Nukada, Ken Ishigami
    • 学会等名
      15th International Kyoto Conference of New Aspects of Organic Chemistry (Kyoto)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Synthetic Studies of Gomadalactones.2023

    • 著者名/発表者名
      Ryosuke Ashizaki, Ryo Katsuta, Shinnosuke Wakamori, Tomoo Nukada, Ken Ishigami
    • 学会等名
      15th International Kyoto Conference of New Aspects of Organic Chemistry (Kyoto)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 計算化学支援によるAspinolide類の網羅的合成と構造に関する研究2023

    • 著者名/発表者名
      勝田 亮, 志水 亮, 武田 圭太, 若森 晋之介, 矢島 新, 桑原 重文, 額田 恭郎, 石神 健
    • 学会等名
      第65回天然有機化合物討論会(東京)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] C-グリコシドエラジタンニンであるstachyurinおよびcasuarininの全合成2023

    • 著者名/発表者名
      楠木 怜奈, 村上 慧, 勝田 亮, 石神 健, 若森 晋之介
    • 学会等名
      日本ポリフェノール学会第16回学術集会(つくば)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] CGK733類縁体の合成および細胞増殖阻害活性における構造活性相関研究2023

    • 著者名/発表者名
      稲垣 勇汰, 橋本 航希, 甲斐田 大輔, 若森 晋之介, 勝田 亮, 石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会関東支部2023年度大会(川崎)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] (-)-Decarestrictine Kの合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      上羽 隼平, 鈴木 隆之介, 勝田 亮, 若森 晋之介, 石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会関東支部2023年度大会(川崎)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗血小板薬として期待されるsinuxylamide類の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      中村 真夢, 若森 晋之介, 勝田 亮, 石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会関東支部2023年度大会(川崎)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Miyakamide Aの合成2023

    • 著者名/発表者名
      平本 駿, 勝田 亮, 若森 晋之介, 石神 健
    • 学会等名
      日本農芸化学会関東支部2023年度大会(川崎)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of Unified Synthesis Method of C-Glycosidic Ellagitannins2023

    • 著者名/発表者名
      Reina Kusuki, Kei Murakami, Ryo Katsuta, Ken Ishigami, Shinnosuke Wakamori
    • 学会等名
      31st International Conference on Polyphenols (Nantes)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Chemical Verification of Axial Chirality Generation in Ellagitannins2023

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Wakamori, Rumi Osada, Shintaro Matsumoto, Reina Kusuki, Kei Murakami, Ryo Katsuta, Ken Ishigami
    • 学会等名
      31st International Conference on Polyphenols (Nantes)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 東京農業大学生命科学部分子生命化学科分子設計学研究室

    • URL

      https://www.nodai.ac.jp/academics/life_sci/mole_life/lab/143/

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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